La nouvelle référence en matière de PCR : la PCR digitale

Le pouvoir de la PCR digitale – Trouver une aiguille dans une botte de foin

La PCR digitale (dPCR) est une technique dans laquelle les échantillons sont fractionnés dans plusieurs réactions individuelles, nous obtenons ainsi une ou plusieurs molécules cibles, ou même aucune, dans chaque réaction. Étonnamment, cette approche facilite la détection d’un seul positif parmi de très nombreux négatifs, le problème type de trouver une aiguille dans une botte de foin. C’est pour ce type de cas que la PCR quantitative (qPCR) en temps réel standard n’est pas une solution viable compte tenu de sa limite de détection plus faible.

La principale fonctionnalité de la PCR digitale  est la quantification absolue des acides nucléiques. Après le fractionnement, les réactions sont soumises à un cycle de PCR en point final, ensuite les fractions sont analysées afin de détecter la présence (réaction positive) ou l’absence (réaction négative) d’un signal fluorescent. Sur la base de ces informations, il est possible de calculer le nombre absolu de molécules présentes dans l’échantillon. Contrairement à la qPCR, la dPCR ne se base pas sur des courbes d’étalonnage. Ainsi, la dPCR présente une limite de détection inférieure et une précision supérieure à la qPCR.

Les chercheurs utilisent de plus en plus la PCR digitale pour des applications sensibles, notamment l’analyse de la variation du nombre de copies, la quantification de l’expression génique et la détection des cibles rares. Cette méthode a permis de faire évoluer entre autres la recherche sur la thérapie cellulaire et génique, la recherche sur le cancer, la surveillance des maladies infectieuses et l’analyse des produits alimentaires.

Dévoiler la magie du fonctionnement

Les méthodes de fractionnement des échantillons dans la PCR digitale comprennent les puces microfluidiques, les microréseaux, les disques microfluidiques en rotation et les techniques de gouttelettes basées sur les émulsions huile-eau. Pour réinventer la familiarité et la simplicité d’utilisation tout en améliorant la résolution, nous avons développé ces nanoplaques microfluidiques afin d’obtenir un fractionnement supérieur et des données de PCR digitale améliorées.

Pas de gouttelettes. Pas de cristaux. Pas de puces.

Les principaux avantages de la PCR digitale sur nanoplaques incluent notamment :

• Les plaques familières, simples d’utilisation, sont faciles à pipetter, exactement comme dans la qPCR
• Les fractions fixes empêchent les variations de taille et la coalescence
• Les nanoplaques scellées empêchent la contamination entre les puits
• Possibilité de lecture plus rapide grâce à la mesure simultanée de toutes les fractions d’un même échantillon
• Avec le contrôle qualité intégré, nous pouvons voir l’image de la plaque pour des signaux de fluorescence individuels issus des numérations de fractions positives individuelles
• Les plaques sont adaptées à l’automatisation frontale

Avantages par rapport à la PCR digitale en gouttelettes (ddPCR)

En plus des avantages mis en évidence ci-dessus, le  QIAcuity Digital PCR System sur nanoplaques offre des avantages significatifs par rapport aux systèmes de PCR digitale en gouttelettes.

L’ensemble du flux de travail de la PCR digitale est intégré dans un seul système, ce qui le rend nettement plus rapide, avec moins de temps d’intervention et une plus grande évolutivité.

En savoir plus sur la dPCR par rapport à la ddPCR