QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kits

ライブラリー調製に組み込み可能な簡単で高効率な
バクテリア5S/16S/23S rRNA 除去

S_9481_QIAseqFastSelect5S16S23S

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QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit (24)

Cat. No. / ID:   335925

Includes 3 tubes of QIAseq FastSelect –5S/16S/23S rRNA removal reagent, reaction buffer, QIAseq Beads with QIAseq bead binding buffer and nuclease-free water sufficient for 24 samples
Samples
24
96
384
QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kitsは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。

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特徴

  • 断片化RNA にも対応可能なrRNA 除去試薬
  • ハイブリッドキャプチャーや酵素が不要の画期的なrRNA 除去技術
  • QIAseq FastSelect –rRNA HMR Kits との組合せで宿主側のrRNA も同時に除去可能
  • QIAGEN、Illumina、NEB、KAPA RNA-seq library kits を含む様々なライブラリー試薬に対応
  • SILVA データベースに基づいた設計により95% 以上の5S、16S および23S rRNA を除去

製品詳細

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kitsは画期的なrRNA除去技術で、RNA-seqライブラリーからバクテリア5S/16S/23S rRNAを確実に除去し、効率的なRNA-seqを実現します。SILVAデータベース* に基づいた設計により、95%以上の5S、16S および23S rRNAの配列をカバーしており、土壌や環境水、汚泥、糞便などの環境資料に含まれる細菌叢のメタトランスクリプトーム解析に最適です。

*SILVAデータベースには16Sで約600,000エントリー、23Sで約170,000エントリーが登録されています。また、5Sは約7200エントリーのデータベース由来情報を使用しています(設計当時のエントリー数)。

断片化RNAにも対応しており、QIAGEN、Illumina、NEB RNA-seq library kits を含む様々なRNA-seqライブラリー試薬との組合せが可能で、わずか14分の除去ステップとビーズ精製で、迅速・確実なrRNA除去が可能です。

ヒト、マウス、ラットおよびその他哺乳動物用rRNA除去キットはこちら、QIAseq FastSelect –rRNA HMR Kits.

高品質なストランド特異的RNAライブラリーの調製キットはこちら、QIAseq Stranded RNA Library Kits 

QIAseq FastSelect RNA Removal Kitのカスタムデザインをご希望の場合は、こちら

パフォーマンス

In accordance with QIAGEN’s ISO-certified Quality Management System, each lot of the QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit is tested against predetermined specifications to ensure consistent product quality.

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit は、多様な種類のバクテリア RNA サンプルから、確実かつ高効率に rRNA を除去できます。
参照データ:
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S:腸内細菌叢サンプルからの確実な rRNA 除去
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S:細菌叢からの確実な rRNA 除去(28 株)
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S:細菌叢からの確実な rRNA 除去:マッピング解析(28 株)

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit では、高効率性に、再現性高く rRNA 除去を行えます。
参照データ:
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S:腸内マイクロバイオームから、再現性高く確実な rRNA 除去
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S:腸内マイクロバイオームから、再現性高く確実な rRNA 除去: 遺伝子発現結果
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S を使用した E. coli K12 から再現性高く rRNA 除去
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S を使用した E. coli K12 から再現性高く rRNA除去:遺伝子発現結果
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S を使用した E. coli K12 から再現性高く rRNA 除去: 遺伝子発現結果(100 ng、1 µg)

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit を使うと、非常に効率的に rRNA を除去でき、他社製品と比較して、より優れた性能を発揮することが実証されています。
参照データ:
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S vs. 他社製品:rRNA 除去
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S vs. 他社製品:シークエンシングリード
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S vs. 他社製品:rRNA にマッピングしたリード総数


QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit は、様々な RNA シークエンスライブラリーキットに対応します。
参照データ:
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は QIAGEN、Illumina および NEB を含む様々な RNA シークエンスライブラリーキットに対応
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は QIAGEN、Illumina および NEB を含む様々な RNA シークエンスライブラリーキットに対応:遺伝子検出数
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は QIAGEN、Illumina および NEB を含む様々なRNA シークエンスライブラリーキットに対応:遺伝子発現結果

