PCR digitale

Applications de dPCR sur nanoplaques

Que pouvez-vous faire avec la PCR digitale ?

Que vous manipuliez des échantillons précieux, que vous analysiez des mutations rares ou que vous étudiiez des échantillons contenant des inhibiteurs, la dPCR sur nanoplaques offre des données précises et reproductibles. Le flux de travail rapide et automatisé réduit considérablement la variabilité et améliore la cohérence, tout en étant si simple qu’il ne nécessite que très peu de formation pour être maîtrisé.

La PCR digitale, et plus particulièrement la dPCR sur nanoplaques sur QIAcuity, révolutionne la recherche en répondant dès aujourd’hui à vos questions. La méthode se met au service d’applications pour lesquelles les limites des technologies de qPCR et de dPCR constituaient autrefois un obstacle. Découvrez ci-dessous ce que la technologie peut faire pour votre application spécifique.

Détection des mutations rares

La détection des mutations rares (RMD) est la détection d’un variant de séquence qui n’est que très faiblement présent dans un pool de fonds de type sauvage (moins de 1 % ou même 0,1 %). Ainsi, pour détecter et quantifier des événements rares, tels que les mutations ponctuelles ou les polymorphismes mononucléotidiques (SNP), il faut une méthode sensible et d’une grande précision. Le défi consiste à distinguer deux séquences particulièrement similaires, l’une étant nettement plus abondante que l’autre.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour la détection des mutations rares

Possibilité de charger un grand volume de réactions en 26 000 fractions, ce qui augmente considérablement les chances de trouver une cible rare
Multiplexage pour le séquençage de mutants et de types sauvages afin de détecter de faibles fractions de molécules mutantes rares sur un fond de types sauvages abondants

Un véritable problème d’aiguille dans une botte de foin

La détection de mutations de faible fréquence dans les biopsies liquides revient à chercher une aiguille dans une botte de foin. La PCR digitale permet de détecter et de quantifier ces molécules rares et ouvre de nouvelles perspectives pour la découverte de biomarqueurs spécifiques, la détection précoce des tumeurs et l’analyse de la réponse au traitement. La PCR digitale QIAcuity sur nanoplaques, avec sa méthode de travail rapide, son fractionnement supérieur et sa fonction hyperwell unique, étend la sensibilité et la précision exceptionnelles d’une méthode dPCR pour trouver la seule copie du mutant, même dans les échantillons les plus difficiles.

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Découvrez nos solutions QIAcuity pour les tests cliniques et la recherche en oncologie

Analyse de la variation du nombre de copies

L’analyse de la variation du nombre de copies (CNV) permet de déterminer le nombre de copies d’un gène spécifique dans un génome donné. On sait qu’il y a deux copies de gènes par génome, mais ces gènes peuvent être plus nombreux dans certains cas. L’amplification (qui active les oncogènes) et la délétion (qui inactive les gènes suppresseurs de tumeurs) des gènes constituent d’importantes altérations du nombre de copies (CNA) qui affectent les gènes liés au cancer, en plus des altérations génomiques telles que les mutations ponctuelles, les translocations et les inversions. La plupart des gènes liés au cancer affectés par les CNA ont été définis comme des gènes critiques dans les voies de signalisation du cancer impliquées dans la carcinogenèse et la progression du cancer. Les CNV sont une source essentielle de diversité génétique (délétion ou duplication d’un locus), elles permettent d’étudier les gènes associés à des maladies neurologiques et auto-immunes courantes, des affections génétiques et de mauvaises réponses au traitement.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour l’analyse de la CNV

Détection de changements de moins de 1,2 fois dans les CNV, avec des résultats en 2 heures environ
Amélioration du niveau économique et du débit de l’analyse de la CNV par dPCR avec la nanoplaque 8.5K ou capacités de multiplexage ou discrimination plus fine des états consécutifs du nombre de copies avec la nanoplaque 26K
Calcul automatique des CNV avec la QIAcuity Software Suite et possibilité de concevoir des dosages personnalisés

PCR digitale multiplexe pour l’analyse du nombre de copies des cibles mitochondriales et génomiques

Découvrez un flux de travail pour les analyses à haut débit des nombres de copies de cibles dans les cellules cultivées. Le processus combine un tri cellulaire rapide et précis de CellenONE pour garantir qu’un nombre exact de cellules est utilisé dans les réactions en aval. Les échantillons sont soumis à une détection par sonde sur le QIAcuity Digital PCR System avec multiplexage de cinq cibles maximum dans une seule réaction dPCR avec une optimisation minimale. Le flux de travail permet une quantification absolue précise de l’ADN par dPCR pour l’analyse de cibles de faible abondance ainsi que de cibles multicopies au niveau de la cellule individuelle.

