QuantiNova-PCR-Kits

Für hoch sensitive, spezifische und ultraschnelle Real-time- und Multiplex-PCR auf Sondenbasis und unerreichte Ergebnisse bei der qPCR auf SYBR Green-Basis

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QuantiNova Probe PCR Kit (100)

Cat. No. / ID:   208252

Für 100 × 20-µl-Reaktionen: 1 ml 2x QuantiNova Probe PCR Master Mix, 250 µl QN ROX Reference Dye, 500 µl QuantiNova Yellow Template Dilution Buffer, 1,9 ml Wasser
119,00 €
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Detection type
Probe
Multiplex Probe
SYBR Green
Reactions
100
500
2500
7500
QuantiNova-PCR-Kits sind für molekularbiologische Anwendungen vorgesehen. Diese Produkte sind nicht zur Diagnose, Prävention oder Behandlung einer Erkrankung vorgesehen.
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Eigenschaften

  • Präziser Reaktionsansatz mit integriertem visuellem Indikator
  • Präziser und robuster Nachweis von Zielen ab 1 Kopie
  • Unerreichte Spezifität dank des neuartigen Hot-Start-Mechanismus
  • Sensitiver Nachweis von bis zu 5 Zielen in 1 Röhrchen
  • Reaktionsstabilität von bis zu 100 Stunden bei 30 °C für flexible Workflows

Angaben zum Produkt

Mit seiner verbesserten Spezifität, Sensitivität, Geschwindigkeit und Prozesssicherheit setzt das QuantiNova SYBR Green PCR Kit (SYBR qPCR Kit) neue Standards in der SYBR Green-basierten qPCR. Ein neuartiger Hot-Start-Mechanismus sorgt für eine deutlich höhere Spezifität der Real-time-PCR und die optimierte Chemie liefert genaue quantitative Ergebnisse mit cDNA oder gDNA auf jedem Real-time-Thermocycler, wobei schon eine einzige Zielkopie nachgewiesen werden kann. Schließlich gewährleistet ein integrierter visueller Indikator die korrekte Pipettierung.

Vermeiden Sie unerwünschte Mispriming-Effekte bei niedrigeren Temperaturen mit dem QuantiNova Probe PCR Kit (Probe qPCR Kit). Auf der Grundlage eines neuartigen, Antikörper-vermittelten Hot-Start-Mechanismus verbessert das Kit die Spezifität und Effizienz der sondenbasierten Real-time-PCR und sorgt so für eine genaue cDNA- oder gDNA-Analyse auf verschiedenen Real-time-Thermocyclern im Single- oder Duplex-Format. Der zusätzliche Komfort einer extremen Stabilität über bis zu 100 Stunden bei Raumtemperatur ganz ohne Kühlmittel macht es ideal für die Verarbeitung von Proben mit hohem Durchsatz und automatisierten Workflows. Ein integriertes Tracking-System zum visuellen Nachweis der korrekten Pipettierung gibt Ihnen absolute Sicherheit, während der extrem sensitive Nachweis selbst geringer Zielmengen jederzeit für zuverlässige qPCR-Ergebnisse sorgt.

QuantiNova Multiplex PCR Kits (Multiplex qPCR Kits) ermöglichen die schnelle und zuverlässige Quantifizierung von bis zu 5 cDNA- oder gDNA-Zielen in einem einzigen Röhrchen im Multiplex-Format mit Real-time-PCR oder Zwei-Schritt-RT-PCR. Die Q-Bond-Technologie und ein optimierter Master-Mix ermöglichen eine ultraschnelle Real-time-PCR im Multiplex-Format innerhalb von 1 Stunde. Die Kombination von einzigartigem Hot-Start-Mechanismus und PCR-Puffersystem im gebrauchsfertigen 4x Master-Mix gewährleistet eine hoch sensitive qPCR auf jedem Real-time-Thermocycler ohne Optimierung und bietet außerdem die Option, Reaktionen automatisiert bei Raumtemperatur anzusetzen. Ein integriertes Tracking-System zum visuellen Nachweis der korrekten Pipettierung trägt dazu bei, menschliche Fehler zu vermeiden. Die Kombination mit dem QuantiNova Reverse Transcription Kit für die cDNA-Synthese ermöglicht die Mitführung der QuantiNova Internal Control RNA zur Bestätigung einer erfolgreichen reversen Transkription und qPCR.

