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AllPrep DNA/RNA FFPE Kit (50)
Cat. No. / ID: 80234
50 RNeasy MinElute Spin Columns, 50 QIAamp MinElute Spin Columns, Collection Tubes, RNase-Free Reagents, and Buffers
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AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。
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特徴
- 最小限のサンプルから最大限の結果を実現
- 品質を損なうことなく DNAとRNA を遊離
- DNA と RNA を効果的に分離
- 同一 FFPE サンプルにおいて DNA／RNAを包括的に解析
製品詳細
ゲノムおよび転写産物のデータを正確に比較するためには、同一サンプルからDNAとRNAを精製することが不可欠です。AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは特許申請中の溶解法を使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織切片からDNAおよびRNAを精製します。精製された核酸はリアルタイムPCRおよびパイロシークエンスなどのアプリケーションに最適です。
パフォーマンス
AllPrep DNA/RNA FFPE Kitを用いて精製したDNAおよびRNAは、QIAamp FFPE Tissue KitおよびRNeasy FFPE Kit／miRNeasy FFPEを用いてそれぞれ精製した DNAおよびRNAに匹敵する品質をもっています（図“ FFPE サンプルからDNA およびRNA の精製”）。したがって精製核酸はパイロシークエンス解析あるいはリアルタイムPCR／RT-PCRなどのダウンストリーム･アプリケーションに最適です（図“ FFPE サンプルからDNA およびRNA の信頼性のある増幅”および“ cDNAターゲットの事前増幅後のアレイ解析”）。
図参照
原理
AllPrep DNA/RNA FFPE Kit は、FFPE組織切片からのゲノムDNA とトータルRNAの同時精製用に特別にデザインされています。生体サンプルを分割する必要があるほかの精製法とは異なり、本法ではサンプルを分割せずに高純度DNAおよびRNAが得られます。DNAおよびRNAを別々に精製するためにサンプルを分割すると、性質の異なる可能性のある細胞集団からDNAおよびRNAを精製することになります。また、FFPEサンプルは貴重かつ回収が困難で、量が限られているために、同一サンプルからのDNAおよびRNAの精製はサンプルの浪費を回避することができます。
固定と包埋条件のために、通常FFPEサンプル中の核酸は著しく断片化され、新鮮あるいは凍結したサンプルから得られた核酸よりも分子量が低くなることが頻繁にあります。同一のFFPEサンプルからのDNAおよびRNAを分離する際の大きな問題は、断片化DNAが短く、部分的に一本鎖であり、インタクトなDNAよりもRNAに類似していることです。この断片化DNAの特性のためにDNAおよびRNAの物理的な分離は困難です。AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは、特許申請中の溶解法により同一FFPEサンプルからDNAとRNAを別々に遊離できます。
またFFPEサンプル中の核酸はホルムアルデヒドにより化学的に修飾されます。ホルムアルデヒドによるクロスリンクはゲル電気泳動やラボオンチップ解析などの通常の品質管理アッセイでは検出されませんが、酵素的な解析を強く阻害します。AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは、DNAやRNAを分解することなくホルムアルデヒドによるクロスリンクを切断するように最適化されています。
操作手順
同一のFFPE組織切片サンプルから高品質なDNAおよびRNAを簡単な操作手順で精製できます（フローチャート“ AllPrep DNA/RNA FFPE 操作手順”）。AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは、特許申請中の溶解法により同一FFPEサンプルからDNAとRNAを別々に遊離できます。この方法では、FFPEサンプルを至適化済みの溶解バッファーとインキュベートすることで、RNAが遊離しDNAは沈殿します。遠心操作後、RNAを含む上清とDNAを含むペレットは別々の操作により精製されます。さらにインキュベーションにより部分的にクロスリンクは切断され、その後RNeasy MinElute Spin ColumnあるいはQIAamp MinElute Spin Columnを用いてRNAあるいはDNAを精製します。精製RNAに関しては、カラム上でのDNase処理によりコンタミしたDNAを効率的に除去します。RNAの結合条件によって、miRNAなどのsmall RNAを含むRNA、または含まないRNAの精製が可能です。スピンカラム処理を行なう前にDNAとRNAは既に分離されているため、精製されたDNAのRNAコンタミは最小限に抑えられていますが、オプションでカラム上でのRNase処理を行なうこともできます。
図参照
アプリケーション
AllPrep DNA/RNA FFPE Kitは、DNAやRNAを分解することなくホルムアルデヒドによるクロスリンクを切断するように最適化されています。 しかしFFPEサンプルから精製した核酸は、高分子のDNAや完全長RNAを必要とするダウンストリームアッセイには推奨されません。いくつかのアプリケーションでは断片化した核酸を使用できるように実験を変更する必要があります（例えばPCRやRT-PCRで短い増幅産物が得られるようにプライマーをデザイン）。cDNA合成にはoligo-dTプライマーの代わりに遺伝子特異的なプライマーの使用を推奨しています。遺伝子特異的なプライマーの使用が不可能な場合は、ランダムプライマーを使用します。
裏付けデータと数値
Purification of DNA and RNA from FFPE samples.
[A] Genomic DNA was purified from various FFPE rat tissues that were stored at room temperature for the times indicated. Purification was performed using either the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit or, as a control, the QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (a dedicated kit for DNA purification from FFPE samples) both including RNase digestion. DNA yields from 20 μm sections of each sample were determined by absorbance measurement. [B] RNA was purified from various FFPE rat tissues that were stored at room temperature for the times indicated. Purification was performed using either the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit or, as a control, the RNeasy FFPE Kit (a dedicated kit for RNA purification from FFPE samples). RNA yields from 10 μm sections of each sample were determined by absorbance measurement. The AllPrep Kit performed just as well as the dedicated DNA/RNA purification kits in recovering DNA/RNA from FFPE samples.
Specifications
| Features | Specifications |
|---|---|
| Applications | PCR, qPCR, real-time RT-PCR, microarray |
| Elution volume | RNA: 14-30µl ; DNA: 30-100µl |
| Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein | RNA (miRNA) and DNA |
| Processing | Manual (centrifugation) |
| Format | Spin column |
| Number of preps per run | 50 |
| Sample amount | max. 4*10 µm sections or 2*20 µm sections |
| Technology | Silica technology |
| Time per run or per prep | 6h for 10 samples, including sectioning |
| Yield | Varies |
| Main sample type | FFPE tissue samples |
リソース
パンフレット (3)
クイックスタートプロトコール (2)
サイエンティフィック・ポスター (1)
キットハンドブック (1)
MSDS (1)
Supplementary Protocols (2)
追加リソース (1)
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)
FAQ
What is the composition of Buffer FRN?
What is the composition of Buffer PKD?
How much DNA/RNA can be isolated with the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit?
How long can I store my purified DNA/RNA isolated with the AllPrep DNA/RNA FFPE kit?
Is the yield and quality of RNA and DNA purified with the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit comparable to yield and quality of nucleic acids purified separately with other methods.
Which deparaffinization method can I use with the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit?
Is it also possible to isolate miRNA with the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit?
How much sample material can I use for DNA/RNA purification with the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit?
What is Tissue-Tek O.C.T., and what is it used for?