DyeEx Kits

• Une procédure rapide comprenant seulement deux brèves étapes de centrifugation
• Un matériau de filtration sur gel préhydraté prêt à l’emploi
• Une élimination efficace de tout terminateur coloré

Les DyeEx Kits contiennent des colonnes de centrifugation ou des plaques à 96 puits et utilisent la technologie de filtration sur gel pour éliminer les terminateurs colorés des réactions de séquençage, y compris celles du séquençage Sanger. Les réactions de séquençage sont chargées sur le matériau de filtration sur gel préhydraté. Après une brève étape de centrifugation, les réactions sont prêtes à être chargées sur un séquenceur capillaire. Les terminateurs colorés non incorporés sont retenus par la matrice de gel.

Les DyeEx Kits éliminent tout type de terminateur coloré de réactions de séquençage de l’ordre de 10 à 20 µl, y compris les colorants BigDye et dRhodamine, et les terminateurs Rhodamine, DYEnamic ET et WellRED. Après le nettoyage, les réactions de séquençage peuvent être séparées sur n’importe quel séquenceur capillaire. Nous vous recommandons d’utiliser le DyeEx 96 Kit avec le protocole optimisé.

Un séquençage de grande qualité

Les DyeEx Kits sont optimisés pour une élimination rapide et pratique des terminateurs colorés, les résultats du séquençage sont de grande qualité. A contrario, le nettoyage de réaction de séquençage par précipitation à l’éthanol est particulièrement chronophage (voir le tableau « Comparaison de la procédure DyeEx et de la précipitation à l’éthanol ») et inefficace. L’impossibilité d’éliminer correctement les terminateurs colorés entraîne souvent l’apparition de taches de colorant dans les données de séquençage qui rendent certaines portions de séquence illisibles. Si vous utilisez les DyeEx Kits pour le nettoyage des réactions de séquençage, les réactions chargées sur les instruments de séquençage sont dépourvues de terminateurs colorés. Sans les taches de colorant, la séquence est parfaitement lisible (voir l’illustration  « Des résultats de séquençage optimaux »). L’intensité de signal est élevée, ce qui donne d’importantes longueurs de lecture (voir l’illustration  « Séquence à lecture longue »).

Comparaison de la procédure DyeEx et de la précipitation à l’éthanol

S/O : sans objet

* N’inclut pas la durée nécessaire au séchage des échantillons avant le chargement du milieu gélifié (s’il y a lieu).
† Avec le protocole standard.

La procédure DyeEx utilise la filtration sur gel pour éliminer rapidement et efficacement les terminateurs non incorporés des réactions de séquençage. L’élimination des terminateurs colorés est importante pour éviter que les terminateurs colorés non incorporés ne viennent perturber l’analyse des résultats du séquençage. Le matériau de filtration sur gel DyeEx se compose de sphères présentant des pores uniformes et des molécules distinctes selon le poids moléculaire. Lorsque les mélanges réactionnels de séquençage sont appliqués aux colonnes DyeEx, les terminateurs colorés traversent les pores et sont retenus par le matériau de filtration tandis que les fragments d’ADN marqués sont exclus et récupérés dans l’effluent (voir l’illustration  « Principe de séparation DyeEx »).

L’élimination des terminateurs colorés avec les DyeEx Kits est rapide parce que la procédure est très simple (voir les schémas  « Procédure de centrifugation DyeEx 2.0 » et  « Procédure DyeEx 96 Kit »). Une brève étape de centrifugation élimine le tampon de conservation des colonnes ou des puits, les échantillons de séquençage sont chargés puis une seconde étape de centrifugation élimine les terminateurs colorés non incorporés. Les échantillons peuvent alors être chargés directement sur un séquenceur capillaire ou être séchés, de nouveau dissous puis chargés sur un gel de séquençage.

Les DyeEx Kits éliminent tout type de terminateur coloré de réactions de séquençage de l’ordre de 10 à 20 µl, y compris les colorants BigDye et dRhodamine, et les terminateurs Rhodamine, DYEnamic ET et WellRED. Après le nettoyage, les réactions de séquençage peuvent être séparées sur n’importe quel séquenceur capillaire. L’intensité de signal est élevée, ce qui donne d’importantes longueurs de lecture.