Verogen ForenSeq mtDNA Control Region Kit

• Sensibilité optimale à partir d’une faible entrée d’ADN
• Détection des variants améliorée avec de petits amplicons issus des dernières bases de données
• Excellente résolution pour les échantillons fortement dégradés
• Les capacités de multiplexage améliorent les performances opérationnelles

Le ForenSeq mtDNA Control Region Kit permet une préparation de banque pratique et performante pour interroger la région de contrôle du génome mitochondrial (MT) avec une entrée d’ADN minime et une sensibilité optimale. Grâce à l’analyse ForenSeq éprouvée, ce kit produit une série de données concise à partir de la région de contrôle entière pour un chargement direct dans le CODIS. Les capacités de multiplexage améliorent les performances opérationnelles sans augmentation de coût ou de durée.

Le ForenSeq mtDNA Control Region Kit permet un dosage performant avec un séquençage à la pointe et intègre parfaitement un logiciel intuitif pour optimiser l’efficacité du laboratoire. La procédure ForenSeq mtDNA Control Region est totalement flexible et évolutive quelle que soit le débit souhaité, ainsi les laboratoires peuvent générer rapidement des résultats complets sur la région de contrôle de l’ADNmt pour 48 échantillons simultanément en moins de deux jours de travail. Pour les débits limités, la durée de conservation des 48 réactions du kit est de 12 mois et pour les laboratoires aux débits plus importants, une routine de préparation de banque similaire simplifie l’automatisation.

• Petite taille moyenne d’amplicon pour une détection maximale des variants
• Optimisé pour la tolérance aux inhibiteurs
• Débit flexible et évolutif
• Procédure intégrée pour optimiser l’efficacité du laboratoire.

La conception optimale d’amorces est un vrai défi compte tenu de la forte densité de mutations concentrées dans la région de contrôle de l’ADNmt et de la nature dégradée de la plupart des échantillons de criminalistique pour lesquels l’analyse de l’ADNmt est utilisée. Le ForenSeq mtDNA Control Region Kit est optimisé pour offrir une couverture complète et concrète, même pour les très petites quantités initiales (voir la figure « Le système ForenSeq mtDNA Control Region offre une large couverture avec des entrées d’ADN de quantités variables »).

Afin d’améliorer les performances sur un matériel fortement dégradé, le ForenSeq mtDNA Control Region Kit utilise plus de 120 amorces, conçues à partir d’un variant d’ADNmt et de données de fréquence récemment sélectionnés, générant ainsi 18 amplicons primaires dans la région de contrôle de l’ADNmt. La longueur de tous les amplicons primaires est < 150 pb, bon nombre font < 100 pb – la taille moyenne minimale des amplicons de tout système de dosage d’ADNmt actuellement commercialisé. Tous les amplicons présentent un chevauchement minimal de 3 pb, cela évite les espaces dans la séquence après le rognage bio-informatique consécutif au cycle. Un système de tampon optimisé pour les inhibiteurs crée un environnement d’amplification fiable (voir la figure « Un système de tampon ForenSeq amélioré optimise les performances »).

Le dosage par PCR déploie de petits amplicons issus des dernières bases de données d’ADN mitochondrial (ADNmt) pour une meilleure détection des variants. Une approche en mosaïque chevauche les amplicons afin d’éviter les espaces dans la séquence qui peuvent entraîner une perte de données, surtout dans les échantillons dégradés. En complément de cette conception en mosaïque des amorces, un système de tampon optimisé offre une résistance exceptionnelle au calcium, à l’acide humique et à d’autres inhibiteurs de PCR importants.

Cette solution conviviale et compatible avec l’automatisation propose une procédure commune pour diverses conceptions d’étude destinées à de multiples applications. Le protocole comprend deux méthodes de normalisation pour adapter la préparation de banque à divers matériels initiaux, de l’ADN génomique (ADNg) de grande qualité aux échantillons basiques et complexes, et si la quantité initiale requise est faible, les possibilités sont plus nombreuses pour les échantillons les plus difficiles. Pour une utilisation efficace du kit de réactif et une attribution précise des lectures, les adaptateurs à identifiant présents dans le kit de préparation de banque permettent de regrouper et séquencer jusqu’à 48 échantillons en un seul cycle.

L’ADN mitochondrial constitue une autre source d’informations intéressante si l’ADN nucléaire est compromis ou absent. Utilisé pour les cheveux sans racines, les dents, les os et d’autres sources difficiles, l’ADNmt est de plus en plus courant pour la recherche de personnes disparues et l’identification des victimes d’une catastrophe. Autrefois, les problèmes de qualité et d’échelle inhérents aux méthodes classiques de séquençage Sanger limitaient l’exploitation de l’ADNmt à quelques établissements spécialisés. Les procédures Verogen avec ADNmt offrent une combinaison unique de performance, efficacité et facilité d’utilisation, ainsi n’importe quel laboratoire, quelle que soit sa taille, peut passer du séquençage Sanger au NGS pour l’analyse de l’ADNmt, ou améliorer ses résultats obtenus avec d’autres technologies de NGS.

Le ForenSeq mtDNA Control Region Kit s’associe parfaitement au ForenSeq mtDNA Analysis Module dans l’UAS pour la gestion facile et la consultation rapide des données d’ADNmt. Le logiciel analyse le résultat du séquençage pour la région de contrôle et donne les résultats moins d’une heure après la fin du cycle. Les laboratoires peuvent consulter les résultats synthétisés ou détaillés et comparer jusqu’à neuf échantillons dans une interface utilisateur claire et interactive. Les rapports sont compatibles avec plusieurs bases de données d’ADN.

Nous proposons une assistance optimale tout au long de la procédure, de la préparation de banque au séquençage en passant par l’analyse. Notre équipe d’experts offre un service complet pour vos équipements, logiciels et plans de validation, et vous guide pour l’installation pour que vous puissiez utiliser vos procédures rapidement et facilement.