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Biopsie liquide

Une biopsie liquide, également appelée biopsie des fluides, consiste à échantillonner et analyser des tissus biologiques non solides, principalement du sang. Elle est avant tout utilisée comme outil de diagnostic et de surveillance de maladies telles que le cancer. La biopsie liquide est moins invasive pour le donneur que la biopsie tissulaire. Lorsque des cellules tumorales meurent, elles libèrent de l’ADNtc dans le sang. Les mutations cancéreuses dans l’ADNtc reflètent celles qui sont détectées dans les biopsies tumorales standard, elles peuvent ainsi être utilisées comme biomarqueurs moléculaires pour le suivi de la maladie. Le problème, c’est la faible concentration d’ADNtc dans les cellules tumorales du sang. La référence en la matière est l’utilisation du séquençage à haut débit (NGS), du pyroséquençage ou de la qPCR en temps réel, mais l’inconvénient de ces méthodes est leur limite de détection (LOD) restreinte. Le pyroséquençage pour les tissus tumoraux est d’environ 10 %, le NGS est entre 1 et 5 %, et la capacité de détection de la qPCR est de l’ordre de 1 %. Cela pose un vrai problème de rechute au cours de la surveillance de la maladie résiduelle du donneur en raison de la limite des niveaux de détection.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour l’analyse de biopsie liquide

Chargez jusqu’à 28 µl d’échantillon pour augmenter la LOD et limiter l’erreur de sous-échantillonnage avec la nanoplaque 26K QIAcuity. Elle vous permet de générer plus de points de données pour sécuriser les petits changements d’expression ou pour la surveillance des maladies résiduelles.
Détectez des mutations ultra-rares jusqu’à une fréquence allélique des variants de 0,01 %.
Manipulez des échantillons plus bruts comme le sang total et l’urine, car l’efficacité de l’amplification n’a aucune incidence sur la mesure par dPCR

Détection des mutations PIK3CA à partir de l’ADNcf par dPCR dans le cadre d’une biopsie liquide

Dans cette note d’application, nous démontrons l’utilité du QIAcuity Digital PCR System pour détecter en toute confiance les variants ultra-rares de PIK3CA dans l’ADNlc. Les flux de travail manuels QIAamp et les flux de travail automatisés EZ2 et QIAsymphony ont fourni l’ADNlc avec un rendement et une pureté élevés à partir de grands volumes de plasma allant jusqu’à 10 ml. Les flux de travail automatisés de QIAGEN ont également éliminé le besoin de préenrichissement manuel ou de préparation des plaques. De plus, nous avons démontré la comparabilité des quantifications de dPCR et de Qubit et la capacité de la dPCR à quantifier les fréquences de mutation PIK3CA dans l’ADNlc avec une précision, un coût et un gain de temps élevés.

Détection microbienne

La prévalence croissante des maladies infectieuses et des épidémies souligne la nécessité d’améliorer la détection et l’analyse des microbes, en particulier des agents pathogènes. L’association de la rapidité, de la sensibilité élevée, de la précision et de la quantification absolue est primordiale pour la détection des agents pathogènes et l’analyse du microbiome dans les domaines de la santé publique et de l’épidémiologie. La PCR digitale, méthode rapide, sensible et précise, est très utile pour identifier, détecter, caractériser et surveiller les changements dans les agents pathogènes et les microbiomes. Les domaines d’application de la dPCR dans la détection microbienne vont des agents pathogènes dans l’alimentation, à la pharmacorésistance, à la recherche de micro-organismes, à l’étude des gènes de l’antibiorésistance et à l’analyse des relations virus/bactéries-hôtes.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour la détection microbienne

