Recherche sur le cancer

Tirez le meilleur parti des échantillons FFPE

Série axée sur les tissus FFPE

Des scientifiques de QIAGEN partagent leur expertise

Les archives de coupes de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (Formalin-fixed, paraffin-embedded, FFPE) stockés dans le monde entier représentent une source précieuse et abondante pour la recherche biomédicale. Les tissus FFPE sont un type d’échantillon précieux, mais difficile, qui requiert des méthodes très efficaces pour la purification des analytes et l’analyse moléculaire en aval, lesquelles doivent être adaptées à la nature des échantillons FFPE. Inscrivez-vous à notre série de conseils et d’astuces et bénéficiez de l’expertise des scientifiques de QIAGEN.

Webinaires, vidéos, et plus encore

Préparation des acides nucléiques

Aspects à considérer avant l’analyse

Martin Schlumpberger : Échantillons FFPE – les aspects essentiels

Martin lance cette série de séminaires en ligne en soulignant les divers facteurs ayant un impact sur l’analyse moléculaire des échantillons FFPE, ainsi que les difficultés majeures et les principaux aspects à considérer lorsque l’on travaille avec ce type d’échantillon précieux, mais exigeant.

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Daniel Groelz : Considérations préanalytiques – les normes et comment les mettre en œuvre dans votre laboratoire

Daniel parle des facteurs préanalytiques qui influencent les analyses d’acides nucléiques dans les échantillons FFPE, les initiatives et les exigences internationales visant à normaliser les procédures préanalytiques, ainsi que les moyens d’appliquer ces normes dans votre laboratoire.

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Martin Schlumpberger : Préparation des acides nucléiques – ADN, ARN et leur récupération dans un même échantillon FFPE

Martin traite des principaux aspects à considérer pour obtenir de hauts rendements en ADN et ARN et pour en vérifier la qualité à partir d’échantillons FFPE, comme l’efficacité du déparaffinage, de la réticulation et de l’élimination des artéfacts, le contrôle de l’intégrité de l’ADN/ARN et son impact sur l’analyse en aval.

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Voter pour voir les tendances

Reconnaître les tendances de la recherche sur le cancer peut accélérer nos connaissances et faire avancer ce domaine. Partagez votre point de vue sur les sujets brûlants et consultez les résultats avec nos sondages en direct. Recherchez-les dans nos pages communautaires et faites-nous savoir si vous avez une idée de nouveau sondage :

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la méthylation de l’ADN

Ioanna Andreou : Détection de marqueurs méthylés par séquençage à haut débit dans les échantillons FFPE

Ioanna présente l’analyse de méthylation de l’ADN dans les échantillons FFPE par séquençage ciblé. Elle décrit une procédure de préparation pour le séquenceur d’une journée à l’aide d’un identifiant moléculaire unique (UMI) et de l’extension d’amorces uniques (single primer extension, SPE).

Norbert Hochstein : Analyse de méthylation par pyroséquençage – impact de la longueur de l’amplicon et de la quantité d’ADN initiale

Norbert donne un aperçu du pyroséquençage pour l’analyse de la méthylation et présente les principales conclusions de son étude de pyroséquençage sur des échantillons FFPE, ainsi que l’influence de la longueur de l’amplicon et de la quantité d’ADN initiale sur les résultats.

Expression des miARN

Francesca Di Pasquale : analyse des miARN par PCR

Francesca traite des difficultés courantes associées au travail sur les miARN provenant d’échantillons FFPE et des principaux aspects à considérer pour la conception des amorces, le contrôle qualité et la normalisation des données pour l’analyse d’expression des miARN par qPCR.

Marie-Louise Lunn : ISH de miARN de tissus FFPE dans le développement de biomarqueurs du cancer

Marie-Louise présente l’hybridation in situ de miARN optimisée pour les études de localisation à l’aide d’acides nucléiques bloqués (LNA). Elle décrit un protocole optimisé et non toxique d’une journée, ainsi que les contrôles nécessaires, pour l’optimisation de l’ISH.

Vous avez des questions sur l’analyse des tissus FFPE ?

Envoyez-nous vos questions par courriel et nous y répondrons au mieux.

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RNA-seq et NGS multimodal

Jonathan Shaffer : Séquençage à haut débit du transcriptome entier dans les échantillons FFPE

Jon présente une nouvelle technologie pour éliminer efficacement l’ARNr des échantillons FFPE pendant le RNA-seq du transcriptome entier qui augmente considérablement les lectures cartographiées sur les gènes et les gènes détectés, permettant une solide analyse d’expression différentielle.

Jonathan Shaffer : Analyses d’échantillons FFPE par séquençage à haut débit multimodal

Jon décrit une nouvelle procédure – le NGS multimodal – pour le profilage simultané des variants d’ADN et des ARN de fusion. Il explique, à l’aide d’exemples, comment cette solution permet la préparation de bibliothèques ciblées d’ADN et d’ARN à partir d’échantillons FFPE.

Leif Schauser : Analyse des données de séquençage à haut débit avec QIAGEN CLC Genomics Workbench

Leif présente le QIAGEN CLC Genomics Workbench pour l’analyse des données de NGS, et ses principales fonctionnalités pour les tissus FFPE. Lors d'une démonstration en direct il vous guidera dans les principales étapes des procédures d’analyse des données DNA-seq et RNA-seq.

Directives techniques

Réussir le profilage de biomarqueurs dans les échantillons FFPE

Les coupes de tissus FFPE sont un type d’échantillon précieux, mais exigeant, qui requiert des méthodes très efficaces pour la purification des analytes et l’analyse moléculaire en aval.
Découvrez les dernières méthodes et les principaux aspects à considérer pour la préparation d’échantillons FFPE et les étapes des procédures préanalytiques pour l’analyse moléculaire.

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Produits

Découvrez le vrai potentiel des échantillons FFPE

De la préparation des échantillons à l’analyse des données dans le cadre de l’analyse moléculaire par NGS, PCR numérique PCR ou qPCR, découvrez les solutions Sample to Insight de QIAGEN pour la réussite de l’analyse moléculaire d’échantillons FFPE

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Produit vedette :

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit

Ce kit nouvelle génération pour isoler l’ADN des échantillons de tissus FFPE vous permettra d’augmenter vos rendements en ADN amplifiable. Le protocole de déparaffinage à double lyse, sans xylène ni lavage, peut aussi être automatisé.

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