Leistung

Möchten Sie das QuantiNova SYBR Green PCR Kit ausprobieren? Fordern Sie ein Angebot für ein Test-Kit an.

Möchten Sie das QuantiNova Probe PCR Kit ausprobieren? Fordern Sie ein Angebot für ein Test-Kit an.

Möchten Sie die QuantiNova Multiplex PCR Kits ausprobieren? Fordern Sie ein Angebot für ein Test-Kit an.

Integrierter visueller Indikator für genauen Reaktionsansatz

Der mit den QuantiNova-PCR-Kits mitgelieferte Master-Mix enthält einen inerten blauen Farbstoff, der die Real-time-PCR nicht stört, aber die Sichtbarkeit im Röhrchen oder Well erhöht. Der QuantiNova Yellow Template Dilution Buffer enthält einen inerten gelben Farbstoff. Wenn die Template-Nukleinsäure mit QuantiNova Yellow Template Dilution Buffer verdünnt und dem Master-Mix zugegeben wird, wechselt die Farbe der Lösung von Blau nach Grün (siehe Abbildung “ Genauer Reaktionsansatz, nachgewiesen durch die integrierte Pipettierkontrolle”). Dadurch erhalten Sie eine visuelle Bestätigung, dass jede Reaktion korrekt angesetzt wurde.

QuantiNova SYBR Green PCR Kit

Die hohe Sensitivität des QuantiNova SYBR Green PCR Kits sorgt für einen genauen und robusten Nachweis bereits ab einer einzelnen Kopie der Zielsequenz (siehe Abbildung “ Robuster und sensitiver Nachweis von Single-Copy-Zielen”). Diese extreme Sensitivität wird selbst unter ultraschnellen Zyklusbedingungen erreicht.

Das QuantiNova SYBR Green PCR Kit kann über einen großen Bereich von Template-Mengen verwendet werden. Die Leistung dieses SYBR-Real-time-PCR-Kits wurde über einen dynamischen Bereich von 8 Größenordnungen getestet (von 100 ng bis 10 fg cDNA). Dabei war die Quantifizierung unabhängig vom verwendeten Gerät stets genau und robust (siehe Abbildung “ Genaue Quantifizierung über einen großen dynamischen Bereich”).

Die hohe Spezifität und außergewöhnliche Sensitivität der QuantiNova-Chemie führt zu optimalen Ergebnissen auf dem QIAGEN Rotor-Gene Q. Sie kann aber auch auf jedem anderen Real-time-PCR-Thermocycler eingesetzt werden, und zwar unabhängig vom Format, der Fast-Cycling-Kapazität und der Notwendigkeit eines passiven Referenzfarbstoffs. Der im QuantiNova SYBR Green PCR Kit enthaltene Farbstoff ROX wird bei Bedarf einfach zum Master-Mix zugegeben. Die Amplifikations- und Quantifizierungsergebnisse, die mit dem Rotor-Gene Q, Agilent Technologies Mx3005P, Applied Biosystems 7900 HT Fast, ViiA 7, StepOnePlus und 7500 Fast, Roche LightCycler 480 und Bio-Rad CFX96 erzielt werden, zeichnen sich ausnahmslos durch hohe Robustheit und Sensitivität aus.
Das QuantiNova SYBR Green PCR Kit liefert im Vergleich zu anderen SYBR Green-PCR-Kits hervorragende Ergebnisse. Die QuantiNova-Chemie liefert unabhängig von den Zyklusbedingungen auf jedem Gerät nachweislich niedrigere CT-Werte, eine höhere Reproduzierbarkeit und eine höhere Reaktionseffizienz.

