MinElute Gel Extraction Kit

Zur Gelextraktion von bis zu 5 µg DNA-Fragmenten (70 bp bis 4 kb) bei geringem Elutionsvolumen

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MinElute Gel Extraction Kit (50)

Cat. No. / ID: 28604

50 MinElute Spin Columns, Puffer, Sammelröhrchen (2 ml)

155,00 $

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Präparationen

250

Menge

MinElute Gel Extraction Kit ist für molekularbiologische Anwendungen vorgesehen. Dieses Produkt ist nicht für die Diagnose, Prävention oder Behandlung einer Krankheit bestimmt.

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Eigenschaften

Sehr kleine Elutionsvolumen
Schnelles Verfahren und einfache Handhabung
Hohe, reproduzierbare Rückgewinnung
Gel-Ladefarbstoff für komfortable Probenanalyse

Angaben zum Produkt

Das MinElute Gel Extraction Kit enthält Spin-Säulen, Puffer und Sammelröhrchen für die Silikamembran-basierte Aufreinigung von DNA-Fragmenten von 70 bp – 4 kb aus bis zu 400 mg Gelschnitten. Die Spin-Säulen wurden für die Elution in sehr kleinen Volumen (bis zu 10 µl) entwickelt und liefern hohe Ausbeuten an hochkonzentrierter DNA. Ein integrierter pH-Indikator erlaubt die einfache Bestimmung des optimalen pH-Werts für die DNA-Bindung an die Spin-Säule. Die mit dem MinElute System aufgereinigten DNA-Fragmente können direkt für alle Anwendungen genutzt werden, einschließlich Sequenzierung, Microarray-Analyse, Ligation und Transformation, Restriktionsverdau, Markierung, Mikroinjektion, PCR und In-vitro-Transkription. Das MinElute Gel Extraction Kit kann auf dem QIAcube Connect automatisiert werden.

Für optimale Ergebnisse wird empfohlen, dieses Produkt zusammen mit QIAvac 24 Plus zu verwenden.

Leistung

Das MinElute Gel Extraction Kit entfernt Nukleotide, Enzyme, Salze, Agarose, Ethidiumbromid und andere Verunreinigungen aus DNA-Proben und liefert hochkonzentrierte DNA, die für eine Vielzahl nachgelagerter Anwendungen geeignet ist (siehe Abbildung „ Höhere DNA-Konzentrationen“).

Das MinElute Gel Extraction Kit enthält Spin-Säulen für die Gelextraktion. Mithilfe einer Mikrozentrifuge oder eines Vakuumverteilers lässt sich hochkonzentrierte DNA von 70 bp – 4 kb in kurzer Zeit aufreinigen. (DNA-Fragmente von 4 kb – 10 kb sollten mit dem QIAquick Gel Extraction Kit aufgereinigt werden, und DNA-Fragmente, die kleiner als 70 bp oder größer als 10 kb sind, sollten mit dem QIAEX II Gel Extraction System extrahiert werden.)

Abbildungen ansehen

Höhere DNA-Konzentrationen

Prinzip

MinElute Kits enthalten eine Silika-Membraneinheit für die Bindung von DNA in Hochsalzpuffer und die Elution mit Niedrigsalzpuffer oder Wasser. Die Silika-Membrantechnologie beseitigt die Probleme und Schwierigkeiten, die mit losen Harzen und Suspensionen verbunden sind. Spezialisierte Bindepuffer sind für spezifische Anwendungen optimiert und fördern die selektive Adsorption von DNA-Molekülen innerhalb bestimmter Größenbereiche.

Gel-Ladefarbstoff

Der mitgelieferte Gel-Ladefarbstoff ermöglicht eine schnellere und bequemere Verarbeitung und Analyse der Proben. Der GelPilot Loading Dye enthält drei Farbstoffe zur Nachverfolgung (Xylencyanol, Bromphenolblau und Orange G), um die Optimierung der Agarosegel-Laufzeit zu erleichtern und zu verhindern, dass kleinere DNA-Fragmente zu weit migrieren (siehe Abbildung „ GelPilot Loading Dye“).

Abbildungen ansehen

GelPilot Loading Dye

Verfahren

Das MinElute System nutzt ein einfaches Verfahren mit den Schritten „Binden-Waschen-Eluieren“ (siehe Flussdiagramm „ MinElute-Verfahren“). Die Gelschnitte werden in einem Puffer aufgelöst, der einen pH-Indikator enthält, mit dem der optimalen pH-Wert für die DNA-Bindung leicht bestimmt werden kann (siehe Abbildung „ pH-Indikatorfarbstoff“), und die Mischung wird auf die MinElute Spin Column aufgetragen. Die Nukleinsäuren adsorbieren unter den Hochsalzbedingungen des Puffers an die Silikagelmembran. Verunreinigungen werden durch Waschen entfernt, und die reine DNA wird in einem kleinen Volumen des mitgelieferten Niedrigsalzpuffers oder mit Wasser eluiert und kann direkt für nachfolgende Anwendungen verwendet werden.

