암 스크리닝, 진단, 모니터링의 개선을 위해서는 적합한 바이오마커가 핵심입니다. 어떤 바이오마커가 가장 적합할까요?
RNA 바이오마커의 발견과 임상 사용을 위한 개발은 어려운 일입니다. 암 환자들을 위한 스크리닝, 예후, 지원 개선이라는 궁극적인 목표가 중요한 것이기에 그러한 어려움은 반드시 극복해야 합니다. QIAGEN과 협력하면 암 바이오마커를 쉽게 발견하고 유의미한 결과를 얻을 수 있습니다.
암 miRNA, 암유전자 발현, 전사체 또는 기능 연구를 위한 Sample to Insight 워크플로 제품군은 포괄적입니다. 여기서는 가장 일반적인 워크플로의 각 단계에 대한 인사이트를 제공하고 필요한 정보와 제품을 쉽게 찾을 수 있도록 도와드리겠습니다. 포르말린 고정 파라핀 포매(Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded, FFPE) 및 액체 생검 샘플부터 RNA-seq 및 새로운 암 경로 발견에 이르기까지, 효율을 개선하고 RNA 바이오마커 연구를 빠르게 진행할 수 있는 검증된 솔루션을 제공합니다. 우리의 목표는 하나입니다. 암 정복을 위해 노력합시다. QIAGEN이 함께합니다.
샘플 준비
RNA 안정화 및 분리
액체 생검 또는 FFPE 샘플에서 RNA를 분리하는 경우 많은 어려움이 따른다는 것을 알고 계실 것입니다. 보관 조건, 전처리, RNA의 취약한 특성 때문에 최상의 결과를 얻기 위해서는 계획하고 준비해야 합니다. RNA 바이오마커 관련 작업을 할 때 작업 시작이나 샘플 준비를 개선하는 세부 사항에 대해 자세히 알아볼 수 있도록 몇 가지 유용한 리소스를 모아놓았습니다.
가이드 및 포스터
품질 관리
가이드 및 포스터
차세대 염기서열 분석
RNA 및 miRNA 염기서열 분석
차세대 염기서열 분석(NGS)은 RNA 바이오마커 발견 및 특성 분석에 있어 유용한 기술이지만, 실험실에 셋업하기에는 복잡하고 까다로울 수 있습니다. 하지만 샘플 처리량이 많다면 도와드릴 수 있습니다. QIAGEN은 NGS를 가능한 한 쉽게 만들기 위해 노력하고 있습니다. 목표는 NGS를 PCR처럼 쉽게 사용할 수 있도록 하여 NGS를 대중화하고 소규모 암 연구소의 시작을 지원해 훌륭한 결과를 얻을 수 있도록 하는 것입니다. 유전자 발현 분석이든 융합 유전자(fusion gene) 분석이든, 샘플 수에 상관없이 NGS 솔루션으로 더 빨리 RNA 바이오마커를 발견할 수 있습니다.
RNA-seq 데이터 분석
바이오마커 발견 프로젝트의 일환으로 NGS를 사용해 유전자 발현을 성공적으로 프로파일링했다면, 다음 단계로 진행하기 위해서는 원시 데이터를 어떻게 분석하는 것이 가장 좋을까요? 한 가지 방법은 온라인 데이터 분석 도구를 이용하는 것입니다
디지털 PCR
miRNA 프로파일링
마이크로RNA(miRNA)는 수천 개의 암 관련 유전자를 조절하여 암 진행 및 억제에 광범위하게 관여합니다. 순환 cell-free miRNA는 최근 암 조기 발견을 위한 비침습적 검사의 새로운 기회가 되고 있습니다.
그러나 혈청 또는 혈장 내 miRNA 정량화는 여전히 일관성과 표준화 측면에서 부족합니다. miRNA 정량화의 분석적 어려움을 극복하려면 디지털 PCR로 전환하세요. 디지털 PCR(dPCR)은 표준 곡선이 필요 없는 절대 정량화가 가능하며, qPCR에 비해 정밀도가 높습니다. 이는 qPCR과 비교했을 때 소량의 miRNA 검출 시 특히 중요합니다. 순환 miRNA 수준을 정확하게 측정하는 dPCR은 암 진단을 위한 바이오마커 발견에 유용한 도구입니다.
유전자 발현 분석
유전자 발현의 변화는 많은 생물학적 기능에 관해 이해의 폭을 크게 넓혀준 귀중한 지표입니다. dPCR을 사용하면 이러한 접근 방법을 한 단계 더 발전시켜 이전의 한계를 극복할 수 있습니다. 예를 들어, 표적의 양이 적거나 발현 차이가 2배 이하로 매우 작다는 것은 어떤 의미가 있을까요? 이를 dPCR을 사용하여 확인할 수 있습니다.
dPCR 방법은 표준 곡선이 필요 없는 엔드포인트 측정 및 절대 정량화로 인해 qPCR보다 더 정확하고 재현 가능한 데이터를 제공합니다. 이는 특히 샘플 내 억제제 및 오염 물질 함량이 높아 희석되었거나 발현 수준이 매우 낮은 매우 소량의 표적을 정량화할 때 중요한 의미가 있습니다.
데이터 분석
QIAGEN Digital Insights에는 유전자 발현 데이터에 숨겨진 생물학적 의미를 파악하는 데 도움이 되는 강력한 생물정보학 도구가 있습니다. QIAGEN OmicSoft를 사용하면 유전자 발현 패턴을 비교하고 하향 또는 상향 조절되는 유전자를 시각적으로 확인하여 잠재적인 바이오마커를 찾을 수 있습니다. 웹 기반 Land Explorer인 QIAGEN OmicSoft를 사용하면 수십만 개의 선별된 데이터 세트에 액세스하여 수백 가지 범주의 질병에 대한 표적의 발현 또는 돌연변이 상태를 검사할 수 있습니다.
QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis(IPA)는 유전자 발현 변화의 원인과 결과를 이해하고 추가 조사를 위한 잠재적 표적을 파악하는 데 도움이 됩니다. 어떤 상위 조절 인자 때문인지, 그 조절 인자가 활성화 또는 억제되는지 예측할 수 있습니다. 다운스트림 효과를 시각화하여 어떤 유전자가 다운스트림 생물학적 과정의 증가 또는 감소를 유발할 가능성이 높은지 확인할 수 있습니다.
