DyeEx Kits

Zur Entfernung nicht inkorporierter Farbstoffterminatoren aus 1–24 oder 1–96 Sequenzierreaktionen

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DyeEx 96 Kit (4)

Cat. No. / ID:   63181

4 DyeEx 96 Plates; 4 Collection Plates, 48 Well
Kit
DyeEx Kit
DyeEx 2.0 Kit
Preparations
4 x 96
24 x 96
DyeEx Kits sind für molekularbiologische Anwendungen vorgesehen. Diese Produkte sind nicht zur Diagnose, Prävention oder Behandlung einer Erkrankung vorgesehen.

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Eigenschaften

  • Schnelles Verfahren mit nur zwei kurzen Zentrifugationsschritten
  • Gebrauchsfertiges, vorhydriertes Gelfiltrationsmaterial
  • Effiziente Entfernung aller Farbstoffterminatoren

Angaben zum Produkt

DyeEx Kits enthalten entweder Spin-Säulen oder 96-Well-Platten und verwenden eine Gelfiltrationstechnologie für die Entfernung von Farbstoffterminatoren aus Sequenzierreaktionen, einschließlich Reaktionen für die Sanger-Sequenzierung. Die Sequenzierreaktionen werden auf das vorhydrierte Gelfiltrationsmaterial geladen. Nach einem kurzen Zentrifugationsschritt können die Reaktionen in einen Kapillarsequenzierer geladen werden. Nicht inkorporierte Farbstoffterminatoren werden in der Gelmatrix zurückgehalten.

Leistung

DyeEx Kits entfernen jede Art von Farbstoffterminator aus 10–20 µl Sequenzierreaktionen, einschließlich BigDye, dRhodamin-Farbstoff, Rhodamin, DYEnamic ET und WellRED Terminatoren. Nach dem Cleanup können die Sequenzierreaktionen auf jedem Kapillarsequenzierer aufgetrennt werden. Wir empfehlen das DyeEx 96 Kit in Verbindung mit dem optimierten Protokoll.

Hochqualitative Sequenzierung

DyeEx Kits sind für die schnelle und bequeme Entfernung von Farbstoffterminatoren optimiert, was qualitativ hochwertige Sequenzierergebnisse ermöglicht. Im Gegensatz dazu ist ein Cleanup der Sequenzierreaktion durch Ethanolpräzipitation sehr zeitaufwendig (siehe Tabelle „DyeEx-Verfahren und Ethanolpräzipitation im Vergleich“) und ineffizient. Wenn Farbstoffterminatoren nicht effizient entfernt werden, treten häufig Farbflecken („dye blobs“) in den Sequenzierungsdaten auf, die Abschnitte der Sequenz unlesbar machen. DyeEx Kits zum Cleanup von Sequenzierreaktionen stellen sicher, dass die auf Sequenziergeräte geladenen Reaktionen frei von Farbstoffterminatoren sind. Ohne Farbflecken ist die Sequenz durchgängig gut lesbar (siehe Abbildung  „Überlegene Sequenzierergebnisse“). Die Signalintensitäten sind hoch, was lange Leselängen ermöglicht (siehe Abbildung  „Lange Lesesequenz“).

DyeEx-Verfahren und Ethanolpräzipitation im Vergleich

VerfahrenDyeEx 2.0 SpinDyeEx 96Ethanol-
präzipitation
Benötigte Zeit*
(12 Proben, Spinformat)
10 Minutenn. z.> 45 Minuten
Benötigte Zeit*†
(Mikrotiterplattenformat für 96 Proben)
n. z.18 Minuten> 60 Minuten
HandhabungGebrauchsfertiges
Spinformat
GebrauchsfertigMehrere
Pipettierschritte
Sequenzqualität+++++

n. z.: nicht zutreffend.

* Ohne die Zeit, die benötigt wird, um die Proben vor dem Beladen des Gels zu trocknen (sofern zutreffend).
† Mit dem Standardprotokoll.

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Prinzip

Das DyeEx-Verfahren nutzt die Gelfiltration, um nicht inkorporierte Terminatoren schnell und effizient aus Sequenzierreaktionen zu entfernen. Die Entfernung der Farbstoffterminatoren ist wichtig, um zu verhindern, dass nicht inkorporierte Farbstoffterminatoren die Analyse der Sequenzierergebnisse beeinträchtigen. Das Material für die DyeEx-Gelfiltration besteht aus Kugeln mit einheitlichen Poren und trennt die Moleküle nach ihrem Molekulargewicht. Wenn Sequenzierreaktionsmischungen auf DyeEx-Säulen aufgetragen werden, diffundieren Farbstoffterminatoren in die Poren und werden im Gelfiltrationsmaterial zurückgehalten, während markierte DNA-Fragmente abgetrennt und aus dem Durchfluss gewonnen werden können (siehe Abbildung  „DyeEx-Trennprinzip“).

