Fabienne Desmots-Loyer
Next Generation Sequencing

Die Bedeutung der rRNA-Entfernung bei der RNA-Seq-Optimierung

QIAseq FastSelect: Erhöhen Sie die Zahl einmaliger Reads und entdecken Sie mehr Biologie

Wussten Sie, dass ein kritischer Schritt bei der RNA-Seq-Optimierung die effiziente Entfernung von rRNA ist? Die Menge der entfernten rRNA ist direkt proportional zur Anzahl der aus Ihrer Library gewonnenen einmaligen Gen-Reads. Eine effiziente, nahezu vollständige rRNA-Entfernung vor der cDNA-Synthese aus der Probe gewährleistet, dass Sie keine unerwünschte ribosomale cDNA generieren. Integrieren Sie unsere bahnbrechende QIAseq FastSelect Technologie in Ihren Workflow und erleben Sie eine hocheffiziente rRNA-Entfernung in lediglich 14 Minuten. Tatsächlich erfordern die mit QIAseq FastSelect behandelten Proben keine PCR-Amplifikation vor der Sequenzierung. Verwenden Sie Ihre Library einfach so, wie sie ist, und sparen Sie noch mehr Zeit, während Sie gleichzeitig eine höhere Zahl einmaliger Gen-Reads erhalten. Nutzen Sie vor der Library Erstellung FastSelect für Ihre Probe und entdecken Sie mehr Biologie.

Beleuchten Sie die Interaktionen zwischen Wirt und Mikrobiom und bringen Sie die Coronavirus-Metatranskriptomik-Forschung weiter

Sie arbeiten mit gemischten menschlichen und Mikrobiom-Proben aus Nasenrachenraum, Lunge und anderen Gewebearten für Metatranskriptomik-Studien am Coronavirus? Um die Zahl eindeutiger mRNA-/Genexpressions-Reads zu maximieren, verwenden Sie die QIAseq FastSelect –rRNA HMR Kits und QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kits einzeln oder in Kombination und Sie erhalten eine schnelle, effektive und gezielte Entfernung von Wirts- und bakterieller rRNA, während virale RNAs erhalten bleiben.

Aktuelle Publikationen zu SARS-CoV-2 unter Einsatz von QIAseq FastSelect:

Inspiration von der Laborbench
QIAseq FastSelect ermöglicht die hochwertige RNA-Sequenzierung aus gemischten menschlichen und bakteriellen Proben

Dr. Marie Adams, Genomics Core Director am Van Andel Institute, berichtet, wie die QIAseq FastSelect Technologie dabei geholfen hat, die Hürden bei der Generierung hochwertiger RNA-Seq-Daten für humane und bakterielle Koexpressionsstudien anhand einer einzigen RNA-Probe zu überwinden.

Houston lab, people
Department of Biology and Biochemistry der University of Houston
QIAseq FastSelect hilft, den Weg zu einer erfolgreicheren Krebsbehandlung zu ebnen
“QIAseq FastSelect hat bei der RNA-Sequenzierung in meinem Projekt hervorragend funktioniert. Die RNA war degradiert und nahezu unbrauchbar, aber QIAseq FastSelect schafft es wirklich, die ribosomale RNA aus diesen degradierten Proben zu entfernen, und hat so unsere Sequenzlibraries verbessert”.

Brandon Mistrella, Department of Biology and Biochemistry, University of Houston

Krebsforscher an der University of Houston hatten bei der Arbeit mit FFPE-Proben regelmäßig mit RNA-Degradierung zu kämpfen. Das Vorliegen unerwünschter RNA-Spezies wie etwa ribosomaler RNA und Globin-mRNA in RNA-Proben mit ohnehin schon geringer Ausbeute hat die RNA-Sequenzierung weiter verkompliziert. Lesen Sie, wie QIAseq FastSelect deren Forschung transformiert und die Gewinnung nützlicher RNA-Seq-Daten aus FFPE-RNA ermöglicht hat.

FABIENNE DESMOTS-LOYER
Dr. Fabienne Desmots-Loyer, Hämatologie-Forscherin, CHU-Krankenhaus Pontchaillou, Rennes, Frankreich
QIAseq FastSelect ermöglicht die Erstellung von RNA-Seq-Libraries aus FFPE-RNA von schlechter Qualität
“Der Workflow ist sehr einfach und schnell. Ich würde sagen, dass ich bei der schlechten Probenqualität und der limitierten Menge dieser Proben nicht mit den Ergebnissen gerechnet hätte, die wir erhalten haben.”

Dr. Fabienne  Desmots-Loyer, Hämatologie-Forscherin, CHU-Krankenhaus Pontchaillou, Rennes, Frankreich

Aufgrund der starken Probendegradierung und der geringen Ausbeute kann die Arbeit mit FFPE-Proben eine Herausforderung sein. Lesen Sie den Beitrag von Dr. Fabienne Desmots-Loyer, Krankenhaus Rennes, und erfahren Sie, wie QIAseq FastSelect geholfen hat, hochwertige Libraries aus FFPE-Tumorproben bereitzustellen, die zuvor aufgrund der starken RNA-Degradierung und der geringen Ausbeute von zwei kommerziellen Labors abgelehnt worden waren.

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Ein kleiner Schritt in der RNA-Sequenzierung, ein riesiger Sprung für Ihre Forschung

QIAseq FastSelect
Deutlich schnellere und einfachere rRNA-Entfernung

Während alternative Methoden zur rRNA-Entfernung mehrere Stunden dauern, etliche Schritte umfassen, ausschließlich mit unfragmentierter RNA funktionieren oder schlichtweg nicht ausreichend rRNA entfernen, bietet Ihnen die FastSelect Methode einen deutlich schnelleren und praktischeren Workflow – und außergewöhnliche Ergebnisse selbst bei FFPE- und fragmentierten RNA-Proben.

QIAGEN Genomic Service Capabilities
Verlassen Sie sich für Ihre Forschungsanforderungen auf die QIAGEN Genomic Services

Nutzen Sie die QIAGEN Genomic Services, um Ihre Forschung voranzutreiben. Von der Library Erstellung und Sequenzierung bis hin zur Datenanalyse und -interpretation arbeiten unsere internen Experten mit zuverlässigen QIAseq NGS-Technologien und QIAGEN Software für Digitale Einblicke, um hochwertige Ergebnisse zu liefern, auf die Sie vertrauen können.

Alle Fotos wurden vor COVID-19 aufgenommen