Quantification précise et absolue du matériel microbien, même à partir d’échantillons complexes ou d’échantillons contenant des niveaux élevés d’inhibiteurs
Des volumes d’échantillons plus importants (jusqu’à 28 µl) avec la nanoplaque 26K pour optimiser la sensibilité et détecter des cibles en dessous des limites de détection d’autres dosages commerciaux
Possibilité de multiplexage jusqu’à cinq dosages avec une sélection de dosages personnalisés ou plus de 700 dosages du catalogue pour des cibles microbiennes (bactériennes, virales, facteurs de virulence, gènes métaboliques auxiliaires, etc.)

Surveillance des eaux usées par dPCR

La détection de la présence d’agents pathogènes dans les eaux usées, tels que SARS-CoV-2, Legionella spp. ou Salmonella, permet de prévoir les épidémies et de fournir des données épidémiologiques essentielles. Cependant, les eaux usées sont très hétérogènes et une méthode capable d’identifier des cibles rares dans un tel mélange est nécessaire. C’est là que la véritable puissance de la dPCR se révèle. La quantification absolue par dPCR détecte les événements rares, réduit l’impact des inhibiteurs de la PCR et élimine le besoin de courbes d’étalonnage, simplifiant ainsi la détection des agents pathogènes dans les eaux usées.

Quantification de la charge virale

Le test de la charge virale permet de mesurer la quantité d’un virus spécifique dans un échantillon biologique. Les résultats sont présentés en nombre de copies de l’ARN viral par millilitre d’échantillon. Les tests de la charge virale permettent de diagnostiquer les infections virales aiguës, d’orienter le choix du traitement et de surveiller la réponse au traitement médical.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour la détection des gènes de virulence

Détectez les gènes à faible abondance avec la nanoplaque 26K, qui permet plus de fractionnement par échantillon et un plus grand volume de charge d’échantillon
Capacité à analyser des cibles microbiennes et virales, avec une détection hautement spécifique de la seule séquence d’intérêt
Analyse précise et efficace grâce au multiplexage de cinq cibles en une seule réaction

Utilisation de la dPCR pour identifier et quantifier les maladies à transmission vectorielle véhiculées par les moustiques

Le QIAcuity Digital PCR System a été utilisé pour détecter et quantifier des virus à forte et faible concentration véhiculés par des moustiques porteurs du virus du Nil occidental (réf. DMA00455) et du virus des Flandres dans une comparaison côte à côte avec la real-time PCR quantitative (qPCR). Le QIAcuity Digital PCR System combiné au QIAcuity One-Step Viral RT-PCR Kit a permis une détection et une quantification précises des virus à transmission vectorielle chez les moustiques avec des résultats plus fiables que la qPCR, en particulier pour les cibles à faible abondance. Le multiplexage a permis la détection et la quantification de plusieurs cibles en une seule réaction, augmentant ainsi le débit des échantillons à un coût réduit par cible.

Thérapie cellulaire et génique

La PCR digitale permet une série d’applications de thérapie génique, notamment la mesure du titre du génome des vecteurs des virus adéno-associés, du nombre de copies des vecteurs lentiviraux et le développement et la fabrication de thérapies par lymphocytes T à récepteur antigénique chimérique (CAR-T). Cet aspect est essentiel pour développer des thérapies cellulaires et géniques efficaces et reproductibles tout en garantissant la sécurité des patients.

Mesure des vecteurs viraux

Découvrez comment la dPCR QIAcuity peut offrir le même niveau d’exactitude et de précision en quantification du titre viral que la méthode de ddPCR classique, mais avec une vitesse accrue et un débit et une flexibilité globalement supérieurs. Découvrez un flux de travail complet, de la lyse du vecteur viral à la quantification de l’ADN résiduel en passant par le titrage du génome du vecteur et la détermination de l’intégrité du génome avec une précision, une reproductibilité et une rapidité supérieures.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour le titrage des VAA