Der QuantiNova Yellow Template Dilution Buffer sorgt für Sicherheit beim Reaktionsansatz, muss jedoch nicht verwendet werden, um mit dem QuantiNova SYBR Green PCR Kit hervorragende Ergebnisse zu erzielen. Die QuantiNova-Chemie ist so flexibel ausgelegt, dass sie in jeden bestehenden Workflow integriert werden kann. Somit erreichen Sie die optimale Leistung für Ihr Amplifikationsziel von Interesse und für das Gerät und den Verdünnungspuffer Ihrer Wahl.

QuantiNova Probe PCR Kit

Der Real-time-PCR-Mix dieses sondenbasierten Real-time-PCR-Kits kann bis zu 100 Stunden bei 30 °C gelagert werden, ohne die Leistung der nachfolgenden Reaktionen zu beeinträchtigen. Die hervorragende Stabilität, die selbst nach längerer Lagerung bei Raumtemperatur ohne Kühlmittel erreicht wird, macht das QuantiNova Probe PCR Kit zur idealen Lösung für Hochdurchsatz-Anwendungen und den Einsatz von Plate-Stacks (siehe Tabelle „Einfluss der Lagerung auf die Reaktionsstabilität“).

 

Einfluss der Lagerung auf die Reaktionsstabilität
CT-Mittelwerte
  QuantiNova Probe PCR Kit Probe-PCR-Kit von Anbieter L
Menge in ng 0 h 100 h 0 h 100 h
10 24,37 24,49 24,35 27,49
1 27,78 27,90 27,77 30,97
0,1 31,16 30,98 31,37 34,48
Kontrolle ohne Template Nicht nachgewiesen Nicht nachgewiesen Nicht nachgewiesen Nicht nachgewiesen

Vergleich der CT-Werte vor und nach 100 Stunden Lagerung bei 30 °C. Die Real-time-PCRs, einschließlich Master-Mix, Template-cDNA, Primer und Sonden für TNF, wurden 100 Stunden lang bei 30 °C inkubiert und zusammen mit frisch angesetzten Reaktionen durchgeführt. Es wurden Triplikate mit 3 verschiedenen Mengen an Templates getestet. Im Gegensatz zum Probe-PCR-Kit von Anbieter L zeigten die CT-Werte des QuantiNova Probe PCR Kits auch nach längerer Lagerung der Proben bei 30 °C keine Veränderungen.

Die hohe Sensitivität des QuantiNova Probe PCR Kits sorgt für einen genauen und robusten Nachweis bereits ab einer einzelnen Kopie der Zielsequenz (siehe Abbildung “ Sensitiver und robuster Nachweis einer einzelnen Kopie der Zielsequenz”). Der in diesen Kits enthaltene spezielle Master-Mix ermöglicht die genaue Quantifizierung von 2 Zielen in einem Röhrchen, die sich in ihrer Abundanz stark unterscheiden. Das spart Zeit und Geld und reduziert die Menge des benötigten Probenmaterials. Die erhaltenen Duplex-PCR-Daten sind zudem mit denen einer Singleplex-PCR vergleichbar.
Die einzigartige Kombination der proprietären und bewährten Puffertechnologie von QIAGEN mit der neuen QuantiNova DNA Polymerase, dem QuantiNova Antibody und QuantiNova Guard gewährleistet auf Anhieb eine erfolgreiche Real-time-PCR, ohne kostspielige und zeitaufwändige Optimierung, auch bei komplexen Real-time-PCR-Assays (siehe Abbildung “ Hervorragende Ergebnisse bei komplexen Assays”).

Das QuantiNova Probe PCR Kit kann auf jedem Real-time-Thermocycler verwendet werden. Der ROX-Farbstoff wird in einem separaten Röhrchen geliefert und kann bei Verwendung eines Thermocyclers, der ROX als passiven Referenzfarbstoff verwendet, hinzugefügt werden. Das Kit liefert in Bezug auf Sensitivität, Reproduzierbarkeit und Effizienz sehr konsistente Ergebnisse auf verschiedenen Thermocyclern. Die Konsistenz der Ergebnisse bleibt trotz der unterschiedlichen Fast-Cycling-Kapazitäten und damit unterschiedlichen Cycling-Protokollen der verschiedenen Thermocycler erhalten.

