dPCR과 qPCR 비교 선택하기 – 이점을 살펴보고 귀하의 연구 목표에 적합한지 확인하세요
dPCR과 qPCR 기술을 비교할 때, 주요 차이점은 정밀도입니다. 두 기술 모두 매우 민감하고 신뢰할 수 있는 핵산 검출 및 정량화를 제공하지만, 두 기술의 주요 차이점은 아날로그 대 디지털 라디오로 비유하면 가장 잘 설명할 수 있다고 영국 국립 계측 연구소(National Measurement Laboratory)의 수석 과학자인 Jim Huggett 박사는 말합니다. “아날로그 라디오의 경우 간섭을 최소화하면서 원하는 방송을 수신하려면 먼저 다이얼을 미세 조정해야 합니다. 하지만 품질은 수신 상태에 따라 달라지며 신호는 정전기로 인한 간섭을 받을 수 있습니다. 이것이 qPCR입니다. 안정적이지만 좋은 결과를 얻으려면 최적화가 필요하며, 그 후에도 백그라운드 노이즈와 싸워야 합니다. 디지털 라디오의 경우, 방송국을 호출하기만 하면 선명한 신호로 방송이 송출되지만, 신호가 없을 수도 있습니다. 후자는 정확한 이진 결과를 제공하는 dPCR과 같은 방식입니다. dPCR은 말 그대로 DNA 분자의 존재 여부를 계수합니다. 낮은 오류율과 결과 명확성으로 엄청나게 높은 수준의 정밀도를 제공합니다. 디지털 PCR은 더 작은 양적 차이를 측정하는 데 적합합니다.”
비교 및 대조: qPCR vs dPCR
| Real-time PCR/qPCR | 디지털 PCR |
|---|---|
| 정량적, 상대적 또는 절대적이지만 표준 곡선 또는 기준 샘플 필요 | 정량적, 절대적이며 표준이나 기준이 필요하지 않음 |
| 일괄(bulk) PCR
| 샘플 파티셔닝
|
| 매 사이클에서 PCR 증폭 측정 | PCR 사이클 종료 시 측정 |
| >1%의 돌연변이율 검출 | ≥ 0.1%의 돌연변이율 검출(높은 신호 대 노이즈 비) |
| 잘 정립된 프로토콜 | 실험실 전반의 더 우수한 재현성을 위한 더 높은 정밀도 제공 |
미세방울 디지털 PCR(droplet digital PCR, ddPCR)은 초기 디지털 PCR 형태 중 하나로, 이미 위의 응용 분야 대부분에서 qPCR보다 더 많은 이점을 제공할 수 있었습니다. ddPCR과 qPCR을 비교하면, qPCR은 넓은 동적 범위가 필요한 응용 분야에 적합한 반면, ddPCR은 더 높은 정밀도 또는 분획 존재비 분석이 필요한 응용 분야에 적합합니다.
ddPCR에서 나노플레이트 dPCR로 발전하면서 이 기술의 범위가 확장되어 더 많은 응용 분야가 포함되었습니다. 나노플레이트 dPCR 워크플로는 모든 샘플 파티션의 동시 판독, 프런트 엔드 자동화, 간편한 qPCR과 유사한 플레이트 셋업 덕분에 훨씬 더 빠릅니다. 이러한 빠른 속도로 인해 스크리닝 및 처리량이 많은 응용 분야에 적합하며 정밀도, 정확도, 민감도가 저하되지 않습니다.