QIAEX II System Gel Extraction Kit

ゲルおよび溶液からのDNAフラグメント（40 bp ～ 50 kb）の精製用

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QIAEX II Gel Extraction Kit (150)

Cat. No. / ID: 20021

For 150 extractions: 3 x 0.5 ml QIAEX II Suspension, Buffers

Reactions

150

500

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QIAEX II Systemは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。

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特徴

40 bp ～ 50 kbのDNAの効率的な抽出
TAEまたはTBEアガロースゲルおよびポリアクリルアミドゲルからのゲル抽出
その後の反応を妨げるヨウ化ナトリウムは使用しない
大きなDNAフラグメントの剪断

製品詳細

QIAEX IIシステムは、カオトロピック塩の存在下でDNAフラグメントが結合するシリカ粒子の懸濁液です。QIAEX II Suspensionを溶液または可溶化アガロースゲルスライスに添加すると、DNAに結合します。短時間の遠心分離操作により粒子が回収され、洗浄された後、40 bp ～ 50 kbのDNAがTrisバッファーまたは水で溶出されます。

パフォーマンス

QIAEX IIシステムを使用すると、10 ng ～ 10 µgのDNAが効率的に回収されます（「一貫した回収」の図を参照）。この用途の広い、ゲルフラグメントのバッチ精製用手順は容易にスケールアップして、30 µl QIAEX Ii懸濁液を使用して15 µgまで結合することができます。

QIAEX Iiシステムは、60–95%のDNAフラグメント（40 bp – 50 kb）を精製するためのシリカ粒子の懸濁液です。10 µl のQIAEX II suspensionで、最大5 µgのDNAに結合し、20 µlで溶出されます。

サイズに応じた回収

DNAサイズ	回収率、％*
44 bp	75
75 bp	75
500 bp	95
7.5 kb	85
23.5 kb	75
48.5 kb	60

* 1% TAEアガロースゲル上にロードした2 µgから。

図参照

一貫した回収。

原理

QIAEX IIシステムによるDNAフラグメントの精製は、アガロースの可溶化とカオトロピック塩の存在下でのQIAEX IIシリカゲル粒子上への核酸の選択的吸着に基づいています。QIAEX IIは、フェノール抽出やエタノール沈殿を用いることなく、DNAを塩、アガロース、ポリアクリルアミド、色素、タンパク質およびヌクレオチドからDNAを分離します。QIAEX IIは、TAEまたはTBEバッファーのいずれかで、あらゆるタイプのアガロースに対して効果的です。

QIAEX II粒子は、ゲル抽出のために使われます。大きなDNAフラグメントに対して剪断をすることなく効率的に回収します。最適化されたバッファーにより、ヨウ化ナトリウムなしでDNAの回収ができます。ヨウ化ナトリウムはDNAサンプルから除去することができず、後に続く反応に影響するおそれがあるためです。

QIAEX IIシステムと共に使用する可溶化および結合バッファーには、ユニークなpH指示薬が含まれています。単純な色の変化で、結合混合液のpHが、QIAEX IIシリカ粒子へのDNAの効率的な吸着に最適かどうかを判断することができます。（「pH指示薬色素」の図を参照）この色素は、さらに結合混合液内の可溶化しないアガロースを容易に可視化することもでき、最大の収量を得るために完全な可溶化を保証します。

可溶化および結合バッファー中のpH指示薬色素により、DNA吸着の最適なpH（pH ≤7.5）を目視で簡単に決定することができます。アガロースゲル電気泳動バッファーを繰り返し使用したり、バッファーの調製が間違っていたりすると、binding-mixtureのpHが不適切になるおそれがあります。この場合、pHは、10 µlの3 M 酢酸ナトリウム、pH 5.0を追加することで容易に調整できます。

図参照

pH Indicator Dye。

操作手順

QIAEX IIシリカゲル粒子は、可溶化したゲルスライスに添加され、短い遠心分離のステップにより回収されます。（「QIAEX IIの操作手順」のフローチャートを参照）。洗浄後、純粋なDNAフラグメントは20 µlのTrisバッファーまたは水に溶出します。

QIAEX IIシステムは、結合および洗浄バッファーや総合ハンドブックと共にQIAEX II懸濁液を提供します。アガロースゲル、溶液、ポリアクリルアミドゲルからのDNA精製のためのプロトコールが提供されています。

図参照

QIAEX IIの操作手順。

アプリケーション

QIAEX IIシステムで精製されたDNAは、直接に以下を含むほとんどのアプリケーションに使用できます。

制限酵素処理
Labeling
ライゲーション
PCR

特徴	仕様
結合容量	5 µg/10 µl
溶出量	20 µl
フォーマット	チューブ
フラグメントサイズ	40 bp – 50 kb
処理	手動
回収：オリゴヌクレオチドdsDNA	回収：dsDNAフラグメント
除去＜10mers 17–40mersダイターミネータータンパク質	除去＜40mers
サンプルタイプ：アプリケーション	DNA：PCR反応
技術	シリカテクノロジー

裏付けデータと数値

一貫した回収。

QIAEX II Gel Extraction Kitによる1%アガロースゲルからのさまざまな量の2.9 kb DNAフラグメントの回収を示します。

リソース

Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.