QuantiNova Multiplex PCR Kits

Der spezielle Master-Mix, der mit den QuantiNova Multiplex PCR Kits geliefert wird, ermöglicht den schnellen Ansatz von Multiplex-Reaktionen und liefert auf Anhieb erfolgreiche Ergebnisse, die mit Singleplex-PCR-Daten vergleichbar sind. Der hochkonzentrierte 4x Master-Mix ermöglicht den Einsatz von bis zu 800 ng Template und gewährleistet eine herausragende Sensitivität, sogar in bis zu 5-Plex-Reaktionen. Das Kit kann kleine Unterschiede in der Template-Menge eindeutig unterscheiden und ermöglicht eine genaue Quantifizierung von Zielen mit sehr unterschiedlicher Abundanz.

Ein neuartiger, antikörpervermittelter Hot-Start-Mechanismus sorgt für herausragende Spezifität und ermöglicht den Reaktionsansatz bei Raumtemperatur, was ideal für automatisierte Verfahren ist. Der speziell entwickelte schnelle PCR-Puffer enthält das Additiv Q-Bond, das die Hybridisierungs- und Extensionszeiten erheblich verkürzt, sodass eine Multiplex-qPCR in weniger als einer Stunde möglich ist. Die visuelle Pipettierkontrolle hilft, menschliche Fehler zu vermeiden und erhöht die Prozesssicherheit, insbesondere in Kombination mit der Internal Control RNA, die im QuantiNova Reverse Transcription Kit für die quantitative 2-Schritt-RT-PCR enthalten ist.

Das QuantiNova Multiplex PCR Kit erhöht die Workflow-Effizienz, indem es mit Hilfe der ultraschnellen und durch In-Prozess-Kontrollen abgesicherten Multiplex-qPCR mehr Erkenntnisse aus limitierten Mengen an Probenmaterial gewinnt.

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Prinzip

QuantiNova-PCR-Kits liefern dank eines neuartigen, antikörpervermittelten Hot-Start-Mechanismus cDNA- oder gDNA-Analysen mit höchster Spezifität (siehe Abbildung “ Prinzip des neuartigen QuantiNova Hot-Start-Mechanismus”). Bei niedrigen Temperaturen wird die QuantiNova DNA Polymerase durch den QuantiNova Antibody und das neuartige komplexstabilisierende Additiv QuantiNova Guard in einem inaktiven Zustand gehalten. Dies verbessert die Stringenz des Hot-Starts und verhindert die Extension von unspezifisch hybridisierten Primern und Primer-Dimeren. Innerhalb von 2 Minuten nach Temperaturerhöhung auf 95 °C werden der QuantiNova Antibody und das QuantiNova Guard denaturiert und die QuantiNova DNA Polymerase wird aktiviert, was die Amplifikation ermöglicht.

Die QuantiNova-Chemie bietet darüber hinaus Merkmale, die Ihren Workflow ohne Einbußen bei der Sensitivität und Effizienz der PCR optimieren. Inerte Farbstoffe im Master-Mix und im QuantiNova Yellow Dilution Buffer dienen als visuelle Indikatoren zum Nachweis, dass jede Reaktion korrekt angesetzt wurde. Die blaue Farbe des Master-Mix erhöht die Sichtbarkeit des Inhalts im Reaktionsgefäß und wechselt bei Zugabe von Template-Nukleinsäuren, die mit QuantiNova Yellow Dilution Buffer verdünnt wurden, nach Grün (siehe Abbildung “ Genauer Reaktionsansatz, nachgewiesen durch die integrierte Pipettierkontrolle”). Die einzigartige Formulierung des PCR-Puffers, der in den QuantiNova SYBR PCR Kits enthalten ist, verbessert die Stringenz des Hot-Start-Mechanismus und verkürzt die Zyklusschritte, was die PCR beschleunigt und einen erhöhten Durchsatz ermöglicht.

