Verogen ForenSeq mtDNA Control Region Kit

• Optimale Sensitivität bei minimalem DNA-Einsatz
• Verbesserte Variantenerkennung mit kleinen Amplifikaten aus den neuesten Datenbanken
• Hervorragende Auflösung bei stark degradierten Proben
• Multiplexing-Fähigkeit zur weiteren Steigerung der betrieblichen Effizienz

Das ForenSeq mtDNA Control Region Kit erlaubt die bequeme und effiziente Bibliotheksvorbereitung für die Abfrage der Kontrollregion des mitochondrialen Genoms (mtGenom) mit minimalem DNA-Einsatz und optimaler Sensitivität. Das Kit nutzt die bewährte ForenSeq-Chemie und erzeugt einen kompakten Datensatz aus der gesamten Kontrollregion zum sofortigen Hochladen in CODIS. Die Multiplexing-Fähigkeit steigert die betriebliche Effizienz, ohne den Kosten- und Zeitaufwand zu erhöhen.

Das ForenSeq mtDNA Control Region Kit verbindet einen leistungsstarken Assay mit branchenführender Sequenzierung und lässt sich für optimale Laboreffizienz nahtlos in eine intuitive Software integrieren. Der ForenSeq-Arbeitsablauf für die mtDNA-Kontrollregion ist völlig flexibel und für alle Durchsatzanforderungen skalierbar, so dass Labore schnell vollständige Ergebnisse für die mtDNA-Kontrollregion von bis zu 48 Proben gleichzeitig in weniger als zwei Arbeitstagen erstellen können. Für Labore mit geringem Durchsatz sind die 48 Reaktionen des Kits 12 Monate haltbar, und für Labore mit höherem Bedarf erleichtert eine ähnliche Bibliotheksvorbereitungsroutine die Automatisierung.

• Kurze mittlere Amplifikatgröße für maximale Variantenerkennung
• Optimiert für Inhibitortoleranz
• Flexibler und skalierbarer Durchsatz
• Integrierter Arbeitsablauf für optimale Laboreffizienz

Die hohe Mutationsdichte in der mtDNA-Kontrollregion und die Degradation der meisten forensischen Proben, die für die mtDNA-Analyse verwendet werden, erschweren die Entwicklung optimaler Primer. Das ForenSeq mtDNA-Kontrollregionen-Kit ist so optimiert, dass es selbst bei sehr geringen Eingabemengen eine vollständige und verwertbare Abdeckung generiert (siehe Abbildung “Das ForenSeq mtDNA-Kontrollregionen-System liefert eine umfassende Abdeckung über einen breiten Bereich von DNA-Eingabemengen”).

Zur Leistungssteigerung bei stark degradiertem Material nutzt das ForenSeq mtDNA Control Region Kit für die mtDNA-Kontrollregion mehr als 120 Primer, die auf der Grundlage kürzlich kuratierter mtDNA-Varianten- und Frequenzdaten entwickelt wurden und 18 Primäramplifikate in der mtDNA-Kontrollregion erzeugen. Alle Primäramplifikate sind < 150 bp lang, viele < 100 bp – die kleinste mittlere Amplifikatgröße aller derzeitigen mtDNA-Assaysysteme auf dem Markt. Alle Amplifikate weisen eine Mindestüberlappung von 3 bp auf, damit nach dem bioinformatischen Trimmen nach dem Lauf keine Lücken in der Sequenz entstehen. Ein für Inhibitoren optimiertes Puffersystem, das eine robuste Amplifikationsumgebung schafft (siehe Abbildung “Ein verbessertes ForenSeq-Puffersystem maximiert die Leistung“).

Zur Verbesserung der Variantenerkennung nutzt der PCR-basierte Assay kleine Amplifikate, die aus den neuesten mitochondrialen (mtDNA) Datenbanken stammen. Durch den Tile-Ansatz überlappen sich die Amplifikate, um Sequenzierungslücken zu vermeiden, die zu Datenverlusten führen können, insbesondere bei degradierten Proben. Ein verbessertes Puffersystem, das das Tile-Primer-Design ergänzt, bietet außergewöhnliche Resistenz gegen Kalzium, Huminsäure und andere relevante PCR-Inhibitoren.

Diese benutzerfreundliche, automatisierungskompatible Lösung ermöglicht einen gemeinsamen Arbeitsablauf für eine Vielzahl von anwendungsübergreifenden Studiendesigns. Das Protokoll umfasst zwei Normierungsverfahren, um die Bibliotheksvorbereitung auf ein breites Spektrum von Eingangsmaterial auszurichten, von hochwertiger genomischer DNA (gDNA) bis hin zu schwachen und komplexen Proben, während die Möglichkeit geringer Eingangsmengen die Möglichkeiten für die anspruchsvollsten Proben erweitert. Die im Bibliotheksvorbereitungskit enthaltenen Indexadapter ermöglichen das Pooling und die Sequenzierung von bis zu 48 Proben in einem Lauf, um eine effiziente Nutzung des Reagenzienkits und eine genaue Lesezuordnung zu gewährleisten.

Mitochondriale DNA ist eine leistungsstarke alternative Informationsquelle, wenn die Kern-DNA beschädigt ist oder fehlt. Bei wurzellosen Haaren, Zähnen, Knochen und anderen schwierigen Quellen wird die mtDNA inzwischen routinemäßig zur Identifizierung von Vermissten und Katastrophenopfern eingesetzt. Aufgrund von Qualitäts- und Skalierungsproblemen im Zusammenhang mit den traditionellen Sanger-Sequenzierungsmethoden war die mtDNA bisher auf eine begrenzte Rolle in einigen wenigen spezialisierten Zentren beschränkt. Verogen mtDNA-Workflows bieten eine einzigartige Kombination aus Leistung, Effizienz und Benutzerfreundlichkeit, sodass jedes Labor, unabhängig von seiner Größe, die mtDNA-Analyse von der Sanger-Sequenzierung auf NGS umstellen oder die mit anderen NGS-Technologien erzielten Ergebnisse verbessern kann.

Das ForenSeq mtDNA Control Region Kit lässt sich nahtlos mit dem ForenSeq mtDNA-Analysemodul in der FH verbinden und ermöglicht so Benutzerfreundlichkeit und die rasche mtDNA-Datenüberprüfung. Die Software analysiert die Sequenzierungsausgabe für die Kontrollregion und liefert die Ergebnisse in weniger als einer Stunde nach Abschluss des Laufs. Auf einer übersichtlichen und interaktiven Benutzeroberfläche können Labore zusammengefasste und auch ausführliche Ergebnisse einsehen und bis zu neun Proben vergleichen. Die Berichte sind mit zahlreichen DNA-Datenbanken kompatibel.

Wir bieten hervorragende Unterstützung für den gesamten Arbeitsablauf, von der Bibliotheksvorbereitung über die Sequenzierung bis zur Analyse. Unser erfahrenes Team übernimmt umfassende Serviceleistungen für Ihre Geräte und Software, Validierungspläne und Implementierungsanleitungen, damit Sie Ihre Arbeitsabläufe schnell und problemlos in die Praxis umsetzen können.