Verogen ForenSeq Kintelligence Kit

• 법의학적으로 관련있는 SNP의 효율적인 평가를 위한 간소화된 워크플로우
• 법의학적으로 선별된 표지자로 의료 데이터 개인 정보 보호 우려 최소화
• 단일 SNP 멀티플렉스는 전 세계 인구 집단에서 효과적입니다
• ForenSeq 및 GEDmatch 워크플로우와 애플리케이션별 지원을 결합합니다
• 연구실에서 증거 및 관련 데이터를 완벽하게 제어할 수 있습니다

ForenSeq Kintelligence Kit로 광범위한 친족 관계 결과를 위해 명확하게 선별된 10,230개의 SNP 표지자를 타겟팅합니다. 법의학 유전 계보학(Forensic Genetic Genealogy, FGG)을 위해 설계된 유일한 염기서열 기반 분석인 ForenSeq Kintelligence는 전장 유전체 염기서열 분석(Whole-Genome Sequencing, WGS) 또는 배열 기반 워크플로우에서 발견되는 의학적으로 유익한 소수의 대립 유전자 빈도 SNP를 제외하여 개인 정보 보호 문제를 최소화합니다. 강력한 PCR 및 프라이머 설계를 통해 전 세계 인구 집단에서 효과적인 단일 SNP 멀티플렉스가 가능합니다.

ForenSeq Kintelligence는 법의학 유전 계보학(Forensic Genetic Genealogy, FGG)을 위한 통합 솔루션입니다. 법의학적으로 관련된 SNP를 효율적으로 평가할 수 있도록 간소화된 단일 워크플로우에서 라이브러리를 준비, 염기서열 분석, 분석합니다. 시판 중인 방법과 확립된 연구 및 데이터베이스를 바탕으로 기존 STR 기반 방법에 따라 개발된 이 키트는 투입량이 적고 많이 분해된 샘플을 포함한 법의학 DNA 샘플로부터 표적화된 염기서열 분석과 정확한 분석을 연구실에 제공합니다. ForenSeq Kintelligence는 선별된 SNP 세트, 적은 요구 투입량, 법의학적으로 검증된 워크플로우를 적용하는 동시에 확립된 방법론을 기반으로 하여 막다른 골목에서 벗어나 미제 사건, 실종자, 신원 미확인 유해에 대한 해결책을 찾을 기회를 제공합니다.

• 결과에 쉽게 액세스할 수 있도록 검증된 시스템에서 손상된 샘플의 염기서열을 분석
• 법의학적 관련성을 위해 선택된 SNP 세트로 데이터 프라이버시를 보장하는 선별된 콘텐츠 디자인
• 증거 및 관련 데이터를 연구실에 보관하고 완전한 통제권을 유지하십시오
• 익숙한 두 가지 워크플로우인 ForenSeq와 GEDmatch를 완벽하게 통합하고 지원합니다

미해결 사건 샘플과 실종자 샘플은 노후화, 환경 요소 및 오염 물질 노출, 다양한 추출 및 보관 절차로 인해 분해되는 경우가 많습니다. 이에 따라 Verogen은 손상된 샘플에서 높은 회수율을 제공하기 위해 ForenSeq Kintelligence Kit를 설계했으며, 분해 및 억제된 사건 분석 유형 샘플을 분석하고 대조 샘플로 민감도 평가를 수행하여 키트가 다양한 DNA 투입량에 걸쳐 SNP call을 재현 가능하게 생성할 수 있도록 했습니다.

ForenSeq Kintelligence는 분해된 혈액 샘플, 칼슘에 의해 억제된 치아 샘플, 화장, 화상, 방부 처리된 현대의 뼈 샘플을 대상으로 한 모의 사건 분석 연구에서 높은 call rate를 기록하는 등 높은 성과를 보였습니다. 민감도 평가는 5ng~50pg 범위의 투입량에서 대조물질 DNA를 평가했습니다. 5ng~250pg에 이르는 투입량은 모두 100%의 call rate를 달성했습니다. 성능은 100pg과 50에서 각각 99.9%와 99.6%로 비슷하게 높았습니다(그림 “다양한 투입량 범위에 걸친 대조물질 DNA의 민감도 적정” 참조). 표적 부위 전체에 걸쳐 약 1,500배의 높은 평균 커버리지가 이러한 높은 call rate를 가능하게 하고 확실한 call을 보장합니다.

미해결 사건 샘플은 자연적인 요소에 노출되고 장기간에 걸쳐 분해되기 때문에 정도 관리 검사에 실패하고 커버리지가 떨어지기 쉽습니다. 이에 따라 DNA 회수율이 낮아지고 대립 유전자 call rate에 영향을 미칩니다. ForenSeq Kintelligence 완충액은 회수를 극대화하기 위해 헤마틴, 부식산, 인디고 및 타닌산, E. coli와 같은 미생물 오염 물질을 포함한 많은 일반적인 억제제에 내성이 있습니다. 10ng 미생물 DNA로 스파이크된 1ng gDNA 샘플의 경우, Verogen은 100%의 SNP 회수율을 확인했습니다. 다량의 다른 일반적인 법의학 억제제의 스파이크 인(spike-in)으로 억제된 대조 샘플은 대조 샘플과 비슷한 99.2%의 높은 평균 call rate를 보였습니다(그림 “억제제 성능 평가“ 참조). 평균 call rate가 높기 때문에 적은 투입량에도 불구하고 샘플을 심층적으로 커버할 수 있습니다.

강력한 중합효소 연쇄 반응(Polymerase Chain Reaction, PCR) 및 프라이머 설계로 단일 SNP 멀티플렉스가 가능하므로 여러 번 검사할 필요가 없습니다. 평균 앰플리콘 크기가 150bp 미만으로 작아 증폭 효율이 향상되고 분해된 DNA의 회수 및 분석이 용이합니다. 또한 ForenSeq Kintelligence Kit에는 최적의 데이터 회수를 위해 샘플의 각 끝에 고유한 식별 염기서열을 부착하는 6개의 고유한 이중 색인(Unique Dual Index, UDI) 어댑터가 포함되어 있습니다.

ForenSeq Kintelligence는 FGG를 위한 표적 염기서열 분석을 지원하기 위해 엄선된 10,230개의 SNP를 쿼리합니다.

이러한 SNP는 Illumina Infinium CytoSNP-850K BeadChip 및 Infinium Global Screening Array의 관련 표지자와 겹치며, 전 세계 인구 집단에서 강력한 성능을 발휘하기 위해 Genome Aggregation Database(gnomAD) v3.0 및 Single Nucleotide Polymorphism database(dbSNP) v151과 상호 참조됩니다. 중요한 점은 ForenSeq Kintelligence는 개인 정보 보호 문제를 줄이고 유전 건강 데이터를 보호하기 위해 알려진 의학적 연관성이 있거나 소수 대립 유전자 빈도가 낮은 SNP를 제외한다는 것입니다.

ForenSeq Kintelligence의 설계는 조사 단서 생성을 위해 검증된 모든 생물지리학적 조상, 신원, 표현형 SNP를 포함하도록 ForenSeq DNA Signature Prep의 영향을 받았습니다. 또한 계통 및 생물학적 성별 결정에 각각 도움이 되는 유익한 Y-SNP와 X-SNP도 포함되어 있습니다.

최적화된 완충액 시스템은 칼슘, 인디고, 부식산 등 법의학 샘플에서 흔히 볼 수 있는 다양한 억제제에 내성이 있어 98%를 초과하는 call rate를 생성합니다. 분석 설계는 높은 수준의 프로세스 무결성과 데이터 품질을 제공하므로 가장 까다로운 법의학 샘플의 분석도 신뢰할 수 있습니다.

