QIAEX II System Gel Extraction Kit

Pour la purification de fragments d’ADN (40 pb à 50 kb) à partir de milieux gélifiés et de solutions

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QIAEX II Gel Extraction Kit (150)

Cat. No. / ID:   20021

Pour 150 extractions : 3 × 0,5 ml QIAEX II Suspension, tampons
3 410,00 NOK
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Reactions
150
500
Le Système QIAEX II est destiné aux applications de biologie moléculaire. Ce produit n’est pas conçu pour le diagnostic, la prévention ou le traitement des maladies.

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Caractéristiques

  • Extraction performante d’ADN à partir de 40 pb à 50 kb
  • Extraction sur gel à partir de gels d’agarose TAE ou TBE et de gels de polyacrylamide
  • Pas d’iodure de sodium perturbant les réactions suivantes
  • Pas de cisaillage de gros fragments d’ADN

Détails produit

Le système QIAEX II contient une suspension de particules de silice à laquelle se lient les fragments d’ADN en présence de sels chaotropiques. La suspension QIAEX II est ajoutée à des solutions ou des plaques de gel d’agarose solubilisé et se lie à l’ADN. Les particules sont collectées par une brève centrifugation et lavées puis un ADN de 40 pb à 50 kb est élué dans un tampon Tris ou de l’eau.

Performances

Avec le système QIAEX II, vous pouvez récupérer sans difficulté 10 ng à 10 µg d’ADN (voir l’illustration  « Une récupération homogène »). La procédure polyvalente de purification par lof de fragments de gel peut facilement être adaptée à une capacité de liaison de 15 µg grâce à 30 µl de suspension QIAEX II.

Le système QIAEX II contient des particules de silice destinées à la purification de 60 à 95 % des fragments d’ADN (40 pb à 50 kb). Un volume de suspension QIAEX II de 10 µl peut se lier à 5 µg d’ADN, qui sont ensuite élués dans 20 µl.

Récupération selon la taille

Taille d’ADNRécupération, en pourcentage*
44 pb75
75 pb75
500 pb95
7,5 kb85
23,5 kb75
48,5 kb60
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Principe

La purification des fragments d’ADN avec le système QIAEX II est basée sur la solubilisation de l’agarose et l’adsorption sélective des acides nucléiques sur les particules de gel de silice QIAEX II en présence de sels chaotropiques. Le QIAEX II sépare l’ADN des sels, de l’agarose, du polyacrylamide, des colorants, des protéines et des nucléotides sans extraction au phénol ni précipitation à l’éthanol. Le QIAEX II est efficace pour tout type d’agarose dans des tampons TAE ou TBE.

Les particules du QIAEX II donnent une bouillie destinée à l’extraction sur gel et assurent une bonne récupération sans cisaillage, même pour les gros fragments d’ADN. Des tampons optimisés permettent de récupérer l’ADN sans iodure de sodium, qui est difficile à éliminer des échantillons d’ADN et peut avoir une incidence sur les réactions suivantes.

Le tampon de solubilisation et de liaison utilisé avec le système QIAEX II contient un indicateur de pH unique. Un simple changement de couleur indique si le pH du mélange de liaison est optimal pour une adsorption efficace de l’ADN sur les particules de silice du QIAEX II (voir l’illustration  « Colorant indicateur de pH »). Le colorant marqué permet aussi de mieux visualiser l’agarose non solubilisé dans le mélange de liaison, cela garantit une solubilisation complète pour un rendement maximal.

Le colorant indicateur de pH dans le tampon de solubilisation et de liaison facilite la détermination visuelle du pH optimal pour l’adsorption de l’ADN (pH ≤ 7,5). Vous risquez d’obtenir un pH incorrect du mélange de liaison si le tampon de l’électrophorèse sur gel d’agarose a été utilisé fréquemment ou préparé de façon incorrecte. Dans ce cas, vous pouvez ajuster le pH sans problème par l’ajout de 10 µl d’acétate de sodium 3 M, pH 5,0.

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Procédure

Les particules de gel de silice QIAEX II sont ajoutées à la plaque de gel solubilisé puis les particules sont collectées par une brève étape de centrifugation (voir le schéma  « Procédure QIAEX II »). Après le lavage, le fragment d’ADN pur est élué dans 20 µl de tampon Tris ou d’eau.

Le système QIAEX II contient une suspension QIAEX II, des tampons de liaison et de lavage et un manuel complet. Les protocoles sont proposés pour la purification d’ADN à partir de gels d’agarose, de solutions et de gels de polyacrylamide.

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Applications

L’ADN purifié à l’aide du système QIAEX II peut être utilisé directement dans la plupart des applications, notamment :

  • Digestion par enzymes de restriction
  • Marquage
  • Ligature
  • PCR

CaractéristiquesSpécifications
Capacité de liaison5 µg/10 µl
Volume d’élution20 µl
FormatTube
Taille du fragment40 pb – 50 kb
TraitementManuel
Récupération : oligonucléotides ADNdbRécupération : fragments d’ADNdb
Élimination < 10 mères 17 à 40 mères de protéines de terminateurs colorésÉlimination < 40 mères
Type d’échantillon : applicationsADN : réactions de PCR
TechnologieTechnologie à base de silice

Données et illustrations utiles

Ressources

Kit Handbooks (1)
Safety Data Sheets (1)
Quick-Start Protocols (1)
Certificates of Analysis (1)