Handhabung

Die MinElute Spin Columns sind so konzipiert, dass sie zwei praktische Handhabungsoptionen bieten. Die Spin-Säulen passen in eine herkömmliche Tisch-Mikrozentrifuge oder auf jeden Vakuumverteiler mit Luer-Anschlüssen, beispielsweise QIAvac 24 Plus mit QIAvac Luer Adapters. Das MinElute Gel Extraction Kit sowie andere QIAGEN Kits auf Basis von Spin-Säulen können auf dem QIAcube Connect vollständig automatisiert werden, was eine höhere Produktivität und die Standardisierung der Ergebnisse ermöglicht (siehe Abbildungen „Handhabungsoptionen für Spin-Säulen A, B, C und D“ und „ QIAcube Connect“).

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MinElute-Verfahren

pH-Indikatorfarbstoff

Handhabungsoptionen für Spin-Säulen – A.

Handhabungsoptionen für Spin-Säulen – B.

Handhabungsoptionen für Spin-Säulen – C

Handhabungsoptionen für Spin-Säulen - D.

QIAcube Connect.

Anwendungen

Die mit dem MinElute oder QIAquick System aufgereinigten DNA-Fragmente lassen sich direkt für alle Anwendungen verwenden, darunter:

Sequenzierung, einschließlich Next-Generation Sequencing
Microarray-Analyse
Ligation und Transformation
Restriktionsverdau
Markierung

Ergänzende Daten und Abbildungen

Handhabungsoptionen für Spin-Säulen – C

Verteiler mit Luer-Anschlüssen

Specifications

Features	Specifications
Binding capacity	5 µg
Elution volume	10 µl
Fragment size	70 bp – 4 kb
Sample type: applications	DNA: PCR-Reaktionen
Technology	Gelextraktion
Recovery: oligonucleotides dsDNA	Rückgewinnung: dsDNA-Fragmente
Format	Röhrchen
Processing	Manuell

Ressourcen

Publications

MicroRNA-137 targets microphthalmia-associated transcription factor in melanoma cell lines.

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Molecular and phylogenetic analyses reveal mammalian-like clockwork in the honey bee (Apis mellifera) and shed new light on the molecular evolution of the circadian clock.

Rubin EB; Shemesh Y; Cohen M; Elgavish S; Robertson HM; Bloch G;

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An accurate fluorescent assay for quantifying the extent of RNA editing.

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Nucleic Acids Res; 2006; 34 (19):5416-25 2006 Sep 29 PMID:17012275

FAQ

The MinElute spin columns included in the following kits should be stored at 2–8°C upon arrival: AllPrep DNA/RNA Micro, EpiTect Fast DNA Bisulfite, EpiTect Fast FFPE Bisulfite, EpiTect Fast LyseAll Bisulfite, EpiTect Plus DNA Bisulfite, EpiTect Plus FFPE Bisulfite, EpiTect Plus LyseAll Bisulfite, exoRNeasy Serum/plasma Maxi, exoRNeasy Serum/Plasma Midi, GeneRead DNA FFPE, GeneRead rRNA Depletion, GeneRead Size Selection, MinElute Gel Extraction, MinElute PCR Purification, MinElute Reaction Cleanup, miRNeasy FFPE, miRNeasy Micro, miRNeasy Serum/Plasma, QIAamp DNA FFPE, QIAamp DNA Investigator, QIAamp DNA Micro, QIAamp MinElute Media, QIAamp MinElute Virus Spin, QIAamp MinElute Virus Vacuum, RNeasy FFPE, RNeasy Micro, RNeasy Plus Micro.

Short-term storage (up to 4 weeks) at room temperature (15–25°C) does not affect the performance. However, for optimal performance and quality, storage temperature should not exceed 25°C.

FAQ ID - 3560

Cut out the slice of agarose containing the DNA fragment of interest, and store it at 4^oC in an Eppendorf tube sealed with Parafilm.

FAQ ID -313

Yes, and therefore they are interchangeable.

FAQ ID -581

Yes. The QIAquick Gel Extraction Kit for extraction of DNA from gels can also be used for RNA gel extraction. Please see a user-developed procedure below, which was kindly provided by J. Knobloch, Heinrich Heine University, Düsseldorf, Germany. Note that this protocol has not been thoroughly tested and optimized by QIAGEN. QIAquick Gel Extraction Kits are not guaranteed to be RNase-free.

Excise the RNA fragment from the formaldehyde agarose gel with a clean, sharp scalpel.
Weigh the gel slice, and record the weight. Soak the gel slice in TE buffer for 25 min at room temperature with gentle shaking.
Remove the gel slice from the TE buffer, and place it in a colorless tube. Add 6 volumes of Buffer QG to 1 volume of gel, based on the gel weight (100 mg ~ 100 µl).
Incubate at 58°C for 25 min. To help dissolve the gel, mix by vortexing the tube every 2–3 min during the incubation.
Continue the QIAquick Gel Extraction Kit Protocol (using a microcentrifuge) in the QIAquick Spin Handbook, beginning with step 4.

