DyeEx Kits

1~24または1~96のシークエンシング反応液中のダイターミネーターの除去用

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DyeEx 96 Kit (4)

Cat. No. / ID:   63181

4 DyeEx 96 Plates; 4 Collection Plates, 48-Well
Kit
DyeEx Kit
DyeEx 2.0 Kit
Preparations
4 x 96
24 x 96
DyeEx Kitsは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。

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特徴

  • わずか2回の短い遠心分離ステップによる迅速な手順
  • すぐに使える水和済みのゲル濾過材
  • ダイターミネーターを効率的に除去

製品詳細

DyeEx キットはスピンカラムまたは 96 ウェルプレートを提供し、ゲルろ過技術を使用して、サンガーシークエンシングを含むシークダイエンシング反応液からダイターミネーターを除去します。 反応液は、事前に水和されたゲルろ過材にロードされます。 短い遠心分離ステップの後、反応液をキャピラリーシーケンサーにロードする準備が整います。 取り込まれなかったダイターミネーターはゲルマトリックスに保持されます。

パフォーマンス

DyeEx Kitsは、10–20 µlのシークエンシング反応液からBigDye、dRhodamine dye、Rhodamine、DYEnamic ET、WellREDターミネーターなど、あらゆる種類のダイターミネーターを除去します。クリーンアップの後、シークエンシング反応液は、キャピラリーシークエンサーで分離できます。最適化されたプロトコールを使用したDyeEx 96 Kitをお勧めします。

高品質のシークエンシング

DyeExキットは、迅速かつ簡便に色素ターミネーターを除去し、高品質のシーケンス結果につながるように最適化されています。対照的に、エタノール沈殿によるシークエンシング反応クリーンアップは非常に時間がかかり、非効率的です(「DyeEx操作手順とエタノール沈殿の比較」の表を参照)。ダイターミネーターを効率的に除去できないと、シーケンス データにダイの凝集によって、シークエンスの一部が読み取れなくなることがよくあります。シークエンシング反応のクリーンアップにDyeEx Kitsを使用することで、シークエンシング装置にロードされた反応液は確実にダイターミネーターが含まれなくなります。ダイの凝集がなく、シークエンス全体を容易に読み取れます( 「優れたシークエンシング成果物」の図を参照)。シグナル強度は強く、ロングリードの長さが得られます( 「ロングリードシークエンス」の図を参照)。

DyeExの操作手順とエタノール沈殿の比較

操作手順DyeEx 2.0 SpinDyeEx 96エタノール
沈殿
所要時間*
(12サンプル、スピン形式)
10分N.A.>45分
所要時間*†
(96サンプル用のマイクロプレート形式)
N.A.18分>60分
取り扱いすぐ使える
スピンフォーマット
すぐ使えるマルチプル
ピペッティングステップ
シークエンスの品質+++++

N.A:該当せず

* ゲルローディング前のサンプルの乾燥に必要な時間は含まない(該当する場合)。
†標準のプロトールを使用。

図参照

原理

DyeExの操作手順では、ゲル濾過を使用して、シークエンシング反応液から組み込まれなかったターミネーターを迅速かつ効率的に除去します。ダイターミネーターの除去は、組み込まれなかったダイターミネーターがシークエンシング成果物の分析を妨害するのを防ぐために重要です。DyeExゲル濾過材料は、均一な細孔を持つ球体で構成され、分子量に応じて分子を分離します。シークエンシング反応液をDyeExカラムにアプライすると、ダイターミネーターは細孔内に拡散し、ゲル濾過材内に保持されます。その一方で、ラベルされたDNAフラグメントは溶出され、フロースルーに回収されます( 「DyeEx分離の原理」の図を参照)。

図参照

操作手順

DyeEx キットによる色素ターミネーターの除去は、手順が非常にシンプルなため、短時間で完了します( 「DyeEx 2.0 Spinの操作手順」 ”DyeEx 96 Kitの操作手順”のフローチャートを参照)。素早い遠心分離ステップで、カラムまたはウェルから保存用バッファーを除去し、シークエンシングサンプルをロードし、二番目の遠心分離ステップで組み込まれなかったダイターミネーターを除去します。サンプルはその後、キャピラリーシーケンサーに直接ロードするか、乾燥、再溶解してシーケンシングゲルにロードすることができます。