Publications

T-B+NK+ severe combined immunodeficiency caused by complete deficiency of the CD3zeta subunit of the T-cell antigen receptor complex.
Roberts JL; Lauritsen JP; Cooney M; Parrott RE; Sajaroff EO; Win CM; Keller MD; Carpenter JH; Carabana J; Krangel MS; Sarzotti M; Zhong XP; Wiest DL; Buckley RH;
Blood; 2006; 109 (8):3198-206 2006 Dec 14 PMID:17170122
Role for nonstructural protein 1 of severe acute respiratory syndrome coronavirus in chemokine dysregulation.
Law AH; Lee DC; Cheung BK; Yim HC; Lau AS;
J Virol; 2006; 81 (1):416-22 2006 Oct 11 PMID:17035307
Effects of the chemotherapeutic agent doxorubicin on the protein C anticoagulant pathway.
Woodley-Cook J; Shin LY; Swystun L; Caruso S; Beaudin S; Liaw PC;
Mol Cancer Ther; 2006; 5 (12):3303-11 2006 Dec PMID:17172434
Exportin-5 orthologues are functionally divergent among species.
Shibata S; Sasaki M; Miki T; Shimamoto A; Furuichi Y; Katahira J; Yoneda Y;
Nucleic Acids Res; 2006; 34 (17):4711-21 2006 Sep 8 PMID:16963774

FAQ

I bound an 11 kb DNA fragment to a QIAquick column; is it completely lost?

Larger DNA fragments bind more tightly to the QIAquick columns. It is difficult to predict whether a DNA fragment larger than 10 kb can be efficiently recovered, because this depends on base composition as well as fragment size. If the fragment is only a few kb larger than the 10 kb limit, it can be helpful to heat the elution buffer EB to 60°C and let it incubate on the column for a few minutes before centrifuging. However, please note that it will become less likely to recover your sample the larger the fragment size is. As we cannot guarantee recovery of fragments larger than the maximum cutoff size, we do not recommend to purify such fragments using QIAquick Kits.

The QIAEX II Kit can be used to extract DNA fragments up to 50 kb from agarose or polyacrylamide gels.

 

FAQ ID -756
How can I improve ligation efficiency of DNA from a QIAEX II Gel Extraction Kit?
Assuming that the ligation conditions are correct, QIAEX II particle carryover may affect ligation efficiency. Under low salt conditions, enzymes may bind to QIAEX II particles, thus reducing enzymatic activity in the ligation reaction. To remove the particles, centrifuge the tube containing the DNA for 30 seconds before pipetting the DNA.
FAQ ID -141
Can I store agarose gel slices containing DNA for gel extraction at a later point?
Cut out the slice of agarose containing the DNA fragment of interest, and store it at 4oC in an Eppendorf tube sealed with Parafilm.
FAQ ID -313
Is it possible to isolate single stranded DNA (ssDNA) with the QIAEX II Kit from agarose or polyacrylamide gels?
Yes, single stranded DNA can be isolated from agarose or polyacrylamide gels using the QIAEX II Gel Extraction Kit.
FAQ ID -576
Why does my DNA sample float out of the slot when loading it onto an agarose gel?

DNA fragments purified with the QIAGEN DNA Cleanup Systems, i.e., the QIAquick PCR Purification Kit, the MinElute Reaction Cleanup Kit, the QIAEX II Gel Extraction Kit etc. may float out of the loading wells of agarose gels due to residual ethanol carried over from the wash step with Buffer PE (despite the addtition of glycerol-containing loading buffer).

Use either of the following options to remove residual ethanol from the eluate:

  • re-purify the sample using a QIAquick-, or MinElute column, or QIAEX II resin
  • incubate the eluate at 56°C for 10 min to evaporate the ethanol
  • dry down the sample in a vacuum centrifuge, and resuspend the pellet in a small volume of sterile water
FAQ ID -205
Is it possible to clean up a methylation reaction containing bisulfite with QIAquick Cleanup Kits?
Yes, bisulfite containing methylation reactions can be cleaned up with our silica-based cleanup products, such as QIAquick and QIAEX II. Please see Goyon et al. (1994),  'Perpetuation of cytosine methylation in Ascobolus immersus implies a novel type of maintenance methylase', published in J Mol Biol. 1994 Jul 1;240(1):42-51, for a reference.
FAQ ID -519
What is the small band below my fragment of interest on an agarose gel after DNA cleanup using QIAquick?

Occasionally, DNA fragments eluted from the silica matrix of QIAquick, MinElute or QIAEX II Kits will contain denatured single-stranded DNA (ssDNA), appearing as a smaller band on an analytical gel. Under certain conditions, chaotropic agents (present in all silica-based DNA purification methods) can denature DNA fragments. This is a rare event that may be influenced by sequence characteristics such as the presence of inverted repeats or A–T-rich stretches.

Because salt and buffering agents promote renaturation of DNA strands, the following tips are recommended:

  • use the eluted DNA to prepare your downstream enzymatic reaction, but omit the enzyme. Incubate the reaction mix at 95°C for 2 minutes to reanneal the ssDNA, and allow the tube to cool slowly to room temperature before adding the enzyme and proceeding
  • alternatively, the DNA can be eluted from the silica-gel membrane or resin in 10 mM Tris buffer containing 10 mM NaCl. However, the salt concentration of the eluate must then be taken into consideration in downstream applications.
FAQ ID -148
How can I extract DNA from a polyacrylamide (PAGE) gel?

The QIAEX II and QIAquick Gel Extraction Kit can be used to extract DNA from polyacrylamide gels.

The QIAEX II Handbook contains a protocol for Polyacrylamide Gel Extraction. A specialized User-Developed Protocol (QQ05) is available when using the QIAquick Gel Extraction Kit for this purpose.

Both protocols require the preparation of a diffusion buffer and a disposable plastic column or syringe barrel containing a Whatman GF/C filter or siliconized glass wool. To ensure optimal diffusion, cut the gel slices as small as possible, and use 2 volumes of diffusion buffer per 1 volume of gel. Increasing incubation time (protocol step 3) may result in higher yields.

FAQ ID -120