QIAseq FastSelect –rRNA Plant Kits

• QIAGEN、Illumina、NEB、KAPA RNA stranded library kit を含む様々なライブラリー試薬に対応
• １つの試薬で植物の葉、茎、根に対応
• 1ステップ、14分で細胞質、ミトコンドリア、葉緑体rRNAを高効率に除去
• わずか1回のピペッティング – 本試薬とRNAを混合し、インキュベートするのみ
• 追加のビーズ洗浄やライブラリー調製プロトコールの最適化は不要

QIAseq FastSelect –rRNA Plant Kitsは、RNA-seqにおける不要なRNAを除去する画期的な技術です。植物RNAサンプルに含まれる細胞質（5.8S、18S、25S）、ミトコンドリア（5S, 18S, 26S）、葉緑体（4.5S, 5S, 16S, 23S）のrRNAを除去し、効率的なRNA-seqを実現します。

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QIAseq FastSelect –rRNA Plant Kit は、高効率な rRNA 除去 （図  QIAseq FastSelect –rRNA Plant Kit は様々な植物に幅広く対応）とロバストな性能 （図  QIAseq FastSelect ‒rRNA Plant により検出遺伝子数が大幅に向上）を示します。

また、様々な植物種に対応し、再現性の高い遺伝子発現解析が可能です（図  QIAseq FastSelect ‒rRNA Plant の再現性）。

参照データ：

 QIAseq FastSelect –rRNA Plant エクソン/イントロン/インタージェニック領域のマッピング

 QIAseq FastSelect ‒rRNA Plant により、rRNA から遺伝子へのリード割り当てが大幅に増加：シロイヌナズナ

 QIAseq FastSelect ‒rRNA Plant により、rRNA から遺伝子へのリード割り当てを大幅にシフト：トウモロコシ

 QIAseq FastSelect ‒rRNA Plant により、rRNA から遺伝子へのリード割り当てが大幅に増加：イネ

 QIAseq FastSelect ‒rRNA Plant により、rRNA から遺伝子へのリード割り当てが大幅に増加：ダイズ

 QIAseq FastSelect ‒rRNA Plant により、rRNA から遺伝子へのリード割り当てが大幅に増加：コットン

 QIAseq FastSelect ‒rRNA Plant により、rRNA から遺伝子へのリード割り当てが大幅に増加：様々な植物種データのグラフサマリ

生物学的には重要ではない高発現の RNA 転写産物を除去すると、NGS のデータの有効活用が可能で、高感度かつハイスループットなシークエンスが可能になります。しかしながら、分解 RNA サンプルから不要な rRNA を除去することは、非常に困難です。

QIAseq FastSelect –rRNA Plant Kit は、NGS RNA ライブラリーの調製中に、細胞質、ミトコンドリア、葉緑体の植物 rRNA を、トータル RNA から迅速かつ効率よく除去するようにデザインされています。QIAseq FastSelect は、お客様がご使用の stranded RNA-seq library kits を含む様々なライブラリー調製ワークフローにシームレスに統合することが可能で、わずか 14 分 1 ステップで rRNA を除去します。RNA 熱断片化（ライブラリー調製キットとサンプルの状態によって条件は異なります）の前に、QIAseq FastSelect 試薬とライブラリー調製バッファーを トータル RNA に混合します。断片化の後、反応温度を段階的に室温まで下げ、残りのライブラリー調製ステップを完了することが可能で、トータル RNA サンプルのいかなる濃縮ステップも不要です。QIAseq FastSelect –rRNA plant Kit は、1 ng から1 µg までの幅広い RNA 量に対して高い性能を発揮します。QIAseq FastSelect–rRNA Plant Kit は、様々な植物種由来のインタクトな RNA のみならず、断片化RNA にも使用可能で、ダウンストリームアプリケーションで確実に rRNA を除去し、高い再現性が得られます。

一般的な RNA 除去法や濃縮方法は、ライブラリー調製前に、サンプルの前処理として行います。また、その除去原理としては、不要な rRNA をハイブリッドキャプチャーしたり、酵素的に除去したりします。このような原理に基づく除去方法のワークフローには、25 ステップ以上あり、完了に 2 時間程度かかるのが一般的です。一方、当社独自の QIAseq FastSelect は、QIAGEN、Illumina、KAPA、NEB stranded RNA-seq library kits を含む様々なライブラリー調製キットに対応しており、わずか 14 分 1 ステップで rRNA を除去します (図  QIAseq FastSelect Kit のワークフロー)。

作業ステップとしては、RNA サンプルに QIAseq FastSelect 試薬（ rRNA Removal ）を添加し必要に応じて熱処理による断片化処理を行った後、14 分間で 75℃ から25 ℃ まで反応温度を段階的に下げるステップのみで、速やかに残りのライブラリー調製ステップを行うことができます。QIAseq FastSelect は RNA 断片化実施の有無にかかわらず使用可能なため、植物サンプルからの分解された RNA、あるいは高品質 RNA でもライブラリー調製ワークフローに組み込んで使用できます。

QIAseq FastSelect–rRNA Plant Kitは、様々な植物種から高品質な RNA、あるいは分解 RNA から不要な rRNA を迅速かつ高効率に除去します。FastSelect–rRNA Plant Kit は、お客様のアプリケーションにあわせて、様々なフォーマットとサイズをご用意しています。