dPCR Copy Number Assays

• Vorgefertigte Assays für alle Gene im menschlichen Genom
• Sie haben die Wahl zwischen 3 Designloki je Gen: 5’, Mitte und 3’
• Weitere vorgefertigte Assays auf Anfrage erhältlich
• Assays für >200 Ziele wurden im Nasslabor mittels dPCR getestet
• Einfaches übersichtliches Format für dPCR-Anwendungen
• Komfortable Auswertung der Kopienzahldaten mit der QIAcuity Software Suite

dPCR Copy Number Assays ermöglichen die spezifische, genaue, reproduzierbare und leicht zu interpretierende Auswertung von Kopienzahlveränderungen für ein einzelnes Gen oder eine Region von Interesse. Assays für mehr als 200 Ziele wurden im Nasslabor mittels dPCR getestet. Alle anderen In-silico-Designs wurden im Labor verifiziert und können für NGS-Folgestudien, spezifisches Target-Screening und andere verwandte Untersuchungen eingesetzt werden.

Die dPCR Copy Number Assays sind im Röhrchenformat als gebrauchsfertiger, 25-fach konzentrierter Assay erhältlich. Das Röhrchen enthält das mit dem QIAcuity EG PCR Kit und dem QIAcuity-Gerät zu verwendende Primerpaar. Im Nasslabor getestete dPCR-Assays sind in der spezifischen Assay-Produktansicht entsprechend gekennzeichnet.

Die Verifizierung der Assay-Qualität im Labor gewährleistet, dass die dPCR Copy Number PCR Assays zuverlässige Ergebnisse liefern. Die Auswertung der Kopienzahl mittels digitaler PCR kann in Zelllinien mit Chromosomenaberrationen, die zuvor mit zytogenetischen Methoden identifiziert wurden, die Aneuploidie genau bestimmen. Mit der digitalen PCR lassen sich Veränderungen der Kopienzahl bis zum 1,2-Fachen oder von 5 bis 6 Kopien nachweisen. Die Partitionierung der dPCR-Reaktion ist der Schlüsselfaktor, der den Grad der Unterscheidung ermöglicht, der für die Auflösung solch kleiner Veränderungen erforderlich ist.

Zur Standardisierung stehen auch Referenzassays zur Verfügung, die verschiedenen Kopienzahlen je menschlichem Genom entsprechen.

Alle dPCR Copy Number PCR Assays sind für bestimmte Regionen des menschlichen Genoms konzipiert. Die dPCR Copy Number Reference Assays (separat erhältlich) enthalten eine Vielzahl von Referenzen mit unterschiedlichen Kopienzahlen im Genom, sodass für jede Analyse die optimale Standardisierungsreferenz ausgewählt werden kann. Es wird empfohlen, zwei Referenzassays einzubeziehen, um eine genaue Berechnung der Kopienzahl des Gens oder Ziels von Interesse zu ermöglichen.

Die dPCR Copy Number Assays sind sofort einsatzbereit: Geben Sie einfach die DNA-Probe und den Master-Mix aus dem QIAcuity EG PCR Kit zu den einzelnen Assays oder Referenzassays in der QIAcuity Nanoplate. Der Nachweis basiert auf dem interkalierenden Farbstoff EvaGreen.

Das Prinzip der dPCR-Reaktion in den Nanoplatten finden Sie hier beschrieben.

Zur Durchführung des dPCR-Experiments geben Sie ein Aliquot der genomischen DNA-Probe (isoliert aus frischen, gefrorenen oder fixierten Proben) zu dem QIAcuity EG PCR Kit Master-Mix und dem dPCR Copy Number Assay hinzu. Jedes Gen oder Ziel von Interesse und jeder Referenzassay wird in einem eigenen Well analysiert.

Nach dem Beladen und Versiegeln der Nanoplatte lassen Sie die Platte mit dem empfohlenen Zyklusprogramm auf dem QIAcuity-Gerät laufen. Die sich dabei ergebenden Kopien pro Mikroliter werden im Analysetyp Absolute Quantifizierung der QIAcuity Software Suite angezeigt. Zur Berechnung der Kopienzahl je Genom wählen Sie in der QIAcuity Software Suite den Datentyp Kopienzahlanalyse aus und definieren Sie die Nanoplatten-Wells für das Gen/die Region von Interesse bzw. die Standardisierungsreferenz.

dPCR Copy Number Assays eignen sich hervorragend für den genauen Nachweis von Veränderungen oder Schwankungen der Kopienzahl an einzelnen Loki der DNA aus frischen, gefrorenen oder fixierten Proben.