dPCR対qPCRの選択 – メリットの詳細を知り、研究目標に適しているか’ご確認ください
dPCRテクノロジーとqPCRテクノロジーを比較すると、注目すべき違いは精度です。どちらも高感度で信頼性の高い核酸の検出と定量を提供しますが、国立測定研究所の主任研究員Dr. Jim Huggettは、2つのテクノロジーの違いは、アナログとデジタルで例えると違いが最もよく説明できると言います。「アナログラジオでは、干渉を最小限に抑えながら目的の局に合うように、最初にダイヤルを微調整する必要があります。それでも、品質は受信状態によって違い、信号は雑音の干渉を受けます。それがqPCRです。信頼性はありますが、良い結果を得るには最適化が必要であり、最適化した後でさえ、バックグラウンドノイズに対処する必要があります。デジタルラジオでは、局を呼び出すだけ済みます。そこからクリアな信号が受信できるかできないかのどちらかしかありません。dPCRは後者のようなもので、2進法による正確な結果を提供し、文字通りDNA分子の有無を数えます。結果の明瞭さと低いエラー率により、比類のない高レベルの精度を実現しています。デジタルPCRは、小さな量的差異の測定に適しています」。
比較対照：qPCR対dPCR
| Real-time PCR/ qPCR | デジタルPCR |
|---|---|
| 定量的、相対的、または絶対的だが標準 曲線またはリファレンスサンプルが必要 | 定量的、絶対的で標準や リファレンスは不要 |
| バルクPCR
| サンプルのパーティショニング
|
| 各サイクルでPCR増幅を測定 | PCRサイクル終了時に測定 |
| 1%を超える突然変異検出率 | 突然変異検出率≥0.1%（高い シグナル対ノイズ比） |
| 確立されたプロトコール | ラボに左右されることなく高精度、 高再現性 |
ドロップレットデジタルPCR（ddPCR）は、デジタルPCRの最も初期の形態の1つであり、上記アプリケーションのほとんどで、すでにqPCRを超えるメリットを提供できると考えられます。ddPCRとqPCRの比較すると、qPCRは広いダイナミックレンジを必要とするアプリケーションに適しており、ddPCRはより高い精度や断片の存在量解析が必要なアプリケーションに適しています。
ddPCRからナノプレートdPCR への進化により、この技術に含まれるアプリケーションの範囲はさらに広くなりました。ナノプレートdPCRのワークフローは、すべてのサンプルパーティションの同時読み取り、フロントエンドの自動化、qPCRに似た容易なプレートのセットアップにより、大幅に高速化されています。このスピードアップにより、精度、正確さ、感度を損なうことなく、スクリーニングや高スループットのアプリケーションに適するようになりました。