RNAのすべて:増幅、シークエンシング、ライゲーション、標識
増幅によってRNAを検出し、操作します
逆転写酵素は、元のRNAテンプレートに相補的なDNA(cDNA)鎖を重合できる酵素です。RNAはRNaseによる分解を受けやすいため、逆転写酵素を用いてcDNAを生成することで、mRNAを扱う際の問題を克服できます。cDNAは、遺伝子発現解析などのRNA研究のさまざまなダウンストリームアプリケーションで安定したテンプレートになります。cDNAテンプレートの増幅には、通常のPCR、qPCR、ワンステップRT-qPCR、または等温法を選択できます。増幅後は、従来の酵素プロトコルを用いたクローニングや、T4 DNAポリメラーゼの3’→5’エキソヌクレアーゼ活性を利用したライゲーション非依存型クローニングを行うことができます。
すべての逆転写酵素(RNA依存性DNAポリメラーゼ)を以下に使用できます。
逆転写酵素
お使いのRNAテンプレートやアプリケーションの要求事項に合う逆転写酵素またはキットをお選びいただけます。
RNAポリメラーゼとリガーゼ
RNAポリメラーゼ、より具体的にはDNA依存性RNAポリメラーゼは、DNAテンプレートからRNAを合成する酵素です。ポリ(A)ポリメラーゼは、一本鎖RNAをプライマーとして、アデニン残基をRNAの3’末端に取り込む触媒作用により、RNAにポリ(A)テールを付加します。
T4 RNAリガーゼは、特にハイスループットRNAシークエンシングやマイクロアレイのような手順のアップストリームでのRNA分析に有用な酵素です。T4 RNAリガーゼ1および2は、隣接する3'-OHおよび5'-PO4ポリヌクレオチドを結合することにより、RNAの標識、環状化、分子間ライゲーション を行うことができる酵素です。T4 RNAリガーゼ1によるRNA 3'末端へのアダプターの結合は、RT-PCRとハイスループットシークエンシングによるRNA定量と探索のための有用な最初のステップです。
RNA操作を容易にするポリメラーゼとリガーゼです。
RNAの消化と保護
酵素RNase Aを用いるリボヌクレアーゼ保護アッセイ(RPA)は、転写産物の相対量または絶対量を決定し、mRNA末端やイントロン/エクソン境界をマッピングするために用いられる手法です。
一塩基置換は、RNA:DNAヘテロ二本鎖の一塩基ミスマッチのRNase A開裂が関与するシンプルな酵素法によって、検出と場所の特定が可能です。
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RNA分析に関してよくある質問
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