Verogen ForenSeq mtDNA Control Region Kit

• Sensibilidad óptima con una entrada de ADN mínima
• Detección de variantes mejorada con amplicones pequeños de las bases de datos más recientes
• Excelente resolución con muestras considerablemente degradadas
• Capacidad de multiplexado que impulsa la eficiencia operativa

El ForenSeq mtDNA Control Region Kit ofrece una preparación de genotecas cómoda y eficiente, con el fin de observar la región de control del genoma mitocondrial (mt) con una entrada de ADN mínima y una sensibilidad óptima. El kit, que aprovecha la química de ForenSeq de eficacia comprobada, genera un conjunto de datos conciso a partir de la región de control completa para su carga directa en el CODIS. Su capacidad de multiplexado impulsa la eficiencia operativa sin aumento de costos ni de tiempo.

El ForenSeq mtDNA Control Region Kit vincula un potente ensayo con la secuenciación líder en el sector, y se combina fácilmente con un software intuitivo para que la eficiencia del laboratorio sea óptima. El flujo de trabajo de ForenSeq mtDNA Control Region es totalmente flexible y ampliable para todos los requisitos de rendimiento. Esto permite a los laboratorios generar rápidamente resultados de la región de control del ADNmt completa con un máximo de 48 muestras a la vez en menos de dos días de trabajo. Cuando los requisitos de rendimiento son bajos, las 48 reacciones del kit tienen una vida útil de 12 meses. En los laboratorios con mayores exigencias, una rutina de preparación de genotecas similar facilita la automatización.

• Tamaño medio de amplicón corto para una detección de variantes superior
• Optimizado para ofrecer tolerancia a los inhibidores
• Rendimiento flexible y ampliable
• Flujo de trabajo integrado para que la eficiencia del laboratorio sea óptima

La alta densidad de las mutaciones que se concentran en la región de control del ADNmt, así como el nivel de degradación de la mayoría de las muestras forenses cuyo ADNmt se analiza, dificultan la obtención de un diseño de cebador óptimo. El ForenSeq mtDNA Control Region kit se ha optimizado para generar una cobertura completa y procesable, incluso con cantidades de entrada muy reducidas (consulte la figura “El sistema ForenSeq mtDNA Control Region ofrece una amplia cobertura en una gran variedad de cantidades de entrada de ADN”).

Para mejorar el rendimiento al trabajar con material muy degradado, el ForenSeq mtDNA Control Region kit utiliza más de 120 cebadores, diseñados a partir de datos de frecuencias y variantes de ADNmt recién seleccionados; de este modo, genera 18 amplicones primarios en la región de control del ADNmt. Todos los amplicones primarios tienen una longitud <150 pb y muchos <100 pb: el tamaño de amplicón promedio más bajo de todos los sistemas de ensayo de ADNmt del mercado. Todos los amplicones tienen un solapamiento mínimo de 3 pb para evitar los espacios en la secuencia tras el recorte bioinformático después del procesamiento. Sistema de tampón optimizado para inhibidores que crea un entorno de amplificación estable consulte la figura “Un sistema de tampón ForenSeq aumenta al máximo el rendimiento“).

El ensayo de PCR despliega pequeños amplicones obtenidos de las más recientes bases de datos de ADN mitocondrial (ADNmt) para mejorar la detección de variantes. En un enfoque en mosaico, los amplicones se solapan para evitar espacios de secuencia que pueden provocar pérdida de datos, especialmente en muestras degradadas. Como complemento de este diseño de cebador en mosaico, un sistema de tampón mejorado proporciona una resistencia excepcional al calcio, el ácido húmico y otros inhibidores de la PCR importantes.

Esta solución fácil de usar y compatible con la automatización proporciona un flujo de trabajo común para diversos diseños de estudio que abarcan varias aplicaciones. El protocolo incluye dos métodos de normalización para adaptar la preparación de genotecas a una amplia variedad de material de entrada: desde ADN genómico (ADNg) de alta calidad hasta muestras de bajo nivel y complejas; a la vez, un requisito de bajo nivel aumenta las posibilidades al trabajar con las muestras más complicadas. Para un uso eficiente del kit de reactivos y una asignación de lecturas exacta, los adaptadores de índice que incluye el kit de preparación de genotecas permiten el agrupamiento y la secuenciación de hasta 48 muestras en una sola serie.

El ADN mitocondrial es una formidable fuente de información alternativa cuando el ADN nuclear se ha visto comprometido o está ausente. El ADNmt, que se usa con cabello sin raíz, dientes, huesos y otras fuentes complicadas, ha pasado a formar parte del proceso rutinario en casos de personas desaparecidas e identificación de víctimas de catástrofes. En el pasado, los problemas de calidad y escala relacionados con los métodos de secuenciación de Sanger tradicionales han confinado el ADNmt a un papel determinado en unos pocos centros especializados. Los flujos de trabajo de ADNmt de Verogen ofrecen una combinación única de rendimiento, eficiencia y facilidad de uso; gracias a ello, los laboratorios (sea cual sea su capacidad) pueden trasladar el análisis de ADNmt de la secuenciación de Sanger a NGS, o mejorar los resultados que obtiene con otras tecnologías de NGS.

El ForenSeq mtDNA Control Region Kit se combina a la perfección con el ForenSeq mtDNA Analysis Module en UAS, con el fin de facilitar el uso y acelerar la revisión de los datos de ADNmt. El software analiza la salida de secuenciación de la región de control y genera resultados menos de una hora después de completarse la serie. Los laboratorios pueden revisar resultados resumidos o detallados, así como comparar hasta nueve muestras en una interfaz de usuario clara e interactiva. Los informes son compatibles con varias bases de datos de ADN.

Ofrecemos una asistencia superior en todo el flujo de trabajo, desde la preparación de bibliotecas hasta la secuenciación y el análisis. Nuestro experimentado equipo ofrece cobertura de servicio total para su equipo y su software, planes de validación y orientación para implementaciones. De este modo, puede poner en práctica sus flujos de trabajo con facilidad.