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QIAseq Targeted RNA Panel (12)
Cat. No. / ID: 333002
Kit containing wet bench-verified assays and reagents for first strand synthesis, molecular barcoding, gene-specific amplification and library preparation for targeted RNA sequencing
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PanelIndex
QIAseq Targeted RNA Panel
QIAseq Targeted RNA 12-Index
QIAseq Targeted RNA 96-Index
Samples
12
96
QIAseq Targeted RNA Panel (12) 旨在用于分子生物学应用。该产品不能用于疾病诊断、预防和治疗。
QIAseq Targeted RNA Panels 旨在用于分子生物学应用。这些产品不能用于疾病诊断、预防和治疗。
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特点
- 能够同时检验数百个样本中的数百个基因
- 仅需25 ng的总RNA
- 在1天时间内完成从样本制备到文库构建的流程
- 分子条形码保证了表达图谱分析的准确性
产品详情
QIAseq Targeted RNA Extended Panel为通过RNAseq进行定量基因表达谱分析的“从样本制备到数据解读”解决方案。这些panel结合了分子条形码技术和两步法PCR的文库制备，为数字RNA测序结果提供无偏差、准确地定量检测。QIAseq Targeted Panels已经过湿法验证，实验结果具有高度准确度。
绩效
- 准确性：创新的数字测序技术（分子条形码计数法）消除了PCR复制和扩增引入的偏差，可获得准确的结果（ 参见图无偏差、准确的基因定量检测结果）
- 特异性：独创性地将专有的引物设计算法和每个引物延伸实验的严格检测相结合，保证了结果的高度特异性和准确性（ 参见图专有的引物设计– 97%的特异性）。
- 一致性：QIAseq Targeted RNA Panel工作流程已经过优化，可获得高度一致的测序结果，保证仪器的测序能力得到有效利用。实际上，数字测序（分子条形码）已完全消除了RNAseq计数中产生的数据波动（ 请参见图卓越的一致性 – 97%的实验结果均处于分子标记数中位数的20%内）。
- 可重复性：QIASeq Targeted RNA Panel系统重复性强，在重复样本、不同批次产品和不同仪器的检测结果间存在很强的相关性，平均相关系数高于0.99，保证了检测的可靠性。
- 灵敏性：数字RNA测序系统已经过优化，可获得极为可靠的定量检测结果，可定量25 ng总RNA之中低至100个拷贝的RNA靶标（ 参见图每个细胞低至0.2个拷贝数RNA的阳性测定结果）。
- 灵活性：QIAseq panel将NGS的强大功能和qPCR的准确性合为一体。在获得高性价比数据结果的同时，可通过单次NGS多重检测多个样本。
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原理
- 传统的RNA测序方法会受到PCR反应中模板复制和扩增的影响而引入误差，导致基因表达分析不够准确。QIAseq Targeted RNA Panel在进行PCR扩增反应之前引入分子条形码，消除了上述问题从而能够对基因进行准确的数字化定量（ 参见图客观、准确地基因定量）。
- QIAseq Targeted RNA Panel的优势在于包含内参反应体系，能够对RNA样本中任何由gDNA造成的污染进行控制，从而获得可重复性高的实验结果。管家基因(HKG)实验用于归一化数据，从而可对比各样本及运行批次间的结果。
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程序
- QIAseq Targeted RNA Panel在使用时，首先将所有的RNA全部逆转录成cDNA（ 参见图简单的操作流程）。实验所需的起始总RNA量可低至25 ng，而无需进行各种类型的富集步骤。在分子条形码标记步骤，需要使用多重检测引物panel（靶向12-1000个基因）中带有分子标签且具有基因特异性的引物（GSP1），和20ng的cDNA等效物（由20ng RNA逆转录得到的cDNA）。在条形码标记步骤之后，将带有特异标记的cDNA用磁珠纯化以去除残留的引物。随后，采用第二个引物池构建PCR。该引物池中含有带基因特异性接头的引物（GSP2）和可去除GSP1引物通用标签的RS2引物。该反应可确保预定目标基因得到充分富集从而出现在最终的文库中。此设计可以最大限度缩短反应循环次数，最大限度减少扩增过程中PCR引入的误差（所有误差均可用分子标签作简单修正）。第二次反应之后同样用磁珠对cDNA进行纯化并采用RS2和FS2引物进行universal PCR，反应中对每个样本同样加入样本索引条形码，以用于测序过程中的样本区分。纯化最终产物后，即构建出可直接用于定量和测序的文库。
- QIAseq Targeted RNA Panel的功能包括数据分析和解读。目前我们已为其开发出全面、易用的数据分析模块。即使您并非生物信息学专家，也可自如地使用这些模块。首先从测序仪上获得原始序列，再使用QIAGEN的GeneGlobe网站首页上的QIAseq靶向RNA数据分析工具，即可获得基因数量、倍数变化的信息以及通路分析结果。
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应用
- 基因表达谱分析
- 生物标志物研究
- 全转录组测序数据验证
- 微阵列数据验证
辅助数据和图表
Digital sequencing (molecular barcodes) principle
QIAseq Targeted RNA Panels use a digital sequencing method, whereby a unique 12-base random molecular barcode incorporated into the gene-specific primers (GSP1) is used in the first extension step (after mRNA is converted to cDNA). Thus, every extension event yields a unique combination of molecular barcode and target sequence. At the end of sequencing, the relative amount of each mRNA target is determined by the number of unique molecular barcode-target combinations that were sequenced, thereby eliminating PCR duplicates and amplification bias, resulting in more accurate, unbiased gene expression analysis.
资源
安全数据表 (2)
补充实验方案 (1)
仪器技术参数 (4)
学术海报 (1)
产品介绍与指南 (4)
试剂盒操作手册 (1)
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)
Brochures & Guides (4)
Kit Handbooks (1)
Scientific Posters (1)
Supplementary Protocols (1)
Instrument Technical Documents (4)
Publications
Assessment of mitochondrial function following short- and long-term exposure of human bronchial epithelial cells to total particulate matter from a candidate modified-risk tobacco product and reference cigarettes.
Food Chem Toxicol; 2018; 115 :1-12 2018 Feb 13 PMID:29448087
A function-blocking CD47 antibody modulates extracellular vesicle-mediated intercellular signaling between breast carcinoma cells and endothelial cells.
J Cell Commun Signal; 2017; 12 (1):157-170 2017 Nov 29 PMID:29188480
An Atlas of Human Regulatory T Helper-like Cells Reveals Features of Th2-like Tregs that Support a Tumorigenic Environment.
Cell Rep; 2017; 20 (3):757-770 2017 Jul 18 PMID:28723576
Chemoprevention with Cyclooxygenase and Epidermal Growth Factor Receptor Inhibitors in Familial Adenomatous Polyposis Patients: mRNA Signatures of Duodenal Neoplasia.
Cancer Prev Res (Phila); 2017; 11 (1):4-15 2017 Nov 6 PMID:29109117
A Role for Iodide and Thyroglobulin in Modulating the Function of Human Immune Cells.
Front Immunol; 2017; 8 :1573 2017 Nov 15 PMID:29187856