PCR의 새로운 절대자 – 디지털 PCR

디지털 PCR의 힘 – 건초 더미에서 바늘 찾기

디지털 PCR(Digital PCR, dPCR)은 샘플을 여러 개의 개별 반응으로 분획하여 각 반응에 0개 또는 하나 이상의 표적 분자가 존재하도록 하는 기술입니다. 이 접근 방식을 사용하면, 건초 더미에서 바늘 찾기처럼 네거티브 백그라운드에서 하나의 포지티브를 놀라울 정도로 쉽게 찾아낼 수 있습니다. 이는 낮은 검출 한계로 인해 표준 real-time 정량 PCR(quantitative PCR, qPCR)을 실행하지 못했던 경우 한 가지 방법이 될 수 있습니다.

디지털 PCR의 가장 큰 특징은 핵산의 절대 정량화입니다. 파티셔닝 후, 각 반응은 end-point PCR 사이클링을 거치고 각 파티션에서 형광 신호의 존재(양성 반응) 또는 부재(음성 반응)를 분석합니다. 이 정보를 바탕으로 샘플에 존재하는 분자의 절대적인 수를 계산할 수 있습니다. qPCR과 달리 dPCR은 표준 곡선에 의존하지 않습니다. 덕분에 dPCR은 qPCR보다 검출 한계가 낮고 정밀도가 높습니다.

연구자들은 복제수 변이 분석, 유전자 발현 정량화, 희귀 표적 검출과 같은 민감한 응용 분야에 점점 디지털 PCR을 더 많이 사용하고 있습니다. 이 방법은 세포 및 유전자 치료 연구, 암 연구, 전염병 조사, 식품 검사 등 다양한 분야 발전에 도움을 주었습니다.

내부의 마법을 공개합니다

디지털 PCR의 샘플 파티셔닝 방법에는 미세유체 칩, 마이크로어레이, 회전 미세유체 디스크, 유수 에멀션 기반 미세방울 기술 등이 있습니다. 친숙함, 사용 편의성, 정밀한 해상도를 새롭게 재해석하여 QIAGEN은 우수한 파티셔닝과 향상된 디지털 PCR 데이터를 얻을 수 있는 미세유체 나노플레이트를 개발했습니다.

미세방울 없음. 결정 없음. 칩 없음.

나노플레이트에서 디지털 PCR을 수행할 때의 주요 이점은 다음과 같습니다.

• 사용하기 편하며 친숙한 플레이트는 qPCR과 마찬가지로 피펫팅하기 용이
• 고정 파티션으로 크기 변화 및 응집 현상 방지
• 밀봉된 나노플레이트로 웰 간 오염 방지
• 샘플의 모든 파티션을 동시에 측정해 더욱 신속한 판독 가능
• 통합 품질 관리, 즉 개별 양성 파티션 수로부터 단일 형광 신호에 대한 플레이트 이미지 확인 가능
• 플레이트는 프런트 엔드 자동화 가능

미세방울 디지털 PCR(droplet digital PCR, ddPCR) 대비 장점

위에서 강조한 장점 외에도 나노플레이트 기반의 QIAcuity Digital PCR System은 미세방울 디지털 PCR 기반 시스템에 비해 상당한 이점을 제공합니다.

전체 디지털 PCR 워크플로가 하나의 시스템에 통합되어 수작업 시간이 단축되고 확장성이 향상되어 훨씬 더 빨라졌습니다.

 dpcr과 ddpcr 비교 자세히 알아보기