Séquençage à haut débit

Déchiffrez la complexité du génome grâce aux solutions de séquençage d’ADN

Vue d’ensemble

Que ce soit pour la détection de variants d’ADN ou l’identification de fusions d’ARN connues et nouvelles, les procédures complexes, les délais d’exécution trop longs et les échantillons insuffisants peuvent entraver le déroulement, augmenter les coûts et retarder l’obtention de données concrètes. Nos technologies de séquençage d’ADN (DNA-seq) haute performance sont optimisées pour résoudre ces problèmes. Vous pouvez séquencer les régions riches en GC sans difficulté, identifier des variants peu fréquents avec précision et exploiter au mieux des échantillons de départ insuffisants ou de qualité médiocre. S’il vous faut des panels personnalisés, nos experts sont à votre disposition pour concevoir avec vous des panels intelligents.

Séquençage d’amplicons

Redéfinissez le séquençage d’amplicons : trouvez le bon variant grâce au séquençage d’ADN ciblé

Doubles dans la PCR, faux positifs et biais dans la banque peuvent compromettre la qualité de vos données de séquençage ciblé. Optez pour le séquençage d’ADN digital pour une procédure plus précise et plus fiable.

Nos panels de séquençage d’ADN ciblé, sélectionnés avec soin et compatibles avec toutes plates-formes, utilisent des identifiants moléculaires uniques afin d’assurer une couverture plus importante des éléments suivants :

Régions génomiques riches en GC
Régions exoniques des gènes
Points chauds
SNP
Régions introniques et promoteurs

À propos du séquençage d’ADN ciblé

Erreur ou mutation peu fréquente ?

Le séquençage d’ADN ciblé avec des panels est une méthode très utile de détection des variants peu fréquents. Malheureusement, le principal inconvénient est que tous les fragments d’ADN semblent parfaitement identiques, il est donc presque impossible de différencier les erreurs de séquençage des molécules d’ADN uniques. Cela limite votre capacité à détecter correctement les variants d’ADN peu fréquents. Mais pas avec QIAseq – tous les panels standard et personnalisés contiennent des identifiants moléculaires uniques, cela permet d’identifier les molécules d’ADN d’origine et d’éliminer les faux résultats dus aux erreurs de PCR, de polymérase et de lecture de la machine.

Accédez aux régions les plus difficiles du génome

Les produits QIAseq intègrent des tampons de séquençage d’amplicons optimisés et de l’enzymologie, vous pouvez ainsi accéder aux régions les plus difficiles du génome. La chimie utilisée dans les QIAseq Targeted DNA Panels et la procédure est compatible avec les régions génomiques standard et riches en GC. Obtenez 100 % de couverture des gènes riches en GC tels que le CEBPA et le CCND1 en utilisant des méthodes de recouvrement.

Quelques chiffres remarquables sur le séquençage

Uniformité : les panels standard permettent en général une uniformité de 99,5 % avec une couverture moyenne de ×0,2 et 96 % avec une couverture moyenne de ×0,5.

Sensibilité : réalisez l’appel de variants d’ADN peu fréquents en toute confiance. Les panels standard peuvent obtenir une sensibilité de plus de 90 % pour 1 % des SNP et insertions-délétions NA12878 sur une région codante type avec des faux positifs inférieurs à 15 par région de mégabase.

Plus de multiplexage : les produits d’autres fournisseurs offrent le multiplexage de 96 échantillons. QIAseq va plus loin : vous pouvez multiplexer 384 échantillons avec des indices propres à QIAseq.

Récit d’une réussite

Le Dr Barnaby Clark, chef de laboratoire pour la médecine de précision au Kings College Hospital NHS Foundation Trust, parle de son expérience du séquençage ciblé et de ses choix des panels NGS pour ses projets.

« Les panels QIAseq sont capables d’atteindre des régions difficiles du génome parce qu’ils appliquent une stratégie d’extension d’amorce unique (SPE). Vous pouvez séquencer jusqu’à 1 500 échantillons en même temps. »

Dr Fergus Couch, Mayo Clinic

Des données génomiques obtenues grâce à QIAseq

Les solutions QIAseq sont basées sur les innovations suivantes, afin de limiter les biais et d’accroître la couverture du génome, l’uniformité et la précision.

Réduisez les mélanges d’échantillons et augmentez le débit

Les doubles identifiants uniques (UDI) apportent un niveau de sécurité de traitement maximal et viennent étayer les données de séquençage en atténuant les « sauts de lecture » et les erreurs d’attribution. Les UDI vous permettent d’accroître le débit de séquençage afin de réduire les coûts de séquençage par échantillon. Grâce à l’association UMI-UDI, les QIAseq Targeted Panels apportent un niveau de précision sans égal.

Séquençage de l’exome entier

De l’échantillon aux données sur la maladie en un temps record

Un pipeline de séquençage de l’exome optimisé doté de délais d’exécution réduits vous permet de passer de l’échantillon à la classification et l’interprétation standardisées des variants.