QuantiNova Multiplex PCR Kits liefern ohne Optimierung hoch sensitive und schnelle Ergebnisse über einen breiten dynamischen Bereich auf Standard- und Fast-Thermocyclern. Der speziell entwickelte schnelle PCR-Puffer enthält das Additiv Q-Bond, das die Hybridisierungs- und Extensionszeiten erheblich verkürzt (siehe Abbildung „ Schnelle Primerhybridisierung“).

Die Amplifikation von Referenz- und Zielgenen in derselben Reaktion statt in getrennten Reaktionen erhöht die Zuverlässigkeit der Genquantifizierung, indem Handhabungsfehler minimiert werden. Außerdem kann die Internal Control RNA, die im QuantiNova Reverse Transcription Kit für die quantitative 2-Schritt-RT-PCR enthalten ist, zur Kontrolle einer erfolgreichen reversen Transkription und qPCR eingesetzt werden.

Der QuantiNova Multiplex PCR Buffer enthält eine ausgewogene Kombination aus K+- und NH4+-Ionen sowie den einzigartigen synthetischen Faktor MP, die zusammen für eine stabile und effiziente Hybridisierung von Primern und Sonden mit dem Nukleinsäure-Template sorgen und so eine hohe PCR-Effizienz ermöglichen (siehe Abbildung „ Einzigartiger Multiplex-PCR-Puffer fördert stabile und effiziente Hybridisierung“).
Der Master-Mix des QuantiNova Multiplex PCR Kits kann bei 2–8 °C bis zu 12 Monate lang gelagert werden. Auch der Reaktionsansatz ist bei Raumtemperatur außerordentlich stabil, sodass automatisierte Verfahren zur Steigerung der Effizienz und Genauigkeit eingesetzt werden können.

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Verfahren

QuantiNova-PCR-Kits enthalten gebrauchsfertige Master-Mixe, die eine Optimierung der Reaktions- und Zyklusbedingungen überflüssig machen. Geben Sie einfach Template-gDNA oder -cDNA und Primer (Nachweis auf SYBR Green-Basis) oder Template-gDNA oder -cDNA, Primer und Sonden (Nachweis auf Sondenbasis) in den Master-Mix und befolgen Sie das Protokoll im Handbuch, um schnelle und zuverlässige Ergebnisse auf jedem Real-time-Thermocycler zu erzielen. Der passive Referenzfarbstoff ROX wird in einem separaten Röhrchen bereitgestellt, sodass die Konzentrationen des Farbstoffs je nach Art des verwendeten Thermocyclers angepasst werden können. Daher können die QuantiNova-PCR-Kits auf praktisch jedem Real-time-Thermocycler verwendet werden, und zwar unabhängig von Format und Zyklusbedingungen. Dank der optimierten ROX-Konzentrationen lassen sich selbst niedrige Kopienzahlen durch automatische Datenanalyse nachweisen.

QuantiNova Multiplex PCR Kits enthalten gebrauchsfertige 4x Master-Mixe, die eine Optimierung der Reaktions- und Zyklusbedingungen überflüssig machen. Geben Sie einfach bis zu 800 ng Template-DNA und die Primer-Sonden-Sets zum Master-Mix hinzu und befolgen Sie das Protokoll im Handbuch, um schnelle und zuverlässige Ergebnisse mit jedem Real-time-Thermocycler zu erhalten. Die Kits enthalten den passiven Referenzfarbstoff ROX in einem separaten Röhrchen, um die ROX-Konzentration entsprechend anzupassen, falls dies für Ihr Gerät erforderlich ist.

Für optimale Ergebnisse bei der Zwei-Schritt-Real-time-RT-PCR empfehlen wir die Synthese von cDNA mit dem QuantiNova Reverse Transcription Kit, das eine schnelle cDNA-Synthese in nur 20 Minuten ermöglicht und dabei Kontaminationen mit genomischer DNA automatisch entfernt. Darüber hinaus ist die QuantiNova Internal Control RNA enthalten, mit der der Erfolg der reversen Transkription und der qPCR im Prozess überwacht werden kann.

