QIAcuity Residual DNA Quantification Kits

Para la comprobación del arrastre del ADN de la célula huésped con mayor exactitud y precisión con el uso del QIAcuity Digital PCR System

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✓ Procesamiento automático sin interrupción de pedidos en línea

✓ Servicio técnico y para productos experto y profesional

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E. coli resDNA Quant Standard Kit

Cat. No. / ID:  250221

E. coli resDNA Quant Standard (1 unidad), tampón de rehidratación
Kit
resDNA Quant Standard
resDNA Quant
Cell type
E. coli
CHO
HEK293
QIAcuity Residual DNA Quantification Kits están concebidos para su uso en aplicaciones de biología molecular. Estos productos no están concebidos para el diagnóstico, la prevención ni el tratamiento de enfermedades.

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Características

  • Mezcla maestra mezclada previamente con controles para lograr una fácil configuración y detección del ADN de las células huésped
  • Permite la detección exacta del ADN residual de las células huésped de E. coli, células CHO y HEK293 hasta niveles bajos de femtogramos
  • Un ensayo de diana multicopia que detecta y cuantifica ADN de células huésped muy fragmentado
  • Permite la detección de ADN de células huésped tanto en muestras extraídas como sin extraer

Detalles del producto

La contaminación del ADN de células huésped en productos como vacunas, fármacos y otros biofármacos supone un gran riesgo para la salud. Por tanto, los límites seguros están estrictamente regulados por organismos como la FDA estadounidense y la OMS. Se establecen directrices claras sobre los límites máximos de ADN residual en función del carácter de la administración del fármaco, la infecciosidad y la oncogenicidad del ADN celular contaminante. Por ejemplo, la administración parenteral de ADN celular no oncógeno debe limitarse a 10 ng/dosis y a una longitud máxima de 200 pb, mientras que la OMS recomienda menos de 100 µg/dosis de ADN residual para las vacunas administradas por vía oral. 


La detección y eliminación de tales contaminaciones en los productos de fabricación requieren mediciones muy sensibles y exactas de las cantidades extremadamente bajas de ADN de células huésped específico presente en los productos.


La PCR digital es el método de detección preferido para la cuantificación del ADN residual. Esto se debe a su sensibilidad y exactitud inigualables, especialmente a niveles mínimos de contaminación, en comparación con otros métodos de detección como la qPCR. Los QIAcuity Residual DNA Quantification Kits permiten la detección exacta y precisa de ADN de células huésped de Escherichia coli (E.coli), células de ovario de hámster chino (Chinese Hamster Ovary, CHO) y células de riñón embrionario humano 293 (Human Embryonic Kidney 293, HEK293).     

 

Rendimiento

Los QIAcuity Residual DNA Quantification Kits proporcionan resultados exactos de cuantificación de ADN residual (ADNres) de CHO, E. coli y HEK293 con o sin extracción, incluso en presencia de contaminantes de PCR u otros reactivos inhibidores. Estos ensayos son ensayos de diana multicopia que determinan con exactitud ADN residual muy fragmentado de células huésped.

  

Ensayo Número de copias de la diana Tamaño de amplicón Factor de conversión de cp/µl a fg/µl
QIAcuity E.coli resDNA Quant Kit 7 <200 0,35
QIAcuity CHO resDNA Quant Kit ~1 millón, sin definir (elemento repetido) <100 0,28
QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit ~1 millón, sin definir (elemento repetido) <100 1,54

 

El QIAcuity E.coli resDNA Quant Kit detecta cantidades mínimas de 5 fg de ADN residual en una sola reacción

Cantidad de carga por reacción (fg/reacción) Patrón de E. coli (copias/µl) Control interno (copias/µl)*
50 000 2949,7 99,9
5000 291,6 91,7
500 27,6 91,4
50 2,8 93,2
25 1,46 92,5
5 0,45 90,6
NTC 0 98,9

*Cifra prevista de 100 copias/µl para el control interno

La PCR digital proporciona una mayor sensibilidad de detección a un intervalo de entrada de moldes más bajo en comparación con la qPCR y, por lo tanto, permite una aplicación más robusta.

El QIAcuity CHO resDNA Quant Kit detecta cantidades mínimas de 5 fg de ADN residual en una sola reacción

Cantidad de carga por reacción (fg/reacción) Patrón de CHO (copias/µl) Control interno (copias/µl)*
50 000 4939,3     108,7
5000 508,3     104,9
500 50,2     97,6
50 4,7 99,5
25 2,6 101,3
5 0,6 100,4
NTC 0 104,7

*Cifra prevista de 100 copias/µl para el control interno

El QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit detecta cantidades mínimas de 5 fg de ADN residual en una sola reacción

Cantidad de carga por reacción (fg/reacción) Patrón de HEK293 (copias/µl) Control interno (copias/µl)*
50 000 1104,9 96,6
5000 104,5 92,5
500 8,83 92,4
50 0,99 94,4
NTC 0 96,2

*Cifra prevista de 100 copias/µl para el control interno

Los kits funcionan en conjunto con el QIAcuity Digital PCR System y QIAcuity Nanoplates, lo que ofrece un flujo de trabajo de dPCR de principio a fin rápido comparable al de la qPCR, pero que ofrece una cuantificación absoluta del ADNres en su muestra. Los kits se han diseñado en función de los requisitos de la fabricación de bioprocesos y del control de calidad.