Détermination cohérente et fiable du vecteur final grâce à la lyse efficace des capsides et à l’élimination de l’ADN résiduel à l’aide de nos kits spécialisés
Réduction des erreurs et mise en œuvre facile avec un seul protocole comportant un nombre minimal d’étapes manuelles et seulement 10 minutes de temps de travail.
Précision et flexibilité accrues grâce au multiplexage avec jusqu’à 10 dosages de cible individuelle avec différentes combinaisons de colorants ; possibilité d’étendre la capacité à 5-plex avec des dosages de gènes d’intérêt (GOI).
Évaluation précise de l’intégrité du génome en utilisant simultanément jusqu’à 5 cibles grâce à notre logiciel avancé QIAcuity

Tous nos contenus les plus précieux en matière de thérapie cellulaire et génique en un seul endroit

Explorez notre centre de contenu spécialisé, qui montre comment l’utilisation de la dPCR dans les applications de thérapie cellulaire et génique peut offrir des avantages spécifiques : précision, rapidité et commodité. Découvrez les dernières notes d’application, les posters scientifiques, les webinaires et les vidéos sur la façon dont la dPCR peut vous aider à mettre plus rapidement sur le marché des thérapies avancées. Découvrez les nombreuses utilisations de la dPCR dans vos projets de thérapie cellulaire et génique, de la recherche aux bioprocédés en passant par le contrôle qualité (CQ).

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Quantification de l’ADN résiduel des cellules hôtes

L’ADN de cellules hôtes ou ADN résiduel (ADNr) est transféré lors du processus de fabrication des produits biopharmaceutiques. Les niveaux acceptables sont établis par des organismes de réglementation tels que la Food and Drug Administration des États-Unis et l’Organisation mondiale de la santé. Les kits de quantification de l’ADN résiduel sont parfaits pour une quantification très précise de l’ADNr dans les bioprocédés complexes. Les cellules hôtes couramment utilisées lors du développement de thérapies géniques, de protéines thérapeutiques et d’autres produits biothérapeutiques comprennent le rein embryonnaire humain 293 (HEK293), l’ovaire de hamster chinois (CHO) et E. coli.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour la quantification de l’ADN résiduel des cellules hôtes

Configuration facile et détection de l’ADN des cellules hôtes grâce à un Master Mix prémélangé et à un contrôle positif/interne
Détection précise de l’ADN résiduel d’E. coli, CHO et HEK293 jusqu’à un faible femtogramme, même en présence de contaminants et d’inhibiteurs de la PCR
Les dosages de cible multicopie spécifiques aux espèces garantissent que les résultats ne sont pas affectés par le niveau de fragmentation de l’ADNr.
Validation de la précision de la quantification ou études de rapprochement possibles à l’aide des étalons vérifiés par dPCR

Quantification directe de l’ADN résiduel des cellules hôtes à l’aide de la QIAcuity Digital PCR Platform

La surveillance de l’ADN résiduel de cellules hôtes (ADNr) est une étape importante du processus de fabrication des protéines, des vaccins et d’autres produits biopharmaceutiques. Le transfert potentiel d’ADNr pose un problème de sécurité et fait l’objet d’un suivi attentif de la part des organismes de réglementation. Dans ce poster scientifique, découvrez comment la PCR digitale s’est imposée comme la méthode de choix pour la quantification de l’ADN résiduel en raison de sa sensibilité et de sa précision de détection inégalées pour un échantillon de moindre quantité dans les intermédiaires complexes des bioprocédés.

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Détection des mycoplasmes

Les mycoplasmes sont des contaminants des produits biologiques dérivés de lignées cellulaires dans l’industrie biopharmaceutique. Les mycoplasmes peuvent apparaître dans les cultures cellulaires à la suite d’une contamination des lignées cellulaires sources elles-mêmes (substrats cellulaires) ou de l’introduction fortuite de mycoplasmes au cours de la production. Plusieurs lignes directrices sur le risque de contamination et des documents techniques sur la sécurité des mycoplasmes pour la fabrication de produits biologiques sont disponibles.

