Kits DyeEx

Para la eliminación de terminadores de colorante no incorporados de 1–24 o 1–96 reacciones de secuenciación

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✓ Procesamiento automático sin interrupción de pedidos en línea

✓ Servicio técnico y para productos experto y profesional

✓ Realización y repetición de pedidos rápidas y fiables

DyeEx 96 Kit (4)

Cat. No. / ID:   63181

4 DyeEx 96 Plates; 4 placas de recogida, 48 pocillos
Kit
DyeEx Kit
DyeEx 2.0 Kit
Preparations
4 x 96
24 x 96
Kits DyeEx están concebidos para su uso en aplicaciones de biología molecular. Estos productos no están concebidos para el diagnóstico, la prevención ni el tratamiento de enfermedades.

✓ Procesamiento automático sin interrupción de pedidos en línea

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✓ Realización y repetición de pedidos rápidas y fiables

Características

  • Procedimiento rápido solo con dos pasos cortos de centrifugación
  • Material de filtración en gel hidratado previamente listo para usarse
  • Eliminación eficaz de cualquier terminador de colorante

Detalles del producto

Los kits DyeEx incluyen columnas de centrifugación o placas de 96 pocillos y emplean tecnología de filtración en gel para eliminar los terminadores de colorante de las reacciones de secuenciación, incluidas las reacciones de la secuenciación de Sanger. Las reacciones de secuenciación se cargan en el material de filtración en gel hidratado previamente. Tras un paso de centrifugación corto, las reacciones estarán listas para cargarse en un secuenciador capilar. Los terminadores de colorante no incorporados se retienen en la matriz de gel.

Rendimiento

Los kits DyeEx eliminan cualquier tipo de terminador de colorante de reacciones de secuenciación de 10–20 µl, incluidos BigDye, colorante dRhodamine, Rhodamine, DYEnamic ET y terminadores WellRED. Tras la limpieza, las reacciones de secuenciación se pueden separar en cualquier secuenciador capilar. Recomendamos el DyeEx 96 Kit que emplea el protocolo optimizado.

Secuenciación de gran calidad

Los kits DyeEx están optimizados para que la eliminación de los terminadores de colorantes sea rápida y práctica y se obtengan resultados de secuenciación de gran calidad. En contraste, la limpieza de la reacción de secuenciación mediante la precipitación con etanol requiere mucho tiempo (consulte la tabla «Comparación del procedimiento de DyeEx y la precipitación con etanol») y es poco eficiente. Si no se eliminan los terminadores de colorantes, aparecerán manchas de colorante en los datos de secuenciación y no se podrán leer los segmentos de la secuencia. El uso de los kits DyeEx para la limpieza de la reacción de la secuenciación garantiza que las reacciones cargadas en los instrumentos de secuenciación no contengan terminadores de colorante. Sin manchas de colorante, la secuencia se podrá leer con facilidad en todo momento (consulte la figura  «Resultados superiores de secuenciación»). Las intensidades de la señal son altas y esto da lugar a longitudes largas de lectura (consulte la figura  «Secuencia de lectura larga»).

Comparación del procedimiento de DyeEx y la precipitación con etanol

ProcedimientoDyeEx 2.0 SpinDyeEx 96Precipitación
con etanol
Tiempo requerido*
(12 muestras, formato de centrifugación)
10 minutosN.A.>45 minutos
Tiempo requerido*†
(Formato de microplaca para 96 muestras)
N.A.18 minutos>60 minutos
ManejoFormato de centrifugación
listo para usarse
Listo para usarseMúltiples
pasos de pipeteo
Calidad de la secuencia+++++

N.A.: no aplicable

* No incluye el tiempo requerido para el secado de las muestras antes de cargar el gel (cuando corresponda).
† Uso del protocolo estándar.

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Principio

El procedimiento de DyeEx emplea la filtración en gel para eliminar de forma rápida y eficiente los terminadores no incorporados de las reacciones de secuenciación. La eliminación de los terminadores de colorante es importante para evitar que los terminadores marcados con colorantes no incorporados interfieran con el análisis de los resultados de la secuenciación. El material de la filtración en gel de DyeEx consta de esferas con poros uniformes y separa las moléculas según el peso molecular. Cuando las mezclas de la reacción de secuenciación se aplican a las columnas DyeEx, los terminadores marcados con colorante se difunden en los poros y se retienen en el material de filtración en gel, mientras que los fragmentos marcados de ADN se excluyen y se recuperan en el flujo continuo (consulte la figura  «Principio de separación de DyeEx»).