 

Principio

El principio de la reacción de dPCR en las nanoplacas se describe aquí.

El uso de la PCR digital QIAcuity para la monitorización del ADN de células huésped mejora el límite de detección/límite de cuantificación (LOD/LOQ) mediante la división de la muestra global con la ayuda de QIAcuity Nanoplate 26k. La división aumenta la concentración efectiva de la diana, lo que permite capturar y medir una pequeña cantidad de ADN de las células huésped con mayor exactitud y precisión. La capacidad de cargar grandes cantidades de entrada de molde en la QIAcuity Nanoplate 26k, en combinación con un incremento en el número de divisiones, es una de las razones de la mayor exactitud y precisión de la detección de células huésped residuales.

  

 

Procedimiento

Se añade el lisado al ensayo de cuantificación residual junto con el control interno y el ADN de la célula huésped medido por cuantificación absoluta. Las copias/µl se convierten en fg/µl mediante un factor de conversión proporcionado.

Aplicaciones

Los QIAcuity Residual DNA Quantification Kits son perfectos para la cuantificación altamente precisa del ADN de células huésped en productos intermedios complejos de bioprocesos.

Datos y cifras de respaldo

FAQ

What does the standard kit contain?
The standard for HEK293, CHO, and E. Coli contains genomic DNA, and we recommend digestion of the standard for better migration out into the partitions.
FAQ ID - 3938
dPCR results are in copies per microliter. How do I calculate host cell DNA contamination in femtogram per microliter?

The conversion factors from copies per microliter to femtogram per microliter for each target assay (E. coli, CHO, and HEK293) will be provided in the quick-start protocol and the QIAcuity User Manual Extension: Application Guide.

FAQ ID - 3876
My samples are highly fragmented. Is the dPCR result for resDNA quantification accurate?

ResDNA Quant Kit (E. coli, CHO, and HEK293) assays are multicopy target assays that ensure quantification of  resDNA unaffected by the fragmentation level. In addition, short amplicon regions are selected for each target region. 

FAQ ID - 3877
Is DNA extraction from the samples needed?

No. DNA extraction is not required. However, if the samples contain high levels of PCR inhibitors or high protein concentration, DNA extraction is recommended for accurate quantification of ResDNA contamination.

FAQ ID - 3873
What is the amount of standard for the different kit?
The standard that is provided has an amount of 1000 pg that will be diluted with 100 µL of rehydration buffer down to working solution of 10 pg/µL.
FAQ ID - 3936
Is restriction enzyme digestion required?

Restriction digestion of the templates is required when the template length exceeds 20 kb for a better distribution of templates within partitions. Recommended restriction enzymes can be found in the applications guide and quick-start protocols.

FAQ ID - 3875
Which extraction kits are recommended?

QIAamp UCP DNA Micro Kits, QIAamp HMW MagAttract Kits, QIAsymhony DSP Kits, QIAsymphony Certal Kits, and DNeasy Blood & Tissue Kits are few recommended extraction kits to combine with ResDNA Quant Kit.

FAQ ID - 3874
What is the preferred storage temperature for reconstituted assay for the QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit (96)?
The recommended storage temperature is 4°C for 72 hours.
FAQ ID - 3935
Is dPCR sensitive to inhibition?

dPCR is less prone to inhibition in comparison to qPCR; however, we recommend dilution of samples that are known to contain PCR inhibitors.

FAQ ID - 3880
How much sample can I load for detecting host cell contamination?

26k Nanoplates are recommended for resDNA quantification, which maximizes the amount of template that can be loaded within a single reaction. In 26k nanoplates, this corresponds to 28 μl in 40 μl reaction volume. In addition, maximum template loading amounts for each kit will be provided in QSPs. 

FAQ ID - 3879
What are the ResDNA Quant Kit components?

The kits are composed of a premixed master mix for CHO and E. coli in liquid format that contains the target. For HEK293 the same composition comes in lyophilized format. The kit also contains an internal control assay detected in Green and Yellow channel, internal control DNA, positive control DNA, and dPCR qualified water. All necessary components are included in the ResDNA Quant Kits.

FAQ ID - 3878
How long can I store the reconsituted assay regarding QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit (96) at 4°C?
For optimal performance, the recommendation is to use the reconstituted assay within 72 hours.
FAQ ID - 3934
What region is targeted in the QIAcuity E. coli resDNA Quant Kit (96)?
The QIAcuity E. coli resDNA Quant Kit (96) is targeting the transcribed genomic regeion of 16S with <200 bp fragment size. 
FAQ ID - 3939
How did you calculate the conversion factor?
A serial dilutions of HEK293, CHO, and E. Coli gDNA standard test them using HEK293, CHO, and E. Coli ResDNA Quant Kits, respectively. We then compare the copies per microliter obtained at different loading concentrations. We correlate the number of copies of target amplicon with the loading amount in picogram. To rule out any issues with PCR performance, loss of target amplicons, loading errors, user error, instrument errors, etc. skewing the true conversion factor, we repeat the testing over multiple samples, multiple batches of kits, standards, and multiple users. This gives us our accurate conversion factor.
FAQ ID - 3937