therascreen BRAF Pyro Kit
基于测序的方法定量检测BRAF基因中癌症相关的突变
基于测序的方法定量检测BRAF基因中癌症相关的突变
将载有在BRAF基因编码子600上V600E (GTG->GAG)突变的质粒和野生型基因的质粒混合测量其线性(参见"Linearity of V600E mutation")。这些质粒以四种不同的突变比例(5、10、30、50%)混合。每种质粒混合物用三种不同量的therascreen BRAF Pyro Kit使用焦磷酸测序技术进行分析,重复分析三次。
检测5–50%突变范围时,含有5%的容许非线性度的结果是线性的。
精密度用于检测这些试验的总的差异,对如上所述的质粒混合物进行三个不同水平的分析,每个混合物重复测量三次以获得精密度数据。
重复性(批内和批间差)基于线性测定数据计算得出(用不同的therascreen BRAF Pyro Kit在同一天测定三次)。中间精密度(实验室内部差异)由同一实验室三次检测得出,这三次检测分别由不同的操作者用不同的PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪、以及不同的therascreen BRAF Pyro Kit在不同的三天进行。重现性(实验室之间的差异)由使用不同的therascreen BRAF Pyro Kit在两个不同的实验室分别进行检测得出。
精密度由测得的突变频率的标准偏差(%)表示。在5–50%的突变测量范围内,编码子600上V600E (GTG->GAG)突变检测的重复性、中间精密度和重现性分别为0.6–2.1%、0.7–1.8%、0.8–2.1%。
% 突变质粒 | 重复性(SD) | 中间精密度(SD) | 重现性(SD) |
---|---|---|---|
5 | 5.2, 0.6 | 4.4, 0.7 | 5.1, 0.8 |
10 | 9.1, 1.0 | 9.6, 1.0 | 9.6, 1.3 |
30 | 28.1, 2.1 | 27.9, 1.8 | 28.3, 2.1 |
50 | 46.9, 1.2 | 46.3, 1.5 | 47.9, 1.7 |
therascreen BRAF Pyro Kit用于实时定量检测人BRAF基因编码子600和464–469的突变,在PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪上采用焦磷酸测序技术进行检测。BRAF编码v-raf鼠类肉瘤病毒癌基因homolog B1激酶,一种EGFR下游的原癌基因。研究发现,在所有癌症患者中有6-8%表现出BRAP基因的突变,在黑素瘤(50-60%)、结肠癌(10%)、甲状腺癌(39%)中BRAP基因突变则更为频繁。将近90%是V600E突变。
可检测以下种类的突变:
使用针对编码子600和编码子464-469的引物对两个片段PCR扩增后,将扩增子固定在高性能链霉素亲和琼脂糖上。将单链DNA和相应序列的引物退火处理得到DNA。然后在PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪上设置程序和运行程序对样品进行分析(参见"Pyrogram trace of a normal genotype in codon 600","Pyrogram trace of a normal genotype in codons 464–469"和"Pyrogram trace of a GTG to GAG mutation in base 2 of codon 600")。运行后可以通过调节"Sequence to Analyze"来检测稀有的突变。
therascreen BRAF Pyro Kit用于辅助鉴定黑素瘤和直肠癌,有助于通过选择性抑制BRAF突变来治疗癌症。该试剂盒用于检测人BRAF基因中编码子600和464-469的突变。
可检测以下种类的突变: