QIAcuity Cell and Gene Therapy (CGT) dPCR Assays

QIAcuity Digital PCR System에서 탁월한 정확도, 재현성 및 속도의 벡터 게놈 적정(titration)용

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dPCR CGT Assay GFP (FAM)

Cat. No. / ID: 250236

500x12µl 반응(20x)용: QIAcuity dPCR 시스템과 함께 사용하는 GFP용 QIAGEN 세포 및 유전자 치료 분석.

Assay

GFP

ITR2/5

bGH polyA

WPRE

SV40 promoter

SV40 polyA

CMV promoter

hGH polyA

CMV enhancer

AMP resistance

Dye

FAM

HEX

Cy5

dPCR CGT Assay GFP (FAM)은/는 분자생물학 분야에 사용하기 위한 것입니다. 이 제품은 질병의 진단, 예방, 또는 치료용이 아닙니다.

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특징

열 가지 다양한 웨트 랩(wet-lab) 검증을 거친 dPCR CGT 분석 제공
다양한 형광단(fluorophore) 선택을 통한 분석 항목들은 멀티플렉싱을 통해 하나의 샘플에서 더 많은 정보 유지
qPCR에 버금가는 쉽고 빠른 워크플로우

제품 세부 정보

아데노 관련 바이러스(adeno-associated virus, AAV)는 유전자 치료 응용 분야에서 널리 사용되는 바이러스 벡터입니다. 그러나 바이러스 벡터의 생성 및 정제는 임상 연구 또는 환자 치료 중에 안전하고 신뢰할 수 있는 투여를 가능하게 하기 위해 엄격한 품질 관리가 필요합니다. 벡터 역가를 정확하게 정량화하고 오염을 검출하는 능력은 안전하고 효과적인 아데노 관련 바이러스(adeno-associated virus, AAV) 기반 유전자 치료에 매우 중요합니다.

성능

QIAcuity Cell and Gene Therapy dPCR Assays는 여러 형광으로 제공되는 열 가지 다양한 웨트 랩(wet-lab) 검증을 거친 dPCR CGT 분석으로, 멀티플렉스 설정에서 바이러스 역가를 신속하게 측정하는 데 있어 뛰어난 정확도, 재현성 및 최소 4자릿 수 이상의 동적 범위를 가능하게 합니다. 이 분석은 QIAcuity Digital PCR System, QIAcuity Probe PCR Kit 및 QIAcuity Nanoplate와 함께 사용하며, end-to-end dPCR 워크플로우는 qPCR 실험과 비슷하지만 결과 값은 샘플내의 아데노 관련 바이러스(adeno-associated virus, AAV) 벡터 게놈 복사본의 절대 정량 값을 제공합니다. 분석은 바이오제약 제조 및 QC 요구 사항을 염두에 두고 설계되었습니다.

원리

나노플레이트에서의 dPCR 반응 원리는 여기에 설명되어 있습니다.

전용 CGT assay를 이용하여 QIAcuity에서 아데노 관련 바이러스(adeno-associated virus, AAV)정량이 가능합니다. 이러한 분석 항목(assay)들은 검증된 항목들로 싱글플렉스 및 멀티플렉스 반응에 사용할 수 있으며 관심 유전자 assay들과 결합 가능하며, 다음과 같은 특성을 제공합니다.

0.3 copies/µl까지 정확한 정량화
넓은 동적 범위(dynamic range)에 걸친 고정밀도
분석 항목(형광과 무관) 및 실험자 전반에 걸쳐 높은 정확도
형광 및 실험자와 무관한 높은 정밀도(평균에서 <10% 편차)
dPCR 및 qPCR 판독값과의 호환성

절차

QIAcuity Cell and Gene Therapy dPCR Assays는 즉시 사용 가능한 20x 프라이머-프로브 혼합물로 제공되고 여러 형광단(fluorophore) 선택이 가능하며 QIAcuity Probe PCR Kit와 함께 사용하는 데에 최적화되어 있습니다. 이러한 항목들은 벡터 역가의 절대 정량과 분석의 견고성을 가지는 싱글플렉스 및 멀티플렉스 CGT 애플리케이션을 가능하게 합니다.