Für einen optimierten Workflow empfehlen wir, die QuantiNova-Kits mit unseren vorkonfigurierten QuantiNova-Real-time-PCR-Assays oder -Panels zu kombinieren. Diese ermöglichen eine präzise Quantifizierung von mRNA oder langen, nicht-kodierenden RNA-Transkripten unabhängig von ihrer Abundanz. Wählen Sie aus einer breiten Palette an vorkonfigurierten Primer-Sets für Mensch, Maus und Ratte, oder passen Sie Ihre eigenen Assays und Panels mit unseren innovativen Designtools an. 

Unsere QuantiNova LNA PCR und QuantiNova LNA Probe PCR Assays beruhen auf der LNA-Technologie, die für eine verbesserte Sensitivität sorgt. Das Ergebnis sind unverfälschte Genexpressionsprofile und schneller verfügbare wissenschaftliche Erkenntnisse.

Anwendungen

Das QuantiNova SYBR Green PCR Kit kann für die SYBR Green-basierte Genexpressionsanalyse von cDNA-Zielen und die quantitative gDNA-Analyse auf jedem Real-time-Thermocycler verwendet werden. Dazu gehören Geräte von Applied Biosystems, Bio-Rad, Cepheid, Eppendorf, LIFE Technologies, Roche und Agilent sowie Rotor-Gene Q.

QuantiNova Probe PCR Kits können für die sondenbasierte Genexpressionsanalyse von cDNA-Zielen und die quantitative gDNA-Analyse auf jedem Real-time-Thermocycler verwendet werden. Dazu gehören Geräte von Applied Biosystems, Bio-Rad, Cepheid, Eppendorf, Roche und Agilent.

QuantiNova Multiplex PCR Kits können für die Multiplex-Genexpressionsanalyse von cDNA- oder gDNA-Zielen auf jedem Real-time-Thermocycler verwendet werden. Um die Vorteile des Multiplex-Formats voll auszuschöpfen, empfehlen wir Geräte mit bis zu 5-Plex-Kapazität, wie z. B. den Rotor-Gene Q.

Ergänzende Daten und Abbildungen

Ressourcen

Selection Guides (1)
Scientific Posters (1)
Poster for download
Quick-Start Protocols (3)
For highly sensitive and specific real-time qPCR and two-step RT-PCR using SYBR Green
Kit Handbooks (4)
QuantiNova LNA Probe PCR Handbook
For highly sensitive, ultrafast, quantitative real-time PCR and two-step RT-PCR using SYBR Green
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)

FAQ

How do I setup and validate a multiplex PCR assay with QIAGEN PCR kits?

Ensure PCR amplicons are as short as possible, ideally 60–150 bp. Always use the same algorithm or software to design the primers and probes. For optimal results, only combine assays that have been designed using the same parameters.

 

Check the functionality of each set of primers and probes in individual assays before combining the different sets in the multiplex assay. Choose compatible reporters and quenchers based on a specific instrument. See How do I select appropriate reporter and quencher combinations for multiplex PCR.

 

FAQ ID -9093
Can I use uracil-N-glycosylase (UNG) with the QuantiFast and Rotor-Gene PCR kits?

No. UNG treatment does not provide any advantage for the QuantiFast and Rotor-Gene PCR kits because the mastermixes do not contain dUTP. Use the QuantiTect kits if you intend to use the UNG treatment.

FAQ ID -9092
Why do I see multiple high-intensity peaks in my qPCR dissociation curve at temperatures less than 70ºC?

If the extra peaks seem irregular or noisy, do not occur in all samples, and occur at temperatures less than 70 ºC, then these peaks may not represent real PCR products and instead may represent artifacts caused by instrument settings.

 

Usually extra peaks caused by secondary products are smooth and regular, occur reproducibly in most samples, and occur at temperatures greater than 70 ºC. Characterization of the product by agarose gel electrophoresis is the best way to distinguish between these cases. If only one band appears by agarose gel then the extra peaks in the dissociation curve are instrument artifacts and not real products. If this is the case, refer to the thermal cycler user manual, and confirm that all instrument settings (smooth factor, etc.) are set to their optimal values.