図参照

アプリケーション

DyeEx Kitsは、10–20 µlのシークエンシング反応液からBigDye、dRhodamine dye、Rhodamine、DYEnamic ET、WellREDターミネーターなど、あらゆる種類のダイターミネーターを除去します。クリーンアップの後、シークエンシング反応液は、キャピラリーシークエンサー上で分離できます。シグナル強度は強く、読み取り長が長くなります。

DyeExの特徴

特徴 DyeEx 2.0 Spin KitとDyeEx 96 Kit
結合容量 10–20 µl
溶出量 10–20 µl
DyeEx Kitsについて: ターミネーターの除去、ABI PRISM 377、373、310、3100または3700、MegaBACE 1000またはCEQ 2000シークエンサー
フォーマット チューブ(DyeEx 2.0 Spin Kit)、96-ウェルプレート(DyeEx 96 Kit)
処理 手動
除去<10mers 17–40mersダイターミネータータンパク質 ダイターミネーター
サンプルタイプ シークエンシング反応
技術 ゲル濾過

DyeEx Kitsは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。

裏付けデータと数値

リソース

クイックスタートプロトコール (2)
DyeEx 96 Kit (EN)
PDF (455KB)
キットハンドブック (1)
(EN) - DyeEx Handbook
PDF (1019KB)
For DyeEx 2.0 Spin Kit and DyeEx 96 Kit 
MSDS (1)
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)
Kit Handbooks (1)
(EN) - DyeEx Handbook
PDF (1019KB)
For DyeEx 2.0 Spin Kit and DyeEx 96 Kit 
Quick-Start Protocols (2)
DyeEx 96 Kit (EN)
PDF (455KB)

Publications

Transcriptional regulatory network analysis of developing human erythroid progenitors reveals patterns of coregulation and potential transcriptional regulators.
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Isolation and identification of Rickettsia massiliae from Rhipicephalus sanguineus ticks collected in Arizona.
Eremeeva ME; Bosserman EA; Demma LJ; Zambrano ML; Blau DM; Dasch GA;
Appl Environ Microbiol; 2006; 72 (8):5569-77 2006 Aug PMID:16885311
Mammalian monogamy is not controlled by a single gene.
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Proc Natl Acad Sci U S A; 2006; 103 (29):10956-60 2006 Jul 10 PMID:16832060
High throughput analysis of TCR-beta rearrangement and gene expression in single T cells.
Zhou D; Srivastava R; Grummel V; Cepok S; Hartung HP; Hemmer B;
Lab Invest; 2006; 86 (3):314-21 2006 Mar PMID:16446708
Prevalence, risk factor analysis, and follow-up of infections caused by three feline hemoplasma species in cats in Switzerland.
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J Clin Microbiol; 2006; 44 (3):961-9 2006 Mar PMID:16517884

FAQ

Can the DyeEx 96 kit be used to clean sequencing reactions to be run on ABI 3730?

Yes, DyeEX 96 is also compatible with ABI 3730. When using DyeEx96 with ABI 3730, please follow the  "Modified protocol" listed in the DyeEX Handbook. In addition, if using the waterloading protocol on ABI 3730 sequencer,  the eluate can be loaded directly onto the sequencer without drying down the sample.

FAQ ID -3075
Can DyeEx be used to clean up labeled DNA other than sequencing templates?

DyeEx Kits have been developed for cleanup of dye-terminator sequencing reactions. However, they can also be used for removal of unincorporated nucleotides from radioactively labeled DNA fragments using the protocols in the DyeEx Handbook. The removal of nucleotides depends on the sample volume. Typically, more than 99% of nucleotides are removed from sample volumes ≤50 µl. See Figure 9 in the DyeEx Handbook for the effect of sample volume on recovery.

(We have had feedback from researchers who have reported excellent results using DyeEx for clean up of probes used for in situ hybridization).

FAQ ID -137