QIAamp DNA FFPE Advanced Kit – FFPE Tissue DNA Extraction

• 増幅可能なDNAの高回収率
• キシレンなどの溶媒不要でパラフィン除去
• DNA精製時のウラシル（シトシンの脱アミノ化） －ウラシル-N-グリコシラーゼ（UNG）を使用したアーチファクト除去ステップ
• PCR、デジタルPCR（dPCR）、次世代シーケンサー（NGS）にすぐに使えるDNA精製

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitのキシレンフリー、洗浄不要の脱パラフィン、二重溶解プロトコール、UCP（ウルトラクリーン下での生産）スピンカラム技術により、FFPE組織から高品質なDNAの回収率を向上させます。

NGS解析向けに回収したDNAを最適化するために、キットのオプションであるUNG処理で核酸の C→U 置換を除去。

QIAamp DNA FFPE Advancedプロトコールは、QIAcube Connectで自動化できます。

FFPEのDNA定量の特徴の1つは、さまざまな方法が異なる結果を生み、高いUV-visや蛍光分析値 が必ずしも良好なPCRパフォーマンスを意味しないことです。

リアルタイムPCRまたは定量PCR（qPCR）は、FFPEのダウンストリームに最もよく使われるアプリケーションの1つであり、QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、qPCR用に最適化されています。

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、UV-visまたは蛍光測定で得られた値に関わりなく、qPCR定量測定で他の製品よりも優れたPCRパフォーマンスを一貫して示しました（図「 PCRパフォーマンス用に最適化」を参照）。

QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kitは、NGS解析で使用するDNAの精製に適しています。FFPEサンプルではありがちな、シトシンの脱アミノ化で生じる人為的なC→T/G→A置換に対処しているからです。（「 人為的 C→T/G→A 置換」を参照）。

QIAamp DNA FFPE Advanced UNGプロトコールは、DNA分離時にUNGを使用したウラシル処理を行うことでNGSにおける一塩基変異（SNV）の偽陽性報告を低減します（図「 人為的 C→T | G→A 置換の劇的な減少」を参照）。

FFPE組織からDNAを精製する上で3つの大きな課題があります。

• FFPE組織からDNAを精製する上で3つの大きな課題があります。
• ホルマリンによる架橋のため、DNAが増幅されないこと
• 脱アミノ酸シトシンのアーチファクトは、変異解析用のNGSに誤った結果をもたらす

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、2つの方法で限られたサンプルからDNA収量を最大限、引き出します：

• 2段階の溶解手順を実施して、溶解しにくいサンプルからも高レベルのDNA抽出を実現
• 溶媒によるパラフィン除去を、Deparaffinization Solutionに交換し、初期溶解前の洗浄段階が不要となり、希少なサンプルを失うリスクを最小限に

架橋の除去により、増幅可能なDNAの収率をさらに向上させます（図「 PCRパフォーマンス用に最適化」を参照）。

2回目の溶解前にオプションでUNG処理を行うことにより、シトシンの脱アミノ化によるアーチファクトを除去し、NGS解析に特に適したDNAを得ることができます（表「 NGS用にプライミング」ならびに図「 信頼性の高いdPCRとNGSの結果」、「 人為的 C→T | G→A 置換の劇的減少」を参照）。

QIAamp DNA FFPE Advancedの手順は、簡易化された脱パラフィンステップ、2つの溶解ステップとして脱架橋処理とオプションのアーチファクト除去、そして標準的な結合－洗浄－溶出ステップで構成されています（図「 QIAamp DNA FFPE Advancedワークフロー」を参照）。

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitを使用したFFPEからのDNA精製は、PCR、dPCR、NGSにすぐに使用することができます。または−30～−15℃で保存することも可能です。