図参照

原理

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は多様な細菌種(pan-bacterial)に対応したリボソーム RNA(rRNA)除去キットで、複雑な細菌叢サンプルから 5S、16S および 23S rRNA を高効率に除去可能です。データベース* に基づいた設計により、95%以上の5S、16S および23S rRNAの配列をカバーしています。

*SILVA データベースには 16S で約 600,000 エントリー、23S で約 170,000 エントリーが登録されています。また、5S は約 7200 エントリーのデータベース由来情報を使用(設計当時のエントリー数)。

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は、20 ng から 1 µg までの幅広いスタート RNA 量に対応しています。高性能で再現性高く、低品質もしくは断片化が進んだ RNA、または高品質の全長 RNA にも対応可能です。QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は、酵素処理による除去やハイブリッドキャプチャー手順は不要なため、ワークフローが迅速で簡単になり、ダウンストリームのアプリケーションで信頼性の高い rRNA 除去と高い再現性を実現します。

操作手順

一般的な RNA 除去法や濃縮方法は、ライブラリー調製前に、サンプルの前処理として行います。また、その除去原理としては、不要な RNA をハイブリッドキャプチャーしたり、酵素的に除去したりします。一方、QIAseq FastSelect–5S/16S/23S は、当社独自のワークフローで、わずか 14 分 の反応後、ビーズ精製ステップのみで rRNA 除去が可能です。また、QIAGEN、Illumina、KAPA、NEB stranded RNA-seq library kits を含む様々なライブラリー調製キットに対応しています。

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は、お使いの既存 RNA シークエンスライブラリー調整にシームレスに組み込むことが可能で、14 分 1 ステップで RNA を除去し、続いてビーズ精製によるクリーンアップを行います (図: QIAseq FastSelect –5S/16S/23S ワークフロー)。RNA 熱断片化(オプションで、ライブラリー調整キットとサンプルのタイプによって異なります)の前に、QIAseq FastSelect –5S/16S/23S 除去試薬と付属バッファーを total RNA に混合します。 作業ステップとしては、必要に応じて熱処理による断片化処理を行った後、14 分間で 75℃ から 25 ℃ まで反応温度を段階的に下げ、その後ビーズ精製によるクリーンアップを行います。その後、速やかに RNA の逆転写反応に進みます。この方法は、従来の rRNA 除去法( 25 ステップ以上あり、完了に 2 時間程度かかるのが一般的)に比べ、大幅に作業時間を削減することが可能です。(参照: 細菌 rRNA 除去法比較: 従来法 vs. QIAseq Fast Select –5S/16S/23S

図参照

アプリケーション

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は、細菌分離株や複雑な細菌叢由来の RNA サンプルから、迅速かつ確実に rRNA を除去します。

裏付けデータと数値

リソース

MSDS (1)
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
キットハンドブック (1)
パンフレット (1)
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)
Brochures & Guides (1)
Kit Handbooks (1)

Publications

Transcriptional response to the host cell environment of a multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis clonal outbreak Beijing strain reveals its pathogenic features.
Aiewsakun P; Prombutara P; Siregar TAP; Laopanupong T; Kanjanasirirat P; Khumpanied T; Borwornpinyo S; Tong-Ngam P; Tubsuwan A; Srilohasin P; Chaiprasert A; Ruangchai W; Palittapongarnpim P; Prammananan T; VanderVen BC; Ponpuak M;
Sci Rep; 2021; 11 (1):3199 2021 Feb 4 PMID:33542438
RNA-seq Sample Preparation Kits Strongly Affect Transcriptome Profiles of a Gas-Fermenting Bacterium.
de Lima LA; Reinmets K; Nielsen LK; Marcellin E; Harris A; Köpke M; Valgepea K;
Microbiol Spectr; 2022; 10 (4):e0230322 2022 Jul 27 PMID:35894617
Metatranscriptomics of cheese microbial communities: Efficiency of RNA extraction from various cheese types and of mRNA enrichment.
Carbonne C; Labadie K; Cruaud C; Brun E; Barbe V; Monnet C;
Int J Food Microbiol; 2022; 373 :109701 2022 May 4 PMID:35569193