응용 분야

QIAcuity Cell and Gene Therapy (CGT) dPCR Assays는 바이러스 벡터 역가 측정, 벡터 게놈 무결성 측정 및 아데노 관련 바이러스(adeno-associated virus, AAV) 생산에 AMP 플라스미드를 사용하는 경우 잠재적인 플라스미드 오염 결정을 비롯한 다양한 응용 분야에 사용됩니다. 이러한 dPCR CGT Assays를 유전자 치료 개발의 품질 관리 프로세스에 통합하면 안전하고 강력한 치료제를 더욱 확실하게 생산할 수 있습니다.

지원되는 데이터 및 수치

Assay간의 높은 정밀성

AAV DNA를 CGT dPCR Assay로 분석하였습니다. 2,500copies/µl를 Nanoplate 8.5k에 input하였습니다. 분석당 최소 27개 반복 검체에서 측정된 복제 평균의 편차가 표시됩니다. 2명의 실험자가 각각 최소 13개 반복 검체를 사용하여 실험을 수행했습니다.

리소스

The QIAcuity dPCR System, complemented by the QIAcuity Software Suite version 2.5 and higher, offers a powerful solution for determining DNA integrity and stability. Analyzing up to 5 targets simultaneously enables accurate and precise integrity assessment. The importance of determining genome integrity becomes particularly evident in analyzing viral vectors such as AAVs, which are known for their susceptibility to packaging errors. Moreover, dPCR is a valuable tool for assessing DNA stability, providing valuable insights into storage and processing impacts.

FAQ

In some cases, it is recommended to perform a digest with compatible restriction enzymes. For example, when quantifying ITRs, the strong secondary structure of the terminal repeats might affect titration. Compatible restriction enzymes are indicated in the corresponding data sheets of the CGT dPCR assays.

FAQ ID - 3866

Please resuspend the lyophilized assays in 330 µl TE buffer to obtain a 20× stock. Additional information can be found in the QSP and the data sheets.

FAQ ID - 3864

To ensure consistent and reproducible measurements of viral titers, we recommend the CGT Viral Vector Lysis Kit (cat. no. 250272/250273). It has been optimized to work in conjuction with the QIAcuity Cell and Gene Therapy dPCR Assays and the QIAcuity Probe PCR Kit on the QIAcuity instruments as part of a standardized and complete viral vector titer workflow.

FAQ ID - 3860

Yes. The assays can also be used for vector genome titration in a qPCR.

FAQ ID - 3871

Yes, you can. cDNA would be used in this case for quantification.

FAQ ID - 3869

Most of the assays are offered with a FAM, HEX, or Cy5 fluorophore, and can be detected in the Green, Yellow, or Crimson channel, respectively. SV40 poly A, hGH poly A, and Amp resistance assays are only available with a FAM or HEX fluorophore.

FAQ ID - 3863

An extended sequence context for each assay is provided in the corresponding data sheet.

FAQ ID - 3870

Yes. The assays can also be used with lentiviral vectors. However, lentiviral vectors have an RNA genome. cDNA synthesis is crucial before performing the PCR for titer quantification.

FAQ ID - 3872

The probes are double quenched with ZEN/TAO and IOWA black quenchers.

FAQ ID - 3865

Yes, the CGT dPCR assays can be used in singleplex and multiplex reactions. Custom designed assays can be added into a multiplex reaction according to customer needs.

FAQ ID - 3861

Yes. When multiplexing different targets, it is possible to get additional information on genome integrity using the “Multiple occupancy” analysis in the QIAcuity Software Suite.

FAQ ID - 3867

Yes. They can be used as long as the assays match the region of interest.

FAQ ID - 3868

Two to five assays can be combined into a multiplex reaction depending on the QIAcuity Digital PCR platform, hence the 2-plex or 5-plex instruments.

FAQ ID - 3862