La PCR digitale peut être utilisée pour détecter la contamination des cultures cellulaires et d’autres produits biologiques dérivés des cultures cellulaires. Par exemple, le QIAcuity Mycoplasma Quant Kit est un kit RT-dPCR qui détecte l’ARNr et l’ADN, ce qui permet une grande sensibilité de la méthode. Un contrôle d’amplification interne permet d’éviter les faux négatifs dus à des inhibiteurs de la PCR, à une mauvaise extraction de l’ARN ou à une réaction RT incorrecte. Le dosage basé sur des sondes peut quantifier et détecter 127 espèces différentes de mycoplasmes.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour la détection des mycoplasmes

Conforme : flux de travail NAT (Nucleic Acid Technique) pour la recherche de mycoplasmes, conforme aux pharmacopées européenne, américaine et japonaise.
Rapide : pas de culture fastidieuse de mycoplasmes nécessaire
Sensible : la détection de l’ARNr permet d’obtenir une sensibilité plus élevée qu’en utilisant uniquement l’ADN, en raison des multiples copies présentes dans une cellule bactérienne individuelle (détection de < 10 UFC/ml). Le dosage est toujours capable de détecter l’ADN si l’étape RT est omise, ce qui lui confère un degré élevé de flexibilité.
Prévalidé : le flux de travail a été testé de manière approfondie dans le cadre d’un rapport de validation complet qui peut réduire vos propres efforts de validation.
Dix kits d’UFC standard de mycoplasmes pour la validation en interne ou comme contrôle positif sans introduction de mycoplasmes vitaux.

Analyse d’expression génique

Le profilage de l’expression génique compare simultanément les niveaux d’expression de plusieurs gènes entre deux ou plusieurs échantillons. Cette analyse peut aider les chercheurs à définir la base moléculaire des différences phénotypiques et à sélectionner les cibles de gènes pour une étude approfondie. Le profilage de l’expression génique offre un aperçu précieux du rôle de l’expression génique différentielle dans les états biologiques sains et pathologiques.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour la quantification de l’expression génique

Détectez des changements de faible amplitude, en particulier dans des quantités de modèles faibles
Validez les résultats avec une concentration absolue et une abondance inférieure à 1 % en fonction de la quantité introduite
Obtenez une grande précision et une gamme dynamique élevée de log5 avec la nanoplaque 26K ou réalisez des cycles économiques avec des réactions de 12 µl et des options de débit élevé pour des cibles « similaires » exprimées (changement d’expression jusqu’à environ 4 fois) sur une nanoplate 8.5K

Comparaison de la dPCR et de la qPCR pour quantifier l’expression génique et le taux de bactéries chez les guêpes

Il existe déjà des méthodes utilisant la qPCR pour évaluer l’expression génique et le nombre de bactéries chez les arthropodes. Bien que la qPCR soit une méthode avantageuse pour l’analyse de l’expression génique, elle souffre de certaines limitations, notamment la nécessité de disposer de matériaux de référence. Dans cette note d’application, nous comparons les performances. Cette note d’application compare les performances de la qPCR et de la dPCR dans la quantification de l’expression génique et du taux de bactéries Wolbachia chez les guêpes parasites Nasonia.

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Analyse d’expression du micro-ARN

Le profilage de l’expression du micro-ARN (miARN) compare simultanément les niveaux d’expression d’un ou plusieurs micro-ARN entre deux ou plusieurs échantillons. Cette analyse peut aider les chercheurs à identifier et quantifier le micro-ARN comme biomarqueur d’affections telles que le cancer. Elle offre un aperçu précieux du rôle de l’expression du micro-ARN dans les états biologiques sains et pathologiques.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour l’analyse d’expression du micro-ARN

Discrimination des différences de nucléotides individuels dans des micro-ARN étroitement liés par la séquence grâce à la haute spécificité de la dPCR
Quantification absolue des modifications subtiles de l’expression des micro-ARN, en particulier dans les faibles quantités de matrice

Analyse des micro-ARN dans des pools cellulaires définis et des cellules individuelles à l’aide de la PCR digitale

Cette note d’application présente une combinaison des technologies cellenONE et QIAcuity pour la quantification absolue à haut débit des micro-ARN dans des pools de cellules bien définis et au niveau d’une cellule individuelle. Découvrez comment les tampons de lyse FastLane ont réduit le temps d’intervention et comment la chimie du QIAcuity, à base d’EG, a permis d’analyser les micro-ARN sans optimisation majeure. Explorez l’ensemble du flux de travail, du tri des cellules avec la technologie cellenONE à la quantification des micro-ARN avec le QIAcuity, pour obtenir une quantification sensible, reproductible et linéaire à partir de lysats cellulaires en entrée de RT et de PCR.