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Verfahren

DyeEx Kits entfernen die Farbstoffterminatoren schnell, da das Verfahren so einfach ist (siehe Flussdiagramme  „DyeEx 2.0 Spin-Verfahren“ und  ”DyeEx 96 Kit-Verfahren”). In einem schnellen Zentrifugationsschritt wird der Aufbewahrungspuffer aus den Säulen bzw. Wells entfernt, die Sequenzierproben werden geladen und ein zweiter Zentrifugationsschritt entfernt die nicht inkorporierten Farbstoffterminatoren. Die Proben können dann direkt in einen Kapillarsequenzierer geladen oder getrocknet, wieder gelöst und auf ein Sequenziergel geladen werden.

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Anwendungen

DyeEx Kits entfernen jede Art von Farbstoffterminator aus 10–20 µl Sequenzierreaktionen, einschließlich BigDye, dRhodamin-Farbstoff, Rhodamin, DYEnamic ET und WellRED Terminatoren. Nach dem Cleanup können die Sequenzierreaktionen auf jedem Kapillarsequenzierer aufgetrennt werden. Die Signalintensitäten sind hoch, was lange Leselängen ermöglicht.

DyeEx-Eigenschaften

Eigenschaften DyeEx 2.0 Spin Kit und DyeEx 96 Kit
Bindekapazität 10–20 µl
Elutionsvolumen 10–20 µl
Für DyeEx Kits: Terminatorentfernung, ABI PRISM 377, 373, 310, 3100 oder 3700, MegaBACE 1000 oder CEQ 2000 Sequenzierer
Format Röhrchen (DyeEx 2.0 Spin Kit), 96-Well-Platte (DyeEx 96 Kit)
Verfahren Manuell
Entfernung von < 10mer- und 17- bis 40mer-Farbstoffterminator-Proteinen Farbstoffterminator
Probentyp Sequenzierreaktionen
Technologie Gelfiltration

DyeEx Kits sind für molekularbiologische Anwendungen vorgesehen. Diese Produkte sind nicht zur Diagnose, Prävention oder Behandlung einer Erkrankung vorgesehen.

Ergänzende Daten und Abbildungen

Ressourcen

Quick-Start Protocols (2)
DyeEx 96 Kit (EN)
PDF (455KB)
Kit Handbooks (2)
(EN) - DyeEx Handbook
PDF (1019KB)
For DyeEx 2.0 Spin Kit and DyeEx 96 Kit 
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)

Publications

Transcriptional regulatory network analysis of developing human erythroid progenitors reveals patterns of coregulation and potential transcriptional regulators.
Keller MA; Addya S; Vadigepalli R; Banini B; Delgrosso K; Huang H; Surrey S;
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Isolation and identification of Rickettsia massiliae from Rhipicephalus sanguineus ticks collected in Arizona.
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Appl Environ Microbiol; 2006; 72 (8):5569-77 2006 Aug PMID:16885311
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High throughput analysis of TCR-beta rearrangement and gene expression in single T cells.
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Lab Invest; 2006; 86 (3):314-21 2006 Mar PMID:16446708
Prevalence, risk factor analysis, and follow-up of infections caused by three feline hemoplasma species in cats in Switzerland.
Willi B; Boretti FS; Baumgartner C; Tasker S; Wenger B; Cattori V; Meli ML; Reusch CE; Lutz H; Hofmann-Lehmann R;
J Clin Microbiol; 2006; 44 (3):961-9 2006 Mar PMID:16517884

FAQ

Can the DyeEx 96 kit be used to clean sequencing reactions to be run on ABI 3730?

Yes, DyeEX 96 is also compatible with ABI 3730. When using DyeEx96 with ABI 3730, please follow the  "Modified protocol" listed in the DyeEX Handbook. In addition, if using the waterloading protocol on ABI 3730 sequencer,  the eluate can be loaded directly onto the sequencer without drying down the sample.

FAQ ID -3075
Can DyeEx be used to clean up labeled DNA other than sequencing templates?

DyeEx Kits have been developed for cleanup of dye-terminator sequencing reactions. However, they can also be used for removal of unincorporated nucleotides from radioactively labeled DNA fragments using the protocols in the DyeEx Handbook. The removal of nucleotides depends on the sample volume. Typically, more than 99% of nucleotides are removed from sample volumes ≤50 µl. See Figure 9 in the DyeEx Handbook for the effect of sample volume on recovery.

(We have had feedback from researchers who have reported excellent results using DyeEx for clean up of probes used for in situ hybridization).

FAQ ID -137