Please click here for Figure 1.

Figure 1:

A. Total RNA was isolated from the parasitic blood fluke Schistosoma mansoni using the RNeasy Mini Kit and run on a formaldehyde agarose (1.2%) gel. (Note: The 28S rRNA in S. mansoni contains a break site so that the rRNA splits into two parts, which run on a gel at the same size as the 18S rRNA.) The rRNA bands were excised and treated as described above (left lane) or using 10 volumes of Buffer QG in step 3 (right lane).

B. The extracted RNA was then analyzed on a new formaldehyde agarose gel. (Data kindly provided by J. Knobloch, Department of Genetic Parasitology, Heinrich Heine University, Düsseldorf, Germany).

FAQ ID -133

DNA fragments purified with the QIAGEN DNA Cleanup Systems, i.e., the QIAquick PCR Purification Kit, the MinElute Reaction Cleanup Kit, the QIAEX II Gel Extraction Kit etc. may float out of the loading wells of agarose gels due to residual ethanol carried over from the wash step with Buffer PE (despite the addtition of glycerol-containing loading buffer).

Use either of the following options to remove residual ethanol from the eluate:

re-purify the sample using a QIAquick-, or MinElute column, or QIAEX II resin
incubate the eluate at 56°C for 10 min to evaporate the ethanol
dry down the sample in a vacuum centrifuge, and resuspend the pellet in a small volume of sterile water

FAQ ID -205

As a rule of thumb, single-stranded DNA binds to silica with approximately half the affinity of a double-stranded DNA fragment of the same length under the buffer conditions used in the QIAquick and MinElute Kits. Even though no systematic experimental data exists, we expect that recovery of ssDNA fragments of approximately 200 nucleotides and below will not be very efficient after cleanup using the QIAquick PCR Purification Kit or MinElute PCR Purification Kit. By comparison, it should be possible to purify fragments longer than 140 nucleotides using the QIAquick Gel Extraction Kit.

Note that recovery of single strand DNA is influenced to some degree also by factors such as base composition and secondary structure. It has to be determined empirically by the researcher if cleanup of single-stranded DNA with QIAquick columns yields satisfactory results.

FAQ ID -759

The composition of Buffer EB is:

10 mM Tris-Cl, pH 8.5

Buffer EB is the elution buffer used in the QIAquick PCR, Gel Extraction, Nucleotide Removal Kits, and MinElute Kits for DNA cleanup, and the QIAprep Miniprep Kits for small-scale plasmid purification. The purified DNA can also be eluted in TE (10 mM Tris-Cl, 1 mM EDTA, pH 8.0), but the EDTA may inhibit subsequent enzymatic reactions.

FAQ ID -199

Occasionally, DNA fragments eluted from the silica matrix of QIAquick, MinElute or QIAEX II Kits will contain denatured single-stranded DNA (ssDNA), appearing as a smaller band on an analytical gel. Under certain conditions, chaotropic agents (present in all silica-based DNA purification methods) can denature DNA fragments. This is a rare event that may be influenced by sequence characteristics such as the presence of inverted repeats or A–T-rich stretches.

Because salt and buffering agents promote renaturation of DNA strands, the following tips are recommended:

use the eluted DNA to prepare your downstream enzymatic reaction, but omit the enzyme. Incubate the reaction mix at 95°C for 2 minutes to reanneal the ssDNA, and allow the tube to cool slowly to room temperature before adding the enzyme and proceeding
alternatively, the DNA can be eluted from the silica-gel membrane or resin in 10 mM Tris buffer containing 10 mM NaCl. However, the salt concentration of the eluate must then be taken into consideration in downstream applications.

FAQ ID -148

The QIAquick Spin Columns (100) (cat. no. 28115) in the QIAquick PCR Purification, Gel Extraction, Nucleotide Removal and PCR & Gel Cleanup kits are also sold separately from the kits.

The MinElute columns in the MinElute PCR Purification, Gel Extraction and Reaction Cleanup kits are not sold separately.

We always provide extra buffers in our kits so you can scale up reactions, add extra washes or allow for spillage.

FAQ ID -2460

The QIAEX II and QIAquick Gel Extraction Kit can be used to extract DNA from polyacrylamide gels.

The QIAEX II Handbook contains a protocol for Polyacrylamide Gel Extraction. A specialized User-Developed Protocol (QQ05) is available when using the QIAquick Gel Extraction Kit for this purpose.

Both protocols require the preparation of a diffusion buffer and a disposable plastic column or syringe barrel containing a Whatman GF/C filter or siliconized glass wool. To ensure optimal diffusion, cut the gel slices as small as possible, and use 2 volumes of diffusion buffer per 1 volume of gel. Increasing incubation time (protocol step 3) may result in higher yields.

FAQ ID -120