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Procedimiento

La eliminación del terminador marcado con colorante con los kits DyeEx es rápida debido a que el procedimiento es muy sencillo (consulte los diagramas de flujo  «Procedimiento de DyeEx 2.0 Spin» y  ”Procedimiento de DyeEx 96 Kit”). El paso de centrifugación rápida elimina el tampón de almacenamiento de las columnas o los pocillos, las muestras de secuenciación se cargan y el segundo paso de centrifugación elimina los terminadores de colorante no incorporados. A continuación, las muestras están preparadas para su carga directa en un secuenciador capilar o se pueden secar, volver a diluir y cargar en un gel de secuenciación.

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Aplicaciones

Los kits DyeEx eliminan cualquier tipo de terminador de colorante de reacciones de secuenciación de 10–20 µl, incluidos BigDye, colorante dRhodamine, Rhodamine, DYEnamic ET y terminadores WellRED. Tras la limpieza, las reacciones de secuenciación se pueden separar en cualquier secuenciador capilar. Las intensidades de la señal son altas, lo que produce longitudes de lecturas largas.

Características de DyeEx

Características DyeEx 2.0 Spin Kit y DyeEx 96 Kit
Capacidad de unión 10–20 µl
Volumen de elución 10–20 µl
Para kits DyeEx: Eliminación de terminador, secuenciadores ABI PRISM 377, 373, 310, 3100 o 3700, MegaBACE 1000 o CEQ 2000
Formato Tubo (DyeEx 2.0 Spin Kit), placa de 96 pocillos (DyeEx 96 Kit)
Procesamiento Manual
Eliminación, proteínas de terminador de colorante, <10 mers 17–40 mers Terminador de colorante
Tipo de muestra Reacciones de secuenciación
Tecnología Filtración en gel

Los kits DyeEx están concebidos para su uso en aplicaciones de biología molecular. Estos productos no están destinados para el diagnóstico, la prevención ni el tratamiento de enfermedades.

Datos y cifras de respaldo

Recursos

Quick-Start Protocols (2)
DyeEx 96 Kit (EN)
PDF (455KB)
Kit Handbooks (1)
(EN) - DyeEx Handbook
PDF (1019KB)
For DyeEx 2.0 Spin Kit and DyeEx 96 Kit 
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)

Publications

Transcriptional regulatory network analysis of developing human erythroid progenitors reveals patterns of coregulation and potential transcriptional regulators.
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Isolation and identification of Rickettsia massiliae from Rhipicephalus sanguineus ticks collected in Arizona.
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High throughput analysis of TCR-beta rearrangement and gene expression in single T cells.
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Prevalence, risk factor analysis, and follow-up of infections caused by three feline hemoplasma species in cats in Switzerland.
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J Clin Microbiol; 2006; 44 (3):961-9 2006 Mar PMID:16517884

FAQ

Can the DyeEx 96 kit be used to clean sequencing reactions to be run on ABI 3730?

Yes, DyeEX 96 is also compatible with ABI 3730. When using DyeEx96 with ABI 3730, please follow the  "Modified protocol" listed in the DyeEX Handbook. In addition, if using the waterloading protocol on ABI 3730 sequencer,  the eluate can be loaded directly onto the sequencer without drying down the sample.

FAQ ID -3075
Can DyeEx be used to clean up labeled DNA other than sequencing templates?

DyeEx Kits have been developed for cleanup of dye-terminator sequencing reactions. However, they can also be used for removal of unincorporated nucleotides from radioactively labeled DNA fragments using the protocols in the DyeEx Handbook. The removal of nucleotides depends on the sample volume. Typically, more than 99% of nucleotides are removed from sample volumes ≤50 µl. See Figure 9 in the DyeEx Handbook for the effect of sample volume on recovery.

(We have had feedback from researchers who have reported excellent results using DyeEx for clean up of probes used for in situ hybridization).

FAQ ID -137