Séquençage de l’exome automatisable et modulable avec une procédure d’une journée

Vous examinez l’exome pour identifier des variants pathogènes mais vous vous inquiétez de l’uniformité de couverture en raison de la composition de GC ?

Détectez facilement et efficacement les variants pathogènes grâce à notre procédure d’une journée modulable et automatisable. Basés sur la technologie Hybrid Capture, les QIAseq Human Exome Kits offrent :

Un appel de variants hautement sensible de cibles > 500 gènes
Des coûts de séquençage réduits de 50 % par échantillon
Un délai d’exécution global diminué de 40 % entre l’échantillon et les données

L’intégration parfaite à QIAGEN CLC Genomics Workbench permet un appel de variants rapide et QCI Interpret Translational garantit une interprétation précise des variants et des données relatives aux maladies, sans aucun traitement manuel.

Séquençage du génome entier

Ayez une vue d’ensemble du génome

Le séquençage du génome entier et le séquençage Hybrid Capture offrent une vue d’ensemble du génome entier et fournissent des données inédites, mais ils peuvent exiger beaucoup de temps et d’argent. Les solutions QIAseq rendent ces méthodes plus accessibles en optimisant la qualité des données par échantillon.

Profitez des éléments suivants :

Des analyses chimiques avancées pour les échantillons de l’ordre du picogramme et des protocoles rapides et automatisables
La fragmentation enzymatique de l’ADN – plus besoin d’équipement coûteux de cisaillage mécanique
Des ligatures plus efficaces pour des taux de conversion et des rendements élevés – sans dimères d’adaptateurs
Une représentation G/C uniforme à partir de n’importe quel organisme
Des formats de kits pratiques avec adaptateurs à double code-barres intégrés

Découvrir la plateforme sur le

Récit d’une réussite

Le Dr Egbert Schulze, du Centre d’endocrinologie et médecine nucléaire d’Heidelberg, explique comment la procédure QIAseq FX toutes enzymes permet une couverture uniforme et l’a aidé à obtenir des résultats fiables de séquençage dans ses recherches.

Automatisez et accélérez la préparation de votre banque

Dans quelle mesure la préparation automatisée de la banque NGS peut-elle être avantageuse pour votre laboratoire ?

Découvrir

Séquençage de l’ADNlc

Confiance absolue dans la détection de variants ultra-rares à partir de l’ADNlc

Vous cherchez des variants très importants mais ultra-rares à partir d’ADNlc ? Avec nos panels QIAseq Targeted cfDNA Ultra Panels, vous frappez à la bonne porte. Nos panels vous permettent de détecter des variants ultra-rares en pouvant descendre jusqu’à 0,1 % de la fréquence allélique des variants (VAF) à partir d’ADNlc grâce à un flux de travail rationalisé de 8 heures.

Séquençage d’ADN unicellulaire

Préparation de banque de génome entier unicellulaire sans PCR avec couverture complète et fidélité de séquence élevée

Les cellules uniques ou les quantités limitées d’ADN génomique limitent-elles votre capacité à profiter d’une vision plus approfondie du génome ? Découvrez comment préparer des banques de génomes entiers à partir de cellules uniques en moins de 4 h à l’aide de notre kit de préparation de banques d’ADN unicellulaire. Le protocole sans PCR élimine les biais, ce qui vous permet d’analyser en toute confiance l’aneuploïdie, le nombre de copies et les variations de séquence dans des cellules individuelles d’échantillons rares.

Plateforme de cellules uniques

Métagénomique

Déchiffrez la diversité microbienne

Les données métagénomiques permettent d’examiner les espèces présentes dans les microbiomes naturels ou sains, de quantifier l’abondance de gènes de virulence ou de résistance aux antibiotiques ou d’identifier les causes, les effets et les futurs traitements de nombreuses maladies. Du séquençage d’amplicons par PCR à l’analyse métagénomique complète en passant par l’analyse 16S d’un échantillon d’ADN, les solutions de NGS QIAseq sont conçues pour révéler toute la complexité génomique de votre échantillon.

Trouver les bons outils

Normalisation

Prenez un raccourci – La normalisation des banques sans quantification

Gagnez du temps et oubliez la traditionnelle méthode de quantification des banques, très chronophage. Grâce à notre kit QIAseq Normalizer Kit, vous pouvez facilement regrouper des banques sans avoir besoin de les quantifier, en atteignant quand même une précision de qualité qPCR. Cela ne prend que 30 minutes.

Temps forts du webinaire

Solutions de génomique pour les pros

Nos technologies QIAseq haute performance réunissent une expertise incomparable et une assistance technique précieuse. De la conception des panels à l’analyse et bien plus encore, nos solutions de génomique pour les pros simplifient la découverte de biomarqueurs afin de donner un nouveau souffle à vos travaux de recherche.

Toutes les photos ont été prises avant le COVID-19