ForenSeq Kintelligence 투입량은 법의학 연구실에서 일반적으로 사용되는 DNA 추출 방법과 호환됩니다. 라이브러리 준비는 Verogen 라이브러리 준비 제품군의 기반이 되는 ForenSeq 화학 백본을 활용합니다. ForenSeq Kintelligence 시약을 사용하면 1시간 55분의 수작업 시간을 포함하여 8시간 만에 최대 12개의 이중 색인화된 인간 특이적 라이브러리를 준비할 수 있습니다. 염기서열 분석은 28시간, 분석은 1시간 만에 완료되며, 사용자가 데이터베이스에 직접 업로드할 수 있는 GEDmatch PRO 보고서를 포함한 결과를 40시간 이내에 제공하는 완전히 통합된 NGS 워크플로우입니다. 일치하는 항목이 있는 경우 GEDmatch PRO는 2일 이내에 결과를 생성합니다.

정규화를 포함한 신속한 라이브러리 준비를 제공할 뿐만 아니라, ForenSeq 화학 기술은 구강 면봉, 혈액, 뼈, 치아와 같은 샘플 출처를 아주 유연하게 처리할 수 있으며, 25μL의 투입량으로 분해 및 억제된 샘플을 처리할 수 있도록 도와줍니다. 12회 반응 키트에는 증폭을 위한 마스터 혼합물, 정제를 위한 정제 비드, 여섯 개의 안전 정지 시점이 포함된 간단한 프로토콜이 포함되어 있습니다.

FGG는 마이크로어레이 유전형 분석 또는 전장 유전체 염기서열 분석(Whole‑Genome Sequencing, WGS) 방식의 DNA 프로필 생성과 법의학적 비교를 위해 자발적으로 제출된 최대 규모의 DNA 프로필 데이터베이스인 GEDmatch와 같은 계보학 데이터베이스의 유전적 친족 비교를 결합합니다. 데이터베이스의 비교를 통해 계보학자는 인구조사 기록, 필수 기록, 사망 기사, 신문 아카이브를 사용하여 가계도를 구성한 다음 가계도를 통해 DNA의 출처를 추적할 수 있습니다.

마이크로어레이 및 WGS 기반 방법은 법의학 사건과 관련된 모든 생물학적 샘플을 지원할 수 없습니다. 이러한 샘플은 출처 재료의 노후화 또는 환경 노출로 인해 분해되거나 억제되는 경우가 많으며, 이에 따라 FGG를 제한하는 낮은 품질의 데이터가 생성됩니다. 또한 마이크로어레이와 WGS는 법의학 애플리케이션에 적용할 수 없는 의학적으로 관련있는 단일 뉴클레오티드 다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 데이터를 대량으로 생성하여 유전자 데이터 개인 정보 보호 및 사용에 대한 우려를 불러일으킵니다. ForenSeq Kintelligence Kit는 법의학적 목적에 적합한 유일한 FGG 분석 키트입니다. 국가 DNA 색인 시스템(National DNA Index System, NDIS)이 승인한 MiSeq FGx Sequencing System에서 염기서열 분석하도록 설계된 Universal Analysis Software(UAS)의 데이터 분석과 GEDmatch PRO의 장거리 친족 관계 분석, ForenSeq Kintelligence 및 Verogen STR 분석과 결합하면 DNA에서 신원을 확인할 수 있습니다.

ForenSeq Kintelligence Kit의 엔드투엔드 워크플로우는 확립된 ForenSeq 프로세스를 기반으로 하며, 입증된 단일 플랫폼에서 다양한 범위의 DNA 분석을 가능하게 합니다. ForenSeq Kintelligence Kit는 신속한 데이터 평가 및 원클릭 보고서 생성을 위해 UAS의 ForenSeq Kintelligence Analysis Module과 원활하게 연동됩니다.

당사는 라이브러리 준비부터 염기서열 분석, 분석에 이르기까지 전체 워크플로우에 걸쳐 탁월한 지원을 제공합니다. 당사의 숙련된 팀이 장비 및 소프트웨어에 대한 포괄적인 서비스 범위, 밸리데이션 계획 및 구현 지침을 제공하여 워크플로우를 쉽게 운영할 수 있도록 지원합니다.