Publications

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FAQ

Larger DNA fragments bind more tightly to the QIAquick columns. It is difficult to predict whether a DNA fragment larger than 10 kb can be efficiently recovered, because this depends on base composition as well as fragment size. If the fragment is only a few kb larger than the 10 kb limit, it can be helpful to heat the elution buffer EB to 60°C and let it incubate on the column for a few minutes before centrifuging. However, please note that it will become less likely to recover your sample the larger the fragment size is. As we cannot guarantee recovery of fragments larger than the maximum cutoff size, we do not recommend to purify such fragments using QIAquick Kits.

The QIAEX II Kit can be used to extract DNA fragments up to 50 kb from agarose or polyacrylamide gels.

FAQ ID -756

Assuming that the ligation conditions are correct, QIAEX II particle carryover may affect ligation efficiency. Under low salt conditions, enzymes may bind to QIAEX II particles, thus reducing enzymatic activity in the ligation reaction. To remove the particles, centrifuge the tube containing the DNA for 30 seconds before pipetting the DNA.

FAQ ID -141

Cut out the slice of agarose containing the DNA fragment of interest, and store it at 4^oC in an Eppendorf tube sealed with Parafilm.

FAQ ID -313

Yes, single stranded DNA can be isolated from agarose or polyacrylamide gels using the QIAEX II Gel Extraction Kit.

FAQ ID -576

DNA fragments purified with the QIAGEN DNA Cleanup Systems, i.e., the QIAquick PCR Purification Kit, the MinElute Reaction Cleanup Kit, the QIAEX II Gel Extraction Kit etc. may float out of the loading wells of agarose gels due to residual ethanol carried over from the wash step with Buffer PE (despite the addtition of glycerol-containing loading buffer).

Use either of the following options to remove residual ethanol from the eluate:

re-purify the sample using a QIAquick-, or MinElute column, or QIAEX II resin
incubate the eluate at 56°C for 10 min to evaporate the ethanol
dry down the sample in a vacuum centrifuge, and resuspend the pellet in a small volume of sterile water

FAQ ID -205

Yes, bisulfite containing methylation reactions can be cleaned up with our silica-based cleanup products, such as QIAquick and QIAEX II. Please see Goyon et al. (1994), 'Perpetuation of cytosine methylation in Ascobolus immersus implies a novel type of maintenance methylase', published in J Mol Biol. 1994 Jul 1;240(1):42-51, for a reference.

FAQ ID -519

Occasionally, DNA fragments eluted from the silica matrix of QIAquick, MinElute or QIAEX II Kits will contain denatured single-stranded DNA (ssDNA), appearing as a smaller band on an analytical gel. Under certain conditions, chaotropic agents (present in all silica-based DNA purification methods) can denature DNA fragments. This is a rare event that may be influenced by sequence characteristics such as the presence of inverted repeats or A–T-rich stretches.

Because salt and buffering agents promote renaturation of DNA strands, the following tips are recommended:

use the eluted DNA to prepare your downstream enzymatic reaction, but omit the enzyme. Incubate the reaction mix at 95°C for 2 minutes to reanneal the ssDNA, and allow the tube to cool slowly to room temperature before adding the enzyme and proceeding
alternatively, the DNA can be eluted from the silica-gel membrane or resin in 10 mM Tris buffer containing 10 mM NaCl. However, the salt concentration of the eluate must then be taken into consideration in downstream applications.

FAQ ID -148

The QIAEX II and QIAquick Gel Extraction Kit can be used to extract DNA from polyacrylamide gels.

The QIAEX II Handbook contains a protocol for Polyacrylamide Gel Extraction. A specialized User-Developed Protocol (QQ05) is available when using the QIAquick Gel Extraction Kit for this purpose.

Both protocols require the preparation of a diffusion buffer and a disposable plastic column or syringe barrel containing a Whatman GF/C filter or siliconized glass wool. To ensure optimal diffusion, cut the gel slices as small as possible, and use 2 volumes of diffusion buffer per 1 volume of gel. Increasing incubation time (protocol step 3) may result in higher yields.

FAQ ID -120