 

FAQ ID -90990
How do I quantify gene expression levels if the amplification efficiencies are different between the genes of interest and endogenous reference gene?

The REST 2009 (Relative Expression Software Tool) software applies mathematic models that compensate for the different PCR efficiencies of the gene of interest and reference genes. In addition, the software can use multiple reference gene normalization to improve the reliability of result, as well as provides statistical information suitable for robust comparison of expression in groups of treated and untreated. QIAGEN offers the REST 2009 software free of charge.

FAQ ID -9095
What do I do if no fluorescent signal is detected in a real-time PCR assay?

Check the template quality and integrity by amplifying an endogenous control gene. Check the amplicon by QIAxcel Advanced system or agarose gel electrophoresis to show that amplification was successful.

 

Determine whether the gene of interest is expressed in your sample. See How can I find out if my gene of interest is express in a specific tissue type or cell line.  Ensure the assay setup and cycling conditions are correct, and that the data collection channel matches the emission wavelength of the fluorescent dye used. Use a control sample in which the gene of interest is definitely expressed.

 

If the issue persists, please send the original run file to QIAGEN Technical Services.

FAQ ID -9091
How do I select appropriate reporter and quencher combinations for multiplex PCR?

For duplex analysis, using non-fluorescent quenchers (e.g., Black Hole Quencher®) is preferred over fluorescent quenchers (e.g., TAMRA fluorescent dye). For triplex and 4-plex analysis, QIAGEN strongly recommends using non-fluorescent quenchers. Generally, use the green channel, the yellow channel, and the orange and crimson channels to detect the least abundant target, the second least abundant target, and the two most abundant targets, respectively. For instrument-specific recommendations, please see the handbooks for the QuantiTect Multiplex PCR kit, QuantiFast Multiplex kit or Rotor-Gene Multiplex kit.

 

FAQ ID -9094
Can I skip the gDNA wipeout buffer treatment step for the QuantiTect Reverse Transcription Kit?

The gDNA wipeout buffer incubation step can be skipped when the total RNA is free from genomic DNA. However, the gDNA wipeout buffer is still required to be added because the reverse transcription step is optimized in the presence of components in the gDNA wipeout buffer.

FAQ ID -9098
How should I handle and store absolute quantitation standards for real-time experiments?
Store the standards at a high concentration in aliquots at -20oC to -70oC. If using low concentrations, stabilize standards with carrier nucleic acid. It is always best to use freshly diluted standards for each experiment. If possible, use siliconized tubes for standard (and target) dilutions. This will prevent any unspecific binding of nucleic acids to the plastic.
FAQ ID -9099
How do I ensure reliable results for High Resolution Melting (HRM) assays?

Reliable HRM analysis results depend on template quality, highly specific HRM PCR kit with a saturation dye, a real-time instrument with HRM capability, and powerful software package. Factors critical for successful HRM analysis are:

 

  • Use the same genomic DNA purification procedure for all samples being analyzed by HRM. This avoids variation due to differing composition of elution buffers.
  • DNA template concentrations should be normalized using the same dilution buffer. Ensure the CT values are below 30 and differ no more than 3 CT values across individual samples.
  • Design assays with amplicon length 70–350 bp. For SNP analysis, use amplicon length 70–150 bp.
  • Always start with 0.7 µM primer concentration

 

For more details, please refer to the HRM Technology – FAQs and the Critical Success Factor for HRM performance.

FAQ ID -9097
How do I avoid collecting a fluorescence reading from primer-dimer with the QuantiTect SYBR Green PCR Kit?

Depending on primer design and copy number of target, primer-dimer may occur and its signal might be detected. Typical strategies against this are to optimize PCR conditions and/or redesign the assay.

 

Alternatively, an additional data-acquisition step can be added to the 3-step cycling protocol. First, determine the melting temperatures (Tm) for both the amplicon and the primer-dimer. Then, add a 15 second data-acquisition step with a temperature that is higher than the primer-dimer Tm, but approximately 3ºC lower than the specific amplicon Tm.

FAQ ID -9096