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Tests alimentaires

Les dosages de PCR digitale multiplex ont un large éventail d’applications dans l’industrie alimentaire, notamment le contrôle réglementaire, l’assurance qualité, les tests d’OGM, la détection de la fraude alimentaire et la surveillance des maladies d’origine alimentaire. Ces dosages peuvent identifier les espèces animales et retracer l’origine des produits carnés, en distinguant par exemple le porc, le chameau, le mouton, l’âne, la chèvre, la vache et le poulet en une seule réaction. Ils sont également utilisés pour quantifier les transgènes dans les tests d’OGM, des études ayant montré une sensibilité et une répétabilité supérieures à celles de la qPCR. Pour détecter les fraudes alimentaires, les dosages de dPCR peuvent identifier les ingrédients d’origine animale dans les produits végétariens ou végétaliens en ciblant des marqueurs spécifiques de l’ADN mitochondrial et chloroplastique. De plus, la dPCR est efficace pour détecter simultanément plusieurs pathogènes microbiens, tels qu’E. coli, L. monocytogenes, S. aureus et S. enterica, garantissant ainsi la sécurité et la qualité des aliments.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour les tests alimentaires

Idéal pour les échantillons à matrice complexe grâce au multiplexage et à la capacité de la dPCR à minimiser l’effet des efficacités d’amplification causées par les différences de matrice entre les matériaux de référence et les échantillons
Possibilités de débit élevé grâce au multiplexage jusqu’à cinq canaux et à un système à 8 plaques
Détection fiable des événements d’OGM rares grâce au fond réduit par le fractionnement

Analyse de cellules individuelles

Par rapport aux méthodes traditionnelles d’analyse des populations cellulaires en vrac, l’analyse de cellules individuelles permet d’obtenir des données au niveau de la cellule individuelle, ce qui aide les chercheurs à mieux comprendre l’hétérogénéité cellulaire, les fonctions biologiques, les processus et les mécanismes pathologiques. Les méthodes couramment utilisées pour l’analyse de cellules individuelles, notamment la PCR, la qPCR ou le séquençage à haut débit (NGS), manquent parfois de la sensibilité nécessaire pour détecter la cible d’intérêt.

La PCR digitale est une option émergente pour l’analyse de cellules individuelles, grâce à des plateformes de dPCR rentables, intuitives et précises, qui offrent un débit élevé, une grande sensibilité de détection et une grande précision.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour l’analyse de cellules individuelles

Une grande précision avec un fractionnement physique plus stable que les gouttelettes
La détection par sonde permet de multiplexer jusqu’à cinq cibles dans une seule réaction dPCR avec une optimisation minimale
Des résultats précis permettent d’analyser des cibles peu abondantes et des cibles à copies multiples au niveau d’une cellule individuelle

PCR digitale multiplex pour l’analyse de l’expression génétique au niveau d’une cellule individuelle

L’analyse de l’expression génétique d’une cellule individuelle nous permet de saisir l’hétérogénéité des cellules individuelles plutôt que la production moyenne d’une population de cellules. L’analyse du transcriptome à l’aide de techniques courantes basées sur la PCR et la NGS manque souvent de la sensibilité nécessaire pour détecter des cibles de cellules individuelles peu abondantes. La PCR digitale est la méthode de référence pour la quantification absolue des cibles d’ARN, ce qui permet d’étudier les changements subtils dans l’expression des gènes cibles jusqu’au niveau d’une cellule individuelle. Dans cette note d’application, découvrez un flux de travail qui combine l’isolement de cellules individuelles de haute précision avec la dPCR sur nanoplaques pour l’analyse à haut débit de l’expression génique dans les cellules cultivées.

Plus d’informations dans la note d’application

Détection de l’édition génomique (CRISPR-Cas9)

Nous utilisons des nucléases à doigt de zinc (NDZ) ou à effecteur de type activateur de transcription (TALEN) et des courtes répétitions palindromiques groupées et régulièrement espacées (CRISPR) pour modifier le génome des cellules. Ces nucléases produisent des cassures double brin (DSB) d’ADN spécifiques à un site, qui peuvent ensuite être réparées par l’assemblage de fin non homologue (NHEJ) imprécis et sujet aux erreurs (modèle de donneur/mutation ponctuelle précise) ou par des voies de réparation dirigées par l’homologie (HDR) (délétions/indels/insertions) conduisant à une mutagénèse ciblée. Il en résulte une population mixte de cellules présentant des erreurs d’indel hétérogènes et des fréquences d’édition alléliques variables. Ensuite, on mesure les fréquences d’édition génomique au niveau du locus souhaité. Les lignées cellulaires clonales isolent les cellules individuelles, qui sont ensuite dosées afin de vérifier l’événement d’édition génomique.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour la détection de l’édition génomique (CRISPR-Cas9)

Sensibilité supérieure permettant de détecter des événements d’édition présents à des fréquences de 0,5 %
Quantification absolue d’événements d’édition dans seulement 5 ng d’ADNg total
Capacité à distinguer les modifications homozygotes et hétérozygotes dans les populations clonales

Quantification de banques NGS

La quantification des banques de séquençage de nouvelle génération est une étape essentielle pour l’utilisation optimale de vos cellules de flux. Il est prouvé que la surcharge ou la sous-charge d’une banque NGS à la suite d’une quantification imprécise de la banque affecte négativement la production et la qualité des données. L’utilisation de la PCR digitale pour déterminer la concentration absolue d’un pool de banques NGS peut être grandement bénéfique pour obtenir un rendement optimal et réduire le coût par échantillon.

Avantages de l’utilisation de la PCR digitale sur nanoplaques pour la quantification des banques NGS

Quantification absolue de fragments de banque amplifiables sans biais d’amplification et sans biais standard avec des résultats en 2 heures, adaptée aux tests de routine
Reproductibilité élevée et uniformité supérieure pour le pool de banques avec couverture de tous les types de banques Illumina avec un seul dosage

Webinaire : Quantification des banques NGS à l’aide de la PCR digitale sur nanoplaques

Le séquençage de nouvelle génération peut être un processus long et coûteux si les cellules de flux NGS ne sont pas utilisées à pleine capacité. La cause la plus fréquente des problèmes de chargement est une mauvaise quantification des banques. Dans ce webinaire, apprenez à utiliser la PCR digitale pour mesurer avec précision les banques NGS, quelles que soient la longueur moyenne des fragments et leur composition.

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Quantification et interaction des protéines

La technologie de couplage par interactions protéine-protéine (Protein Interaction Coupling, PICO) d’Actome bénéficie du QIAcuity Digital PCR System pour offrir une approche particulièrement polyvalente et sensible afin de détecter et quantifier les protéines isolées et les interactions protéine-protéine. La technologie PICO traduit le statut complexe des protéines en codes-barres ADN qui peuvent être amplifiés et détectés à l’aide de la dPCR. C’est particulièrement utile pour examiner des voies cellulaires, rechercher des biomarqueurs protéiques, développer de nouveaux dosages pour la recherche pharmaceutique ou réaliser une analyse multiomique.

Avantages de l’utilisation de la dPCR sur nanoplaques pour la détection des protéines

La seule technologie sur le marché pour quantifier les protéines avec la dPCR
Détectez les protéines, les interactions protéine-protéine et les modifications post-traductionnelles au niveau de la cellule individuelle

Comment mesurer les protéines et les interactions protéine-protéine dans les échantillons biologiques avec une sensibilité moléculaire unique en utilisant le couplage par interactions protéine-protéine (PICO) et la dPCR ?

Découvrez la technologie PICO, le flux de travail complet et la place de la PCR digitale QIAcuity, les avantages de l’approche PICO par rapport aux Western blots et à la co-immunoprécipitation, et bien d’autres choses